Cơ chế quản lý NSNN là hệ thống các nguyên tắc, hình thức và phương pháp quản lý điều hành NSNN trong từng giai đoạn phát triển kinh tế. Cơ chế quản lý ngân sách trong nền kinh tế trị trường phải xuất phát từ đặc điểm của nền kinh tế thị trường và vai trò của Nhà nước trong nền kinh tế thị trường. Mặt khác cơ chế quản lý ngân sách còn phải phù hợp với đặc điểm hoạt động của NSNN trong nền kinh tế thị trường.
NSNN tác động vào nền kinh tế thị trường thông qua hai phương thức khác nhau. Thứ nhất NSNN là công cụ quản lý của Nhà nước, Nhà nước thơng qua các chính sách thu, chi cân đối ngân sách để đáp ứng nhu cầu chi tiêu và tác động điều tiết vĩ mô nền kinh tế, với phương thức này chính sách ngân sách mang tính chất pháp lý và bắt buộc phải thực hiện. Phương thức thứ hai xuất phát từ đặc điểm NSNN là một quỹ tiền tệ tập trung lớn của Nhà nước, NSNN tham gia đầu tư vào thị trường với vai trò là một chủ thể kinh tế độc lập, bình đẳng với các chủ thể kinh tế khác trong thị trường; trong trường hợp này, với tư cách một chủ thể kinh tế có tiềm lực lớn, sự tham gia của NSNN có ý nghĩa định hướng thị trường, làm phong phú thêm hoạt động của thị trường, tạo thêm tiềm lực cạnh tranh giữa các thành phần kinh tế theo định hướng của Nhà nước.
Trong nền kinh tế kế hoạch hoá tập trung, Nhà nước tham gia trực tiếp vào mọi hoạt động kinh tế, nên NSNN cũng phải đi theo để phục vụ hoạt động của Nhà nước dẫn đến NSNN bị dàn trải, manh mún, nhỏ bé, đầu tư khơng có trọng tâm, trọng điểm, u cầu chi ln q sức động viên của ngân sách. Trong nền kinh tế thị trường, Nhà nước hạn chế việc tham gia vào các
hoạt động điều hành trực tiếp nền kinh tế, vai trò quản lý điều hành của Nhà nước là ở tầm vĩ mơ, thơng qua các cơng cụ tài chính, ngân sách mà tác động tới thị trường. Do vậy NSNN cần phải trở thành một nguồn vốn tiền tệ tập trung đủ mạnh của Nhà nước, tác động tới thị trường, vận động thị trường phát triển theo định hướng của Nhà nước.
Yêu cầu xây dựng cơ cấu thu, chi NSNN hợp lý trong từng thời kỳ trên nguyên tắc là đảm bảo chi tiêu dùng thường xuyên nhưng cần phải giành một tỷ lệ thoả đáng cho chi đầu tư phát triển vì qua đầu tư phát triển sẽ tạo ra động lực phát triển cho nền kinh tế. Muốn vậy phải xem xét lại cơ cấu chi tiêu NSNN, kiên quyết cắt giảm những khoản chi mang tính chất bao cấp, những nội dung chi mà thị trường có thể đảm bảo được thì phải từng bước thị trường hố, nhất là các dịch vụ cơng mà trong cơ chế cũ vẫn do NSNN bao cấp. Ưu tiên đầu tư cho phát triển con người nhằm thực hiện chiến lược phát triển kinh tế - xã hội, thực hiện tiết kiệm chi tiêu, chống lãng phí. Trong chi đầu tư phát triển phải thực hiện nguyên tắc đầu tư tập trung, chống phân tán, dài trải, ưu tiên cho phát triển cơ sở hạ tầng kinh tế - xã hội, cho các ngành kinh tế giữ vị trí trọng yếu, then chốt tạo môi trường kinh tế cho các thành phần kinh tế khác. Đồng thời chi NSNN phải thể hiện được chính sách xã hội của Nhà nước trong việc thu hẹp sự bất bình đẳng trong phân phối do cơ chế thị trường mang lại. Thực hiện chính sách hỗ trợ, trợ cấp đối với người già, trẻ em mồ cơi, gia đình nghèo có khó khăn về kinh tế. Cơ cấu chi ngân sách cũng phải tính tới sự phát triển cân đối giữa các vùng miền, điều kiện kinh tế xã hội và địa lý... đảm bảo phát huy được thế mạnh của mọi khu vực, hạn chế sự chênh lệch về trình độ phát triển giữa các khu vực địa lý trong cả nước.
