Chất lượng và an toàn vệ sinh nguyên liệu thủy sản vẫn chưa đáp ứng được các yêu cầu ngày càng cao của thị trường, công tác quản lý đối với khu vực sản xuất và thương mại ở khâu trước chế biến thể hiện nhiều bất cập. Hậu quả là chất lượng sản phẩm thủy sản của Việt Nam chưa ngang tầm với thế giới, xuất khẩu tuy vẫn tăng hàng năm nhưng tỷ lệ tăng trưởng không ổn định và tiềm ần nhiều nguy cơ. Các doanh nghiệp khi xuất khẩu thủy sản cịn lo lắng khi mà khơng biết sản phẩm thủy sản của doanh nghiệp mình có đáp ứng được u cầu cầu của thị trường nhập khẩu hay không. Chất lượng thuỷ sản xuất khẩu luôn là mối quan tâm trong công tác chỉ đạo sản xuất kinh doanh của ngành. Hiện nay vấn đề lớn nhất đối với chất lượng sản phẩm thuỷ sản Việt Nam đó là ngun liệu thuỷ sản có lẫn tạp chất hố học và việc sử dụng các loại hoá chất, kháng sinh trong nguyên liệu thuỷ sản.
Về thực trạng thuỷ sản nhiễm tạp chất vào nguyên liệu thuỷ sản. Đã xuất hiện hoạt động gian lận thương mại nhằm kiếm lời bất chính từ năm 1983- 1995, bắt đầu từ việc đưa đinh hoặc chì vào thân tơm tại 3 tỉnh Sóc Trăng, Cà Mau, Bạc Liêu. Vào những năm 1996- 1997 tình trạng bơm các
trở thành phổ biến ở các tỉnh đồng bằng sơng Cửu Long. Trước tình hình đó, Thanh tra các bộ, Vụ kỹ thuật và trung tâm KCS đã tăng cường kiểm tra, kiểm soát rất chặt chẽ. Nhưng chỉ được một thời gian thì tình trạng trên lại tiếp tục và ngày càng phát triển tinh vi hơn, có tổ chức riêng và sử dụng những chất khó phát hiện hơn. Trên thực tế, cũng đã nảy sinh hiện tượng các tổ liên ngành của địa phương lợi dụng quyền hành làm sai hoặc thông đồng kiềm lợi nên đã gây phiền hà và thiệt hại kinh tế cho các đại lý nguyên liệu, mặt khác do công tác đấu tranh chống tệ nạn này đạt hiệu quả khơng cao, khơng kiểm sốt liên tục nên vấn nạn trên chưa được khắc phục.
Về việc sử dụng hoá chất, kháng sinh cấm và hạn chế sử dụng trong nguyên liệu thuỷ sản. Việc sử dụng hố chất kháng sinh để phịng bệnh cho vật nuôi là yêu cầu của nghề nuôi thuỷ sản. Cùng với sự phát triển của khoa học và sự gia tăng mối quan tâm về bảo vệ sức khoẻ người tiêu dùng thực phẩm, ngày càng có nhiều loại hố chất kháng sinh được các nước phát triển đưa vào danh sách cấm và hạn chế sử dụng, điển hình là chính sách “dư lượng bằng khơng” của EU. Để đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của thị trường, Bộ thuỷ sản đã ban hành nhiều văn bản quy định các hoá chất kháng sinh cấm và hạn chế sử dụng, xuất Thủ tướng Chính phủ họp để thống nhất giải pháp quản lý việc nhập khẩu, bn bán và sử dụng hố chất kháng sinh. Tháng 3 năm 2005, Bộ thuỷ sản đã ký chỉ thị số 03/2005/CT-BTS về việc tăng cường kiểm sốt dư lượng hố chất, kháng sinh có hại cho hoạt động thuỷ sản. Đồng thời, Bộ cũng đã ban hành Quyết định số 07/2005/ QĐ- BTS về danh mục 17 hoá chất kháng sinh cấm sử dụng và 34 hoá chất, kháng sinh hạn chế sử dụng trong hoạt động sản xuất kinh doanh thuỷ sản. Mặc dầu vậy, tình trạng sử dụng hoá chất, kháng sinh bị cấm và hạn chế sử dụng vẫn còn dai dẳng, gây nhiều bức xúc trong dư luận và đã tác động xấu đến hoạt động xuất khẩu thuỷ sản.
