Bên cạnh những mặt đã đạt được, VPBank – Chi nhánh Trung Hòa Nhân Chính còn có một số khó khăn cần khắc phục, đó là:
Thứ nhất, về cơ cấu của nguồn vốn thì tổng nguồn vốn huy động tại Vpbank Trung Hòa Nhân Chính tuy lớn nhưng mà cơ cấu của từng bộ phận nguồn vốn lại kém ổn định.Tiền gửi không kỳ hạn có chi phí thấp hơn so với các loại tiền gửi khác nhưng chi nhánh vẫn chưa tận dụng được lợi thế của mình để thu hút lượng tiền gửi này mà để nó có xu hướng giảm dần qua các năm với một tỷ lệ khá cao. Tiền gửi trung và dài hạn là loại tiền gửi ổn định nhất và thường được ngân hàng sử dụng để cho vay nhất. Mặc dù tiền gửi trung và dài hạn của chi nhánh vẫn đủ để đáp ứng nhu cầu cho vay trung và dài hạn thế nhưng tốc độ tăng trưởng của loại tiền gửi này không ổn định, thậm chí còn giảm. Điều này sẽ ảnh hưởng tới kế hoạch cũng như những dự tính của chi nhánh trong quá trình hoạt động kinh doanh
Thứ hai, tiền gửi của các tổ chức kinh tế, doanh nghiệp vẫn còn thấp, trong khi địa bàn hoạt động lại là nơi tập trung của rất nhiều trụ sở của các công ty doanh nghiệp. Chính vì vậy loại tiền gửi này vẫn chưa tương xứng với tiềm năng phát triển của địa bàn hoạt động
Thứ ba, tiền gửi không kỳ hạn đang có xu hướng giảm dần. Mặc dù tiền gửi không kỳ hạn không phải là nguồn lực sử dụng chính của ngân hàng, tuy nhiên nguồn vốn này có chi phí huy động thấp nhất, chính vì vậy ngân hàng cần có những biện pháp hữu hiệu để nâng cao khối lượng nguồn vốn này trong tương lai
Thứ tư, Chi phí huy động vốn của ngân hàng còn khá cao, qua 3 năm 2009, 2010, 2011 thì chi phí huy động, lãi suất huy động bình quân đầu vào của ngân hàng liên tục tăng
Thứ năm, Chính sách marketing, giới thiệu hình ảnh, các sản phẩm dịch vụ của ngân hàng tới các đối tượng khách hàng tiềm năng trên địa bàn vẫn còn kém, chưa tận dụng được hết các mối quan hệ cũng như khả năng của chi nhánh
Thứ sáu, phương pháp huy động vốn bằng việc phát hành các giấy tờ có giá chưa được phát huy. Mặc dù đây là một phương pháp giúp ngân hàng huy động được một nguồn vốn có kỳ hạn dài và ổn định, có thể sử dụng để cho vay. Tuy nhiên phương pháp này chưa được ngân hàng Việt Nam Thịnh Vượng sử dụng hiệu quả