Trong phân phối chi tiêu NSNN cần ưu tiên chi NSNN cho các nội dung chi mang tính chất cơng cộng, có ảnh hưởng sâu rộng đối với nền kinh tế và số đông dân cư, mang lại hiệu ứng xã hội lớn, có tác động nhân rộng kết quả của nội dung chi đối với tồn xã hội. Hạn chế bố trí chi tiêu NSNN cho
các nội dung chi mang tính chất tiêu dùng cá nhân là những nội dung chi chỉ phục vụ trực tiếp cho một số hạn chế đối tượng thụ hưởng, đối với những nội dung chi này nên có cơ chế huy động sự đóng góp của người sử dụng dịch vụ để tự bù đắp chi phí, giảm nhẹ gánh nặng chi tiêu cho NSNN.
Cân đối NSNN phải trên nguyên tắc tích cực: Nhà nước phải chủ động trong điều hành cân đối ngân sách, chi tiêu dùng chỉ sắp xếp trong khả năng thu, không thực hiện bội chi ngân sách cho chi tiêu dùng, chỉ thực hiện bội chi ngân sách cho chi đầu tư phát triển, khống chế tỷ lệ bội chi ngân sách trong một khn khổ cho phép, tính tốn mức bội chi ngân sách khơng được ảnh hưởng tiêu cực đến các cân đối lớn của nền kinh tế, gây lạm phát. Chỉ thực hiện bội chi ngân sách khi đã có phương án tìm nguồn bù đắp cho bội chi. Nhà nước không phát hành tiền, thực hiện đi vay để bù đắp bội chi NSNN.
Ngoài ra, cơ chế quản lý điều hành NSNN phải thực hiện được yêu cầu tiết kiệm, vì thực hiện tiết kiệm sẽ dành được nguồn lực đáng kể của ngân sách cho đầu tư phát triển. Tiết kiệm ở đây phải thể hiện nay từ khâu lập dự toán ngân sách, xác định phương án chi tiêu và trong quá trình sử dụng ngân sách. Để thực hiện tiết kiệm trong sử dụng ngân sách, đòi hỏi Nhà nước phải ban hành thống nhất các chế độ chi tiêu, hệ thống quy định về các định mức chi ngân sách, tiêu chuẩn chi ngân sách làm căn cứ xây dựng dự toán, phân bổ dự toán ngân sách và thực hiện và giám sát, kiểm tra sử dụng ngân sách. Hơn nữa phải thực hiện nguyên tắc tập trung dân chủ trong quản lý ngân sách, thực hiện công khai ngân sách ngân sách đối với mọi cấp ngân sách để nhân dân được tham gia giám sát quá trình sử dụng NSNN.
Tiết kiệm trong sử dụng NSNN phải đi liền với sử dụng đúng mục đích và hiệu quả. Do vậy bên cạnh việc đánh giá kết quả sử dụng NSNN theo dự toán, đánh giá việc chấp hành chế độ chi tiêu tài chính trong sử dụng ngân sách như hiện nay, cần phải nghiên cứu thực hiện cơ chế đánh giá kết quả sử
dụng ngân sách theo mục tiêu, theo kết quả mang lại. Hay nói cách khác cần phải chuyển dần việc đánh giá kết quả sử dụng NSNN còn thiên về các yếu tố đầu vào như hiện nay sang thực hiện việc đánh giá kết quả sử dụng ngân sách theo kết quả đầu ra, gắn việc sử dụng ngân sách với kết quả đạt được.
Khác với cơ chế quản lý NSNN trong nền kinh tế kế hoạch hoá tập trung, nơi NSNN được coi là nguồn lực cơ bản, duy nhất của Nhà nước để thực hiện các nhiệm vụ phát triển kinh tế, xã hội theo kế hoạch của Nhà nước. Trong nền kinh tế thị trường, NSNN khơng cịn là nguồn lực duy nhất, mà là nguồn lực giữ vai trị chủ đạo có vai trị định hướng và hướng dẫn chi tiêu. NSNN được ưu tiên sử dụng để thực hiện những nhiệm riêng có của Nhà nước, những cơng việc mà thị trường không thể thực hiện hoặc không thể giao cho thị trường thực hiện. Bên cạnh đó cơ chế quản lý NSNN trong nền kinh tế thị trường cần phải tạo ra mơi trường để thu hút, khuyến khích sự tham gia của các nguồn vốn khác trong thị trường để bổ sung cho nguồn lực NSNN, do đó Nhà nước cần có chính sách phù hợp để huy động được các nguồn vốn ngồi NSNN như: nguồn đóng góp từ dân cư, từ các thành phần kinh tế khác.. để thực hiện các nhiệm vụ phát triển kinh tế - xã hội theo định hướng của Nhà nước. Đây là điểm khác biệt rất cơ bản về cơ chế quản lý NSNN trong nền kinh tế thị trường với cơ chế quản lý NSNN trong nền kinh tế kế hoạch hoá tập trung.