Đầu năm 2005, thị trường EU đã phát hiện 30 lô hàng bị nhiễm malachite green và leucomalachite green, 2 lô hàng nhiễm fluoroquinolone; thị trường Canada phát hiện 48 lô hàng nhiễm malachite green và leucomalachite, 5 lô hàng nhiễm fluoroquinolone. Tại thị trường Hoa Kì, qua kiểm tra của Cục quản lý Dược phẩm và Thực phẩm Hoa Kỳ (FDA) cho thấy hàng thuỷ sản nhập khẩu từ Việt Nam có tỷ lệ nhiễm hoá chất, kháng sinh cấm và hạn chế sử dụng. Đến tháng 11/2005 đã có 9 lơ hàng nhiễm chloramphenicol, 7 lô hàng nhiễm malachite green và leuco -malachite green, 7 lô hàng nhiễm fluoroquinolone.
Từ khi Nhật Bản áp dụng lệnh kiểm tra 100% đối với mặt hàng mực của Việt Nam cừ cuối tháng 7/2005, chỉ trong vòng tháng 8, Bộ Y tế và Lao động Nhật Bản lại liên tiếp phát hiện thêm gần 10 trường hợp khác của 7 doanh nghiệp có lơ hàng có dư lượng chloramphenicol và có vi trùng đường ruột, những chất khơng được phép có trong thực phẩm theo Luật Vệ sinh an toàn thực phẩm của Nhật. Điều này đồng nghĩa với việc buộc các doanh nghiệp xuất khẩt Việt Nam phải thu hồi hoặc tiêu huỷ tại chỗ các lô hàng này. Tổng cộng là 20 tấn mực đông lạnh.
Đến cuối năm 2005, chất lượng các lô hàng xuất khẩu đã được cải thiện. Tuy nhiên, số lơ hàng đi EU vẫn được duy trì kiểm sốt dư lượng kháng sinh chloramphenicol (CAP), nitrfurans (NTRs) và malachite Green (MR), leucoma- lachite green (LMG). Tại thị trường Hoa Kì, thơng qua hoạt dộng kiểm tra chứng nhận đối với các lô hàng thuỷ sản xuất khẩu vào Mỹ, NAFIQAVED đã thực hiện kiểm tra 995 lô hàng (14.473 tấn) phát hiện 12 lô không đảm bảo chất lượng an toàn thực phẩm xuất khẩu, chủ yếu do bị phát hiện dư lượng MG, LMG,CAP, trong đó có 3 lơ cá basa, 9 lơ tơm đông lạnh. Tại thị trường Canada, NAFIQAVED đã thực hiện kiểm tra và cấp giấy chứng nhận đẻ xuất khẩu vào Canada cho 191 lô hàng (2,739 tấn) và phát hiện 1 lô tôm đông lạnh có chứa dư lượng CAP.
Thức ăn, thuốc, hố chất cung ứng cho ni trồng thủy sản ngày càng phong phú về chủng loại, đã có nhiều cải thiện tạo điều kiện thuận lợi cho người nuôi lựa chọn. Tuy nhiên, việc quản lý đối với các cơ sở sản xuất thức ăn, cơ sở kinh doanh thuốc, hố chất cịn nhiều bất cập. Tình trạng người ni trồng thuỷ sản tuỳ tiện sử dụng thuốc, hóa chất bị cấm vẫn xảy ra gây ảnh hưởng khơng tốt đến chất lượng sản phẩm thuỷ sản. Đó là một trong những nguyên nhân quan trọng dẫn tới sản phẩm thuỷ sản bị nhiễm hoá chất, kháng sinh.