Chủ trƣơng của Đảng và Nhà nƣớc hiện nay là cải cách thủ tục hành chính và giảm thiểu bộ máy Nhà nƣớc cồng kềnh kém hiệu quả; đồng thời định hƣớng cắt giảm đầu tƣ công, giảm thâm hụt ngân sách, tập trung vào tái cơ cấu nền kinh tế. Vì vậy, việc thành lập thêm một cơ quan với vai trò và vị thế ngang cấp Bộ là một thách thức không nhỏ vì hoàn toàn có thể gây nhiều tranh cãi trong Quốc hội và nội bộ Chính phủ về sự cần thiết thành lập cơ quan này cũng nhƣ các nguồn lực liên quan.
37
Thách thức về nhân lực. Thách thức về nhân sự và chất lƣợng nhân sự, cụ thể là thiếu cán bộ chất lƣợng, giàu kinh nghiệm đặc biệt là vào giai đoạn đầu. Năng lực ở đây bao gồm năng lực giám sát của cơ quan giám sát hợp nhất và năng lực của cán bộ các cơ quan giám sát chuyên ngành. Năng lực cán bộ còn hạn chế sẽ gặp phải nhiều khó khăn hơn khi mở rộng lĩnh vực hoạt động giám sát, phối hợp giữa các chuyên ngành,v..v… Bên cạnh đó, xử lý cán bộ của các cơ quan cũ trƣớc hợp nhất cũng là vấn đề khó khăn vì đặc biệt nhạy cảm về các vấn đề bổ nhiểm, miễn nhiệm, thuyên chuyển, nghỉ việc,v..v…
Thách thức về nguồn tài chính. Vấn đề đặt ra khi hợp nhất các cơ quan giám sát chuyên ngành thành một cơ quan giám sát tài chính hợp nhất. Việc này yêu cầu nguồn nhân lực lớn mà nếu thiếu quyết tâm chính trị thì sẽ khó hoàn thành kế hoạch.
Thách thức về pháp lý. Vấn đề về pháp lý đặt ra khi cần thời gian để ban hành mới, chỉnh sửa, bổ sung hàng loạt quy định. Nghiên cứu chỉ ra rằng ở nhiều nƣớc, 3 năm đầu của quá trình hợp nhất là giai đoạn khó khăn của các cơ quan giám sát tài chính hợp nhất với hàng loạt vấn đề liên quan đến nguồn vốn hoạt động của các cơ quan giám sát, quyền xử lý các đối tƣợng vi phạm,v..v… và những vấn đề phát sinh trong quản lý quá trình sáp nhật.