Khác với tế bào vi khuẩn nấm men đã có ty thể. Đây là những thể hình cầu, hình que, hình sợi nhưng hình dạng và số lượng có thể thay đổi khác nhau phụ thuộc vào điều kiện nuôi cấy và trạng thái sinh lý tế bào. Là những thể hình cầu, hình que, hình sợi, kích thước 0,2÷0,5 x 0,4÷1 m ln ln di động và tiếp xúc với các cấu trúc khác của tế bào. Hình dạng và số lượng ty thể thay đổi phụ thuộc vào điều kiện nuôi cấy và trạng thái sinh lý tế bào.
Cấu tạo ty thể được chia ra thành những lớp sau: Màng phía ngồi chia thành ba lớp
Màng phía trong các vách cũng có ba lớp
Khoảng cách giữa các lớp là nơi xảy ra những phản ứng tạo ATP
Chức năng của ty thể: nó được coi như là trạm năng lượng của tế bào nấm men. + Tham gia vào việc thực hiện các phản ứng oxy hóa giải phóng năng lượng ra khỏi cơ chất, làm cho năng lượng được tích lũy dưới dạng ATP.
+ Giải phóng năng lượng khỏi ATP và chuyển năng lượng đó thành dạng năng lượng có ích cho hoạt động sống của tế bào.
+ Tham gia vào việc tổng hợp một số hợp chất protein, lipid, carbohydrate, những hợp chất này tham gia vào cấu tạo màng tế bào.
Ngoài ra ty thể còn chứa nhiều loại men khác nhau như: oxidase, cytocromoxidase, peroxidase, phosphatase...
e. Khơng bào
Trong mỗi tế bào nấm men có một khơng bào khá lớn và nhiều khơng bào nhỏ có tác dụng điều hịa áp suất thẩm thấu, tham gia vào q trình trao đổi chất tế bào vì nó chứa nhiều hợp chất hữu cơ ở trạng thái trung gian, nó được coi như những phần dự trữ quan trọng của tế bào, nó tham gia vào các q trình điều hịa các q trình sinh trưởng và phát triển của tế bào nấm.