CHƯƠNG 3 : KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN
3.2. Kết quả đánh giá nguồn gen dựa vào đặc diểm hình thái của sâm NgọcLinh
3.3.2. Xác định allen đa hình và chỉ số PIC
Trên cơ sở phân tích hình ảnh điện di sản phẩm PCR của 29 chỉ thị phân tử đã xác định được 26 (chiếm hơn 89%) chỉ thị phân tử cho đa hình ở 15 giống nghiên cứu. Trong số đó có 19 chỉ thị phân tử cho biểu hiện đa hình cao giữa các giống sâm với nhau.
Hình 3.18: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị L39
Phân tích Hình 3.18 cho thấy, 15 mẫu giống chia thành 2 nhóm đa hình với nhau. Nhóm thứ nhất gồm M1, M2, M3, M4, M5, M6, M7, M9, M10, và M15 khơng xuất hiện allen. Nhóm thứ 2 có 5 mẫu giống, ở mỗi mẫu giống xuất hiện 3 allen.
Hình 3.19: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị L73
Phân tích Hình 3.19 cho thấy, hầu hết các mẫu giống đa hình với nhau ở chỉ thị L73. Tổng số có 97 allen xuất hiện/15 giống. Số allen đa hình nhiều nhất là 8 allen ở giống M3, M4, và M6. Ba mẫu giống này đa hình với các 12 mẫu giống cịn lại, nhưng khơng đa hình giữa chúng với nhau.
Phân tích kết quả điện di sản phẩm PCR của chỉ thị L111 (Hình 3.20) cho thấy: giống M1, M7, M8, M9, và M11 đa hình với nhau và với các giống cịn lại. Nhóm giống gồm: M2, M3, M4, M5, M6 khơng đa hình với nhau. Kết quả này cũng nghi nhận tương tự ở nhóm giống M10, M12, M13, M14, và M15 khơng đa hình với nhau.
Hình 3.20: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị L111
Phân tích hình ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị L115 (Hình 3.21) nhận thấy: các giống M1, M6, M10, M13 đa hình với tất cả các giống còn lại; các giống M2, M3, M4, M7, M9, M11, M12, M14, M15 khơng đa hình với nhau, nhưng đa hình với các giống cịn lại.
Hình 3.21: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị L115
Phân tích Hình 3.22 nhận thấy, chỉ thị phân tử L145 cho phép phân thành 3 nhóm giống đa hình với nhau. Nhóm 1 gồm mẫu M1, M4, M5, M8, và M15; nhóm 2 gồm mẫu M2, M3, M6, M7, M9, M10, M12, và M14; nhóm 2 gồm mẫu M11 và M13.
Hình 3.22: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị L145
Phân tích Hình 3.23 cho thấy, hầu hết các giống đa hình với nhau ở chỉ thị L149. Chỉ có nhóm giống gồm: M3, M4, M5, và M6 là khơng đa hình với nhau, nhưng lại đa hình với các giống cịn lại.
Hình 3.23: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị L149
Phân tích kết quả điện di sản phẩm PCR của chỉ thị VES2 (Hình 3.24) cho thấy: Mẫu M6, và M11 đa hình với tất cả các giống cịn lại; các mẫu giống M1, M2, M3, M4, M5, M13, M14, và M15 đa hình với các mẫu giống cịn lại, nhưng khơng đa hình giữa chúng với nhau; tương tự các mẫu giống M7, M8, M9, M10, và M12 khơng đa hình với nhau, nhưng đa hình với các giống cịn lại.
Hình 3.24: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị VES02
Phân tích Hình 3.25, cho thấy chỉ thị PVM176 biểu hiện sự đa hình rõ rệt giữa các mẫu. Số allen xuất hiện nhiều nhất ở các mẫu M1, M2, M3, M11 và M13 với 3 allen. Mẫu số M5, M10, M12 và M15 khơng có allen xuất hiện. Các mẫu số M4, M14 xuất hiện 1 allen. Các mẫu cịn lại xuất hiện 2 allen.
