Để đảm bảo tính chỉ huy của tướng Pháp chúng đã mở trường đào tạo sĩ quan quân sự cung cấp ra những viên chỉ huy phục vụ cho việc đàn áp phong trào đấu tranh của nhân dân ta. Đây chính là tính chất lệ thuộc của quân đội triều đình vào Pháp.
Quân đội An Nam là đội quân hoạt động theo cơ chế làm công ăn lương cho Pháp chịu sự kiểm soát chi phối của chính quyền thực dân. Nó là công cụ cho việc đàn áp có hiệu quả các cuộc khởi nghĩa của nhân dân.
Kể từ thời vua Đồng Khánh triều đình tay sai liên tục cử quân đội triều đình phối hợp với lính Pháp tiến hành đàn áp phong trào yêu nước của nhân dân ta. Thật vậy sau hiệp ước 1884 giặc Pháp đi tới đâu đều đem theo lũ quân hèn nhát đó để lợi dụng danh nghĩa triều đình giải tán nghĩa quân mà đi theo tiếng gọi Cần Vương. Một trong những nguyên nhân thất bại của Cần Vương là vì địch đã sử dụng được giai cấp phong kiến vào công việc bình định quân sự. Chính giặc Pháp đã thú nhận rằng việc đàn áp thành công các cuộc khởi nghĩa của Nguyễn Thiện Thuật, Nguyễn Cao ở ngoài Bắc, của Phan Đình Phùng, Tống Duy Tân trong Trung kì là công lao của các “đội thân binh” của triều đình Đồng Khánh do bọn Hoàng Cao Khải, Lê Hoan, Nguyễn Thân chỉ huy.
Đồng Khánh vị vua bù nhìn đầu tiên do Pháp nặn ra đã thi hành những chính sách phản động, tay sai cho Pháp. Theo thống kê trong “Đại Nam thực lục”, khi đề đốc Đại Pháp đem binh tiến đánh, thường được thắng trận vua đã ban cấp cho viên tướng ấy “một chiếc kim thánh, một đồng kim tiền, chuẩn cho viện cơ mật viết thư gửi tặng để yên ủi”3. Khi các thân hào địa phương phủ huyện Quảng Trạch, Bố Trạch thuộc Quảng Bình khởi loạn dựng các hiệu cơ “ Cần Vương dựng nghĩa”, vua đã chuẩn cho viện cơ mật bàn với phó đô thống Pháp phải định liệu rất khẩn, một mặt tư cho tỉnh ấy bàn với người Pháp đóng ở tỉnh ấy hiệp sức đánh dẹp không cho chúng lan tràn ra.
Khi bắt đề đốc ở sơn phòng Quảng Ngãi, Bình Định là Đinh Hội. Vua chuẩn cho án sát hoặc lãnh binh đem năm sáu trăm quân hội đồng với quan tiễn phủ để đánh dẹp.
Trong một vụ đánh úp vào thành để giết gian quan của những người yêu nước ở Thanh Hoá. Quan tỉnh thám biết, liền cho đóng chặt cửa thành và cho nã bắt. Quân tỉnh đem việc ấy tâu lên. Vua chuẩn cho lập tức hội đồng thanh tra lấy tên thủ xướng bắt ngay xét trị không để lan tràn…
Như vậy triều đình nhà Nguyễn đứng đầu là vua Đồng Khánh ngay từ những ngày đầu lên ngôi đã trở thành công cụ của thực dân Pháp đàn áp phong trào nổi dậy của nhân dân. Triều đình bù nhìn ấy luôn luôn theo đuôi Pháp, lấy lòng Pháp trở thành kẻ làm công ăn lương cho Pháp. Nó hoạt động không nhất thiết chỉ vì lợi ích của nó mà nó còn được thực dân Pháp trả công ban thưởng và trừng trị nếu như không thực hiện theo yêu cầu của chúng. Tính chất tay sai của chính quyền quân chủ thể hiện đặc biệt qua việc đàn áp phong trào Cần Vương (1885-1896).
Trong cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy(1883-1892) vào giai đoạn cuối của cuộc khởi nghĩa Pháp đã sử dụng nhiều biện pháp để tiêu diệt nghĩa quân chúng đã sử dụng tên Việt gian Hoàng Cao Khải để đem quân đàn áp cuộc khởi nghĩa hay cũng sử dụng tên Việt gian Cao Ngọc Lễ cho việc chỉ điểm trong cuộc khởi nghĩa Hùng Lĩnh, Nguyễn Thân trong cuộc khởi nghĩa Hương Khê.
Tóm lại: Pháp đã sử dụng rất đắc lực và hiệu quả bộ máy quân chủ triều Nguyễn trong việc đàn áp phong trào Cần Vương. Lực lượng quân đội triều đình không chỉ đóng góp về mặt số lượng mà nó còn góp phần là đội quân chỉ đường cho Pháp khi mới tiến hành cai trị ở xứ nhiệt đới này. Với sự tham gia của quân triều đình quân đội Pháp sẽ giảm bớt lượng hi sinh của binh lính Pháp và quan trọng hơn là Pháp đã thực hiện được bước đầu chính sách “ Dùng người Việt trị người Việt” một cách có hiệu quả.
Cùng với chức năng trở thành tay sai của Pháp của quân đội triều đình thì chính quyền quân chủ ở điạ phương mà đứng đầu là những cường hào, lý trưởng là
bộ phận quan trọng trong khâu cung cấp số binh lính cho chính quyền thực dân. “Lệ năm Thành Thái thứ 17, toàn quyền Pháp chỉnh đốn ngạch lính trừ bị và những lính có sung vao ban nào, đôi khi có tên nào mạnh một(chết), lý trưởng xã ấy phải tấu trình ngay cho quan công xứ hay đại lý xét thực, rồi cho quan đạo binh sở quản xoá tên y ở trong sổ lính Pháp”13.
Về sau này để đối phó với phong trào chống thuế ở Trung Kỳ Pháp đã sử dụng quân đội của triều đình để đàn áp các phong trào chống thuế của nhân dân. Quân đội của triều đình như tấm bình phong giúp thực dân Pháp che dấu bàn tay đàn áp của mình.
Phong trào nông dân Yên Thế- là phong trào đấu tranh lớn nhất và kéo dài nhất trong phong trào chống Pháp cuối thế kỉ XIX sang đầu thế kỉ XX do Hoàng Hoa Thám lãnh đạo. Pháp đã phối hợp với quan quân triều đình tấn công lên căn cứ Phồn Xương. Trước các cuộc vây quét tiêu diệt gắt gao của quân Pháp, lực lượng nghĩa quân ngày càng giảm sút. Ngày 10-2-1913 Đề Thám bị giết hại tại một khu rừng cách chợ Gồ 2 Km. Sự kiện này đánh dấu sự thất bại hoàn toàn của phong trào nông dân Yên Thế.
Với những đóng góp của đội quân tay sai triều đình Pháp cũng thực hiện chế độ khen thưởng những tên có nhiều “thành tích” và xử tội cả những kẻ phản bội chính quyền thực dân. “Khi bắt được giặc từ ngũ quân Đề Đốc trở xuống đến suất đội đều thưởng phẩm trật, thưởng tiền bạc có thứ bậc. Nếu tổng lý tư tình ẩn dấu cũng cho người ngoài bắt nộp và lãnh thưởng”14
Như vậy triều đình Huế đối với Pháp thực sự trở thành một công cụ thống trị, tay sai đắc lực đàn áp phong trào của nông dân cũng như quản lý công việc của nhà nước. Pháp chủ trương tiếp tục duy trì bù nhìn này bởi nó có vai trò nhất định với Pháp trong công cuộc bình định và khai thác thuộn địa. Việc duy trì chế độ quân chủ bù nhìn của Pháp với Nam Triều như là một sự trả lương cho chính quyền đó để nó tiếp tục thực hiện bổn phận, chức năng của mình. Để hoàn thành tốt hơn nữa