Các doanh nghiệp nhà nước (DNNN) nhất là các DNNN địa phương hoạt động trong lĩnh vực thương mại yếu kém về năng lực tài chính, kinh nghiệm kinh doanh quốc tế và thiếu một chiến lược hoạt động lâu dài đã dễ dàng sụp đổ khi thị trường biến động. Đây chính là nguyên nhân chủ yếu gây ra các khoản nợ khoanh thuộc về các công ty xuất nhập khẩu Bắc Ninh, Công ty lương thực Bắc Ninh ...
Những hoạt động thiếu minh bạch, hay những khía cạnh đạo đức của chủ doanh nghiệp cũng tạo ra những rủi ro rất lớn cho VCB Bắc Ninh...
Sự sụp đổ của các công ty mẹ tại chính quốc, sự cố của lãnh đạo các công ty liên doan (lãnh đạo là người nước ngoài hoặc Việt kiều) đã đẩy các công ty con hoạt động tại Việt Nam vào tình trạng hết sức khó khăn, đặc biệt là vấn đề nguồn vốn và công nợ, ví dụ như công ty mực in Thái Bình Dương, Công ty CP Linh Linh ...
Đối với các doanh nghiệp đầu tư nước ngoài, mặc dù được đánh giá là mạnh về tiềm lực vốn, công nghệ, quản lý. Tuy có những rủi ro tiềm ẩn vượt khả năng đánh giá của ngân hàng như: thường công ty mẹ là nguồn cung cấp nguyên vật liệu hay bao tiêu sản phẩm đầu ra nên hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp trong nhiều trường hợp không phản ánh đúng thực chất; vốn đầu tư thực của doanh nghiệp thường được phân chia thành vốn góp và công nợ công ty mẹ, với cơ cấu vốn như vậy thì vừa giúp doanh nghiệp giảm thuế thu nhập doanh nghiệp vừa tạo cho chủ đầu tư chủ động điều chỉnh quy mô đầu tư, giảm thiểu rủi ro khi hoạt động kinh doanh không hiệu quả và như thế thì khả năng thu hồi nợ của ngân hàng khi có rủi ro xảy ra luôn ở thế bị động; phần lớn tài sản thế chấp, cầm cố là dây chuyền máy móc thiết bị đã qua sử dụng do đó việc xác định đúng giá trị tài sản đối với ngân hàng là rất khó khăn.