Hình 3.25: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị PVM176
Tổng hợp số liệu về sự xuất hiện và không xuất hiện các allen ở 15 mẫu giống sâm Ngọc Linh trên 29 chỉ thị phân tử được kết quả trình bày ở Bảng 3.4.
Bảng 3.4: Số Allen đa hình và giá trị PIC của các chỉ thị EST-SSR phân tích trên 15 mẫu Sâm Ngọc Linh.
STT Chỉ thị SSR Số allen đa hình Tổng số allen đa hình Chỉ số PIC 1 L39 3 15 0,66 2 L73 8 97 0,87 3 L111 5 63 0,75 4 L115 8 81 0,84 5 L119 9 40 0,87 6 L145 3 31 0,65 7 L149 11 85 0,90 8 PVM99 2 20 0.48 9 PVM104 3 18 0,36 10 PVM105 2 14 0,41 11 PVM129 1 11 0 12 PVM132 4 15 0,67 13 PVM134 2 29 0,50 14 PVM137 2 25 0,48 15 PVM139 5 17 0,63 16 PVM148 2 21 0,47 17 PVM176 4 25 0,70 18 PVM184 3 15 0,56 19 VES01 7 69 0,85 20 VES02 6 29 0,63 21 VES11 2 22 0,48 22 VES12 2 23 0,50
23 VES13 3 22 0,53 24 VES15 4 32 0,66 25 VES16 6 16 0,83 26 VES17 1 14 0 27 Mr2U1 1 12 0 28 Mr2U2 3 15 0,55 29 TP07 9 60 0,84 Tổng 121 936 Trung bình 4,17 32,28 0,57
Phân tích kết quả ở Bảng 3.4 cho thấy: chỉ số đa hình PIC (Polymorphic
Information Content) biến động qua từng vị trí locus (chỉ thị) và nó dao động từ 0 đến
0,90. Trong số 29 chỉ thị có 3 chỉ thị khơng đa hình với giá trị chỉ số PIC bằng 0 gồm: Mr2U1, PVM129, VES17; và 26 chỉ thị cho đa hình (polymorphism) giữa các giống, với giá trị PIC thay đổi từ 0,36 ( PVM104) đến 0,90 (L149).
Hình 3.26: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị Mr2U1
Số allen đa hình xuất hiện nhiều nhất ở chỉ thị L149 với 11 allen. Tổng số allen đa hình của 29 chỉ thị là 121, trung bình mỗi chỉ thị có 4,17 allen. Tổng số allen đa hình được nhân lên bởi 29 chỉ thị trên 15 giống sâm Ngọc Linh là 936 allen, trung bình mỗi chỉ thị khuếch đại được 32,28 allen. Trong đó, chỉ thị khuếch đại được nhiều allen nhất là L73 với 97 allen và chỉ thị nhân lên được ít allen nhất là PVM129 với 11 allen.
M1 khơng có allen nào xuất hiện, đa hình với tất cả các giống còn lại. Các mẫu M5, M8, M14, M15 đều xuất hiện 2 allen; trong đó các mẫu M8, M14, M15 khơng đa hình với nhau, nhưng lại đa hình với mẫu M5. Các mẫu cịn lại xuất hiện 1 allen và khơng đa hình với nhau (Hình 3.27).
Hình 3.27: Ảnh điện di sản phẩm PCR của chỉ thị PVM104
Giá trị PIC bằng 0 tại vị trí locus chỉ có 1 allen (monomorphism). Các chỉ thị phân tử có giá trị PIC lớn hơn hoặc bằng 0,5 sẽ cho sự phân biệt cao về đa hình của chỉ thị đó (DeWoody và cs, 1995). Như vậy, qua Bảng 3.4 nhận thấy, có 20/29 chỉ thị có giá trị PIC > 0,5. Điều này cho tỏ, có hơn 68% số chỉ thị sử dụng trong nghiên cứu cho mức độ đa hình cao.