Nhân viên giao nhận mang bộ chứng từ đến Chi cục Hải quan BIÊN HÒA - ĐỒNG NAI (nơi đăng ký tờ khai) để đăng ký theo trình tự sau:
Nộp bộ hồ sơ vào quầy đăng ký tờ khai. Cán bộ Hải quan tiếp nhận, kiểm tra nợ thuế của công ty. Trong trường hợp nợ thuế thì cơng chức Hải quan sẽ trả lại bộ hồ sơ và yêu cầu phải có giấy trả nợ thuế. Trong trường hợp không nợ thuế, công chức Hải quan kiểm tra đối chiếu giữa tờ khai và bộ chứng từ xem chính xác và khớp nhau chưa, mở cuốn biểu thuế kiểm tra việc áp mã số thuế, thuế suất của doanh nghiệp đúng khơng. Nếu sai sót u cầu về chỉnh sửa lại.
Khi khai đúng và bộ hồ sơ hợp lệ thì cán bộ Hải quan sẽ cho số thứ tự in ra 1 bản Lệnh Hình thức kẹp vào bộ hồ sơ. Lệnh này sẽ do máy xác định, khi Hải quan đưa cho nhân viên giao nhận lệnh hình thức cùng bộ hồ sơ chữ ký của cán bộ Hải quan, thì nhân viên giao nhận phải tra xem trên lệnh hình thức của mình có số tờ khai bao nhiêu đồng thời ghi số, ngày đăng ký vào tờ khai. Trong bản lệnh hình thức, mức độ kiểm tra Hải quan có 3 mức độ sau đây:
Mức 1: Miễn kiểm tra chi tiết hồ sơ, miễn kiểm tra trực tiếp hàng hóa (luồng
vàng)
Mức 2: kiểm tra chi tiết hồ sơ và kiểm tra trực tiếp hàng hóa (luồng đỏ).
Mức 3: có 3 mức độ kiểm tra thực tế hàng hóa: kiểm tra tồn bộ lơ hàng, kiểm
tra 10% lô hàng, kiểm tra 5% lô hàng.
Cán bộ Hải quan sẽ ký và đóng dấu vào ơ cán bộ đăng ký trên tờ khai, phụ lục tờ khai, phiếu tiếp nhận tờ khai. Sau khi lãnh đạo Chi cục ký vào lệnh hình thức, Hải quan sẽ trả lại cho nhân viên giao nhận phiếu tiếp nhận hồ sơ.
Công chức Hải quan sẽ chuyển bộ hồ sơ sang quầy kiểm tra chi tiết hồ sơ (ngồi bên cạnh). Người này sẽ tính lại xem tờ khai áp mã tính thuế và thuế suất có đúng
với mặt hàng nhập khẩu mà nhà nước đã quy định khơng. Sau đó ra thơng báo thuế ký đóng dấu vào ơ 36 trên tờ khai dành cho cán bộ kiểm tra thuế (đối với lơ hàng có thuế)
Nhân viên giao nhận nhìn thơng báo thuế, nhìn thơng báo thuế phải nộp vào ơ 34 trên tờ khai.
Sang quầy thu lệ phí nộp lệ phí Hải quan 20000 đồng/bộ hồ sơ Hải quan, cán bộ Hải quan sẽ phát cho 1 biên lai màu đỏ và 1 biên lai màu tím. Nhân viên giao nhận ghi số tiền đã nhận là 20000 đồng vào ô số 35 trên tờ khai, ghi số biên lai, ngày…Và kẹp biên lai màu tím vào tờ khai bản lưu Hải quan còn biên lai màu đỏ mang về cơng ty thanh tốn.
Bộ hồ sơ được tiếp tục chuyển sang bộ phận khác. Cán bộ Hải quan ghi số đơn, ký và đóng dấu lên đơn đề nghị chuyển cửa khẩu.
Nhân viên giao nhận đến quầy trả tờ khai để nhận lại tờ khai bản lưu người khai Hải quan, đơn đề nghị chuyển cửa khẩu, một P/L, một hóa đơn thương Mại.
Lưu ý:
Nhân viên giao nhận phải đăng ký vào bản tiếp nhận tờ khai lưu Hải quan ngày giờ kiểm hóa. Trong trường hợp sơ ý khơng đăng ký thì sẽ khơng được kiểm hóa.
Nếu tờ khai có sai sót nhỏ (lỗi khơng nghiêm trọng, khơng ảnh hưởng đến tính trung thực của tờ khai) thì người khai báo có thể sửa lại và đăng ký nháy bên cạnh nhưng phải có sự chứng kiến của Hải quan và Hải quan phải đóng dấu vào chỗ sửa đó.