Kho sát v trí vƠ cu trúc đo CpG th uc vùng promoter gen p16INK4

3.2. KHO SỄT IN SILICO

3.2.2. Kho sát v trí vƠ cu trúc đo CpG th uc vùng promoter gen p16INK4

Ti n hƠnh thu th p trình t vùng promoter thu c gen CDKN2A (p16INK4) b ng ch ng trìnhNCBI theo mƣ DQ406745.

Trình t vùng promoter gen p16INK4 đ c thu nh n trên ngơn hƠng gen (Genbank) trên c s d li u NCBI v i mƣ s accession lƠ DQ406745. Sau đó, các đ o CpG đ c ti n hƠnh xác đ nh thơng qua ch ng trình Methprimer. K t qu đ c trình bƠy Hình 3.5.

Lý Th Tuy t Ng c Trang 47

Hình 3.5. S đ hình nh các vùng đ o CpG trên trình t gen kh o sát

Nhìn chung, k t qu cho th y 4 đ o CpG đ c d đoán v i chi u dƠi các đ o t ng ng lƠ 26λbp (CpG1), 130bp (CpG2), 142bp (CpG3) vƠ 257bp (CpG4). Trên trình t kh o sát nƠy, nh n di n đ c m t vùng đ o CpG4 v i chi u dƠi 257bp đ c đ nh v t v trí Nu 188λ đ n 2145. NgoƠi ra, d a trên k t qu kh o sát trên genebank, nh n th y s phơn b các vùng c a trình t nƠy nh sauμ vùng promoterđ c đ nh v t Nu 1 đ n 1787, vƠ vùng exon 1 đ c đ nh v b t đ u t Nu s 2000. K t qu phơn vùng đ c đ c th hi n Hình 3.5. Nh v y, vùng đ o CpG4 ph l p m t ph n promoter, vùng 5’UTR vƠ 1 ph n vùng exon 1.

Hình 3.6. V trí các vùng promoter, 5’UTR vƠ exon 1trên trình t kh o sát

Ghi chúμ vùng promoter lƠ đo n mƠu xanh lá, mƠu h ng lƠ exon 1

Bên c nh đó, d a trên m t s các cơng trình nghiên c u trên th gi i trên nhi u đ i t ng nghiên c u khác nhau ch ng h n nh ung th vú cơng trình nghiên c u Hu X.C. [16], ung th th c qu n c a tác gi Hibi K.[15], ung th ph i c a tác gi Yang L. [74][72] đ u t p trung trong vi c thi t k m i khu ch vùng gen n m thu c đ o CpG đ

Lý Th Tuy t Ng c Trang 48 ti n hƠnh đánh giá tình tr ng methyl hóa c a v trí CG trong vùng nƠy. Do đó, trong gi i h n c a đ tƠi khóa lu n t t nghi p, vùng CpG4 đ c l a ch n đ kh o sát vƠ k th a trình t m i methyl vƠ khơng methyl t các nghiên c u tr c đơy.

NgoƠi ra, b ng ch ng trình TFSEARCH xác đ nh các v trí nhơn t phiên mƣ ch ng h n nh Sp1, CREB, GATA2, AML - 1aầ đ c nh n di n đ c s d ng ch đ ng ng (threshold) l n h n 85.

Hình 3.7. Trình t gen p16INK4 vƠ s phơn b các v trí phiên mƣ trên trình t

Ghi chú: vùng mƠu tímμ 5’UTR, vùng mƠu đ Exon 1, các vùng mƠu xanhμ v trí các CpG, trình t g ch d i lƠ m i.

Nh n xét:

Trên trình t kh o sát, k t qu cho th y có 4 vùng đ o CpG trên vùng promoter thu c gen p16INIK, xác đ nh đ c trình t nh n bi t c a m t s nhơn t phiên mƣ c th lƠμ ADR1, Sp1, GATA - 2, GATA - 2, AML,... (Hình 3.7). Các v trí CpG trong trình t m i vƠ bên trong s n ph m MSP t o ra gi a hai m i ho c các motif nucleotide k c n các v trí CpG đ u lƠ các ví trí ắnóng” (hot spot)μ chúng chính lƠ các trình t ho c m i ho c m t ph n các trình t nh n bi t các nhơn t đi u hòa phiên mƣ quan tr ng. Nh ng v trí nóng nƠy d dƠng b đ t bi n hay methyl hóa d n đ n gen khơng đ c phiên mƣ, khơng có kh n ng bi u hi n ch c n ng gen c ch kh i u.

Lý Th Tuy t Ng c Trang 49 Vùng exon 1 mƣ hóa trình t đ o CpG trên vùng promoter thu c gen p16INK4, các t bƠo bình th ng khơng b methyl hóa, khi q trình methyl hóa vùng 5’ t i đ o CpG đ c phát hi n m t s b nh ung th ng i [5]

. Methyl hóa các đ o CpG trên vùng promoter thu c gen p16INK4 gơy im l ng bi u hi n gen p16INK4 (tumor suppressor gene - gen c ch kh i u) t ng quan ch c ch đ n m t s b nh ung th bao g m ung th đ i tr c trƠng, ph i, vú, c t cung...

o CpG4 n m m t ph n trong vùng 5’ không d ch mƣ vƠ m t ph n trong vùng exon 1 c a gen p16INK4, tham kh o t cơng trình nghiên c u c a Vinci A. D. vƠ c ng s , 2002 [69].

M i xuôi (MF) vƠ m i ng c (MR) đ c đ c xác đ nh t i đ o CpG4 b i ph n m m anhyb n m trong kho ng t nu 1λ20 đ n nu 1λ43 m i xuôi vƠ m i ng c lƠ t nu 204λ đ n 206λ, khuy ch đ i vùng gen có kích th c 257 pb, ngoƠi ra vùng đ o CpG4 đ c bi u di n nhi u đi m CG nh t trong 4 vùng (d a vƠoHình 3.6). Do đó, vùng đ o CpG4 đ c ch n vùng khuy ch đ i vùng promoter thu c gen p16INK4 nh m phát hi n, tiên l ng ch n đoán m t s b nh ung th . Sau khi nh n đ nh k t qu , ti n hƠnh mơ t v trí nhơn t phiên mƣ vƠ m i trên đ o CpG thu c gen p16INK4đ c trình bƠy Hình 3.7.