Hầu hết, các PFI đều tập trung ở các đô thị thành phố lớn, chưa có các chi nhánh tiếp cận với những vùng nông thôn, miền núi. Trong số 22 PFI tham gia Dự án thì ngân hàng Nơng nghiệp và Phát triển nơng thơn là ngân hàng có mạng lưới rộng nhất, vì vậy chưa có thể trực tiếp cung cấp các dịch vụ tới các hộ gia đình có thu nhập thấp ở vùng sâu vùng xa.
Mặc dù số lượng các ngân hàng thương mại và các Quỹ tín dụng nhân dân cũng đã gia tăng trong một vài năm gần đây song để được lựa chọn tham gia vào dự án theo những tiêu chuẩn quy định của WB thì số lượng PFI đáp ứng được rất ít ỏi. Có rất nhiều những hạn chế yếu kém của hệ thống ngân hàng thương mại Việt Nam như: năng lực quản trị điều hành chưa theo kịp yêu cầu của ngân hàng thương mại hiện đại, kế hoạch hoạt động kinh doanh tập trung vào tăng trưởng tài sản và vốn (huy động và cho vay) tức là vào các chỉ tiêu số lượng chứ không phải vào các chỉ tiêu chất lượng theo tiêu chuẩn quốc tế như: tỷ trọng lợi nhuận/ tài sản, tỷ trọng vốn tự có /tài sản …; hầu hết vốn điều lệ và vốn tự có của các ngân hàng đều ở mức thấp. Một chỉ tiêu quan trọng đánh giá an toàn của các ngân hàng là tỷ trọng vốn tự có trên tổng tài sản có rủi ro theo thơng lệ quốc tế phải đạt tối thiểu là 8%, trong khi đó, tới nay các ngân hàng thương mại Việt Nam mới chỉ đạt cao nhất gần 5%. Thêm vào đó chất lượng tín dụng của các ngân hàng thương mại trong nước cịn thấp, nợ khó địi lớn. Chính vì thế hầu hết các ngân hàng tham gia hiện nay đều được lựa chọn tạm thời và phải cam kết thực hiện kế hoạch phát triển thể chế như đã cam kết với BIDV và WB
Yêu cầu thẩm định môi trường là vấn đề mới, không thