- Tỷ trọng vốn vay trung và dài hạn còn thấp trong tổng số vốn đã cho vay: Tỉ lệ cho vay ngắn hạn và trung hạn tương ứng khoảng 74% và 26% đối với Dự án TCNT I và 52% và 48% đối với Dự án TCNT II so với mục tiêu đặt ra vốn cho vay trung dài hạn đạt từ 70 -80% thì kết quả cho thấy việc thực hiện chưa đạt được mục tiêu đề ra.
- Nguồn vốn Dự án chưa được giải ngân đồng đều tới các khu vực trong cả nước. Vốn
của Dự án chưa được dàn trải đều giữa các vùng. Tỷ lệ vốn phân bổ giữa các khu vực rất lớn. Vốn chủ yếu được đầu tư cho vay khu vực Đồng bằng sông Mê Kông tiếp đến là 3 khu vực miền núi, trung du phía Bắc và Đồng Bằng Châu Thổ Sông Hồng. Ba khu vực: Khu bốn cũ , Duyên Hải miền trung và Tây Nguyên lại chiếm một tỷ lệ rất thấp.
- Nhận thức của một số PFI và người vay cuối cùng về mục tiêu của Dự án cịn chưa thấu
đáo vì vậy đã gây ra một số sai sót về tính hợp lệ của một số tiểu dự án tài trợ bằng nguồn của Dự án. Tỷ trọng cho vay doanh nghiệp vừa và nhỏ thấp. Chỉ có khoảng 800 doanh nghiệp vừa và nhỏ được vay vốn từ Dự án I với tổng số tiền khoảng 14-15 triệu USD, bằng 14-15% tổng nguồn vốn của Dự án. Do định hướng cho vay của Dự án là hộ sản xuất nông nghiệp nên đây là một hệ quả tất yếu.
- Tình hình thực hiện kế hoạch phát triển thể chế còn chậm. Việc thực hiện một số chỉ tiêu
tài chính, các cam kết về tăng cường năng lực thể chế tuy đã được thực hiện song còn chậm do chưa nhận thức một cách đầy đủ và đúng đắn về tầm quan trọng cũng như ý nghĩa của các kế hoạch phát triển thể chế này. Do đó tỷ trọng giải ngân qua các ngân hàng thương mại cổ phần còn hạn chế. Nguyên nhân là các NHTMCP đang trong quá trình phát triển, tiềm lực cịn yếu nên Sở Giao dịch III còn thận trọng khi lựa chọn và cấp hạn mức tín dụng cho nhóm ngân hàng này.
- Vấn đề xem xét đánh giá tác động môi trường đã không được một số Định chế tài chính thực hiện thích hợp: Qua cơng tác kiểm tra, giám sát nhận thấy các Định chế tài chính
chưa sử dụng hướng dẫn đánh giá tác động mơi trường. Việc đào tạo chính thức cho đội ngũ cán bộ môi trường của Sở Giao dịch các các Định chế tài chính chưa mang tính bàn bản hệ thống, người vay cuối cùng chưa có hiểu biết về việc an tồn mơi truờng.
- Công tác kiểm tra giám sát còn chưa đáp ứng đủ. Một trong những nhiệm vụ quan trọng
sau giải ngân là giám sát tính tuân thủ các yêu cầu của Dự án đối với Định chế tài chính và người vay cuối cùng. Theo yêu cầu của WB hàng tháng cần có những đợt kiểm tra, giám sát tại các Định chế tài chính và người vay cuối cùng nhưng thực tế việc kiểm tra giám sát mới được tổ chức hàng quý.