−Như một khó khăn chung của các công ty bán hàng trực tuyến, những hạn chế của mua bán trực tuyến như: không được xem xét trực tiếp sản phẩm, thanh toán khó khăn,..vẫn là những cản trở việc hình thành thói quen mua sắm qua mạng của khách hàng.
−Các phương thức đặt hàng của khách hàng đối với Mommy còn mang nặng tính truyền thống, 85% số đơn hàng được đặt trực tiếp tại các cửa hàng trên toàn quốc. −Cũng như các phương thức đặt hàng, các hình thức thanh toán tiền của công ty vẫn còn rất sơ sài, gây khó khăn cho việc thanh toán giữa doanh nghiệp với khách hàng. −Đầu tư cho bán hàng trực tuyến chưa đầy 3% doanh thu nên quy trình bán hàng trực tuyến của Công ty còn khá sơ sài, website của Công ty để giới thiệu sản phẩm mà không thể đặt hàng, thông tin về sản phẩm không được cập nhật thường xuyên trên website và khách hàng không thể truy cập trực tuyến vào hồ sơ lịch sử đặt hàng để kiểm tra các đơn hàng trong quá khứ. Thanh toán chỉ có 2 cách là chuyển khoản qua tài khoản ngân hàng hoặc trả tiền trực tiếp bằng tiền mặt hay thẻ tín dụng. −Đối với việc thông báo chấp nhận đơn hàng, doanh nghiệp chỉ có 2 cách liên hệ với khách hàng là gửi email và gọi điện. Việc website www.mommy.vn không tích hợp các tính năng đặt hàng như: đăng nhập thành viên, giỏ hàng,..hay hỗ trợ khách hàng khiến việc giao dịch với khách hàng gặp rất nhiều khó khăn.
−Bên cạnh đó, nếu bạn là khách hàng của Công ty và muốn biết đơn hàng của mình đang được thực hiện đến đâu thì chỉ có cách bạn gọi điện thoại đến công ty vì website không hỗ trợ việc theo dõi đơn hàng cũng như xem lại hồ sơ lịch sử đặt hàng.
−Ngoài ra việc vận chuyển giao hàng của Công ty còn khá chậm chạp, thời gian vận chuyển đôi khi không như cam kết, nên tuy là mua hàng điện tử nhưng vẫn bị chậm hơn khách hàng mua hàng truyền thống.
−Nhiều trường hợp, việc dự trữ hàng hóa trong kho không đáp ứng hết được tất cả các đơn đặt hàng, dẫn đến giảm uy tín của công ty, và đôi khi còn mất một số khách hàng.
−Các cửa hàng của Mommy nằm dải dác ở các tỉnh thành trong cả nước và hoạt động độc lập, nên việc quản lý số lượng lớn nhân viên ở các cửa hàng là rất khó khăn và rất cần đến các phần mềm hỗ trợ như ERP hay Bizzone2010,..