Trong điều kiện hội nhập kinh tế quốc tế, việc sử dụng các biện pháp phi thuế quan trong chính sách thương mại quốc tế không phải là một biện pháp lâu dài.
Chẳng hạn, trong khuôn khổ WTO, các Chính phủ phải minh bạch hố chính sách và chuyển dần việc quản lý bằng các công cụ phi thuế quan sang thuế quan. Hiện tại, ở Việt Nam, hệ thống các công cụ phi thuế quan chưa được Bộ Thương mại hay bất cứ cơ quan nào thống kê theo dõi và điều chỉnh.
Các công cụ phi thuế quan đang do các cơ quan khác nhau quản lý nhưng không trực tiếp được sử dụng như một cơng cụ của chính sách thương mại quốc tế. Chẳng hạn, Bộ Thương mại quản lý hạn ngạch, hạn ngạch thuế quan, các biện pháp hành chính. Bộ Cơng nghiệp, Bộ Khoa học và Công nghệ quy định tỷ lệ nội địa hố. Tín dụng xuất khẩu lại do Quỹ hỗ trợ phát triển (DAF)22 và các ngân hàng thực hiện. Việc quản lý các khoản mua sắm của Chính phủ do Bộ Kế hoạch Đầu tư, Bộ Tài chính quản lý. Các biện pháp hành chính được áp dụng phụ thuộc vào quyền hạn và chức năng của các cơ quan chuyên ngành. Thủ tục cấp giấy phép xuất khẩu và cấp giấy chứng nhận xuất xứ mẫu B còn tách rời dẫn đến doanh nghiệp mất thời gian khi thực hiện thủ tục xuất khẩu. Quy chế hỗ trợ tín dụng xuất khẩu chưa có định hướng ưu tiên cho các doanh nghiệp có uy tín, có tình hình tài chính lành mạnh. Hơn nữa, diện các mặt hàng được hưởng ưu đãi về tín dụng xuất khẩu cịn dàn trải. Bên cạnh đó, vai trị của các Hiệp hội ngành hàng chưa được thể hiện trong việc bảo lãnh hay giới thiệu các đơn vị thành viên vay vốn tín dụng xuất khẩu.
Công việc theo dõi, điều chỉnh các công cụ phi thuế quan gặp khó khăn do quy định phải xem xét xem biện pháp đó có hạn chế thương mại hay khơng.
Thơng tin về việc nước ngồi áp dụng các biện pháp phi thuế đối với hàng hoá Việt Nam cũng chưa được thực hiện một cách hệ thống. Việt Nam chưa xây dựng cơ sở dữ liệu thông tin về các biện pháp phi thuế cũng như chưa xây dựng danh mục các mặt hàng dễ bị áp dụng các biện pháp phi thuế. Việc áp dụng các biện pháp phi thuế của các quốc gia bạn hàng đối với hàng hoá Việt Nam là việc chắc chắn xảy ra khi Việt Nam tham gia ngày càng sâu rộng hơn vào thương mại quốc tế. Chẳng hạn trong trường hợp các hàng hoá của Việt Nam bị cáo buộc phá giá, Việt Nam đã lúng túng trong giải quyết và phòng ngừa. Bên cạnh đó, cơng tác tuyên truyền những vấn đề liên quan đến việc đối phó với các biện pháp phi thuế
mà nước ngồi có khả năng áp dụng đối với hàng hố Việt Nam chưa tốt.
Việt Nam có xu hướng hạn chế hoàn toàn việc cấp phép nhập khẩu. Đây là việc làm phù hợp với các quy định của WTO song việc loại bỏ theo lộ trình như thế nào chưa được chính thức cơng bố cho cộng đồng doanh nghiệp. Bên cạnh đó, Việt Nam cịn ít sử dụng các biện pháp như hạn ngạch thuế quan, các khoản mua sắm của chính phủ. Việc sử dụng các khoản tín dụng xuất khẩu, thưởng xuất khẩu, ... đang được điều chỉnh. Tuy nhiên, đối tượng chủ trì các chương trình xúc tiến thương mại cịn giới hạn ở một số ít cơ quan.
Bộ Thương mại hiện đã có những biện pháp phối hợp với các cơ quan đại diện ngoại giao của Việt Nam ở nước ngoài và cơ quan đại diện thương mại của Việt Nam ở nước ngoài. Tuy nhiên, việc phối hợp với các hiệp hội ngành hàng và các cơ quan đại diện ngoại giao và xúc tiến thương mại của nước ngồi ở Việt Nam cịn chưa được chú trọng.