Theo Nghị định 51 quy định về thanh hủy hóa đơn có sự thay đổi hồn tồn so với từ năm 2010 trở về trước, các DN thay vì đem hóa đơn lập sai, hết hạn sử dụng đến nộp cho cơ quan thuế thì nay tổ chức tự hủy tại trụ sở đơn vị mình, sau đó nộp báo cáo kết quả hủy cho cơ quan thuế; cách thức và phương pháp hủy được quy định rõ trong điều 27 thông tư số 153/2010/TT-BTC (sau được thay thế bởi thông tư 64/2013/TT-BTC). Quy định này đã tạo thuận lợi cho các DN hơn trong cơng tác xử lý hóa đơn của mình, tránh mất thời gian. Trong thời gian đầu thực hiện Nghị định 51, các DN còn nhiều vướng mắc, sai phạm. Nhiều DN thực hiện khơng đúng quy trình của việc hủy hóa đơn như : khi tiến hành thanh hủy không lập hội đồng thanh hủy, cách thức hủy không đúng theo quy định,… Hơn thế nữa, do không nắm bắt được quy định nên nhiều đơn vị đã đem cả hóa đơn hỏng nộp cơ quan thuế theo như quy định cũ gây mất thời gian, ảnh hưởng đến công việc của các cán bộ thuế.
Trải qua thời gian hơn 3 năm, Chi cục đã tiến hành nhiều đợt tập huấn, phổ biến các quy định mới cho đối tượng sử dụng, giải đáp thắc mắc cho các đơn vị. Đến nay cơng tác thanh hủy hóa đơn ở các đơn vị hầu hết đã hoàn thiện. Trừ một số rất ít đơn vị thiếu nắm bắt thơng tin dẫn đến những sai phạm khơng đáng có. Những điều này đã thể hiện bước đột phá tích cực của Nghị định 51 đến cơng tác quản lý hóa đơn ở Chi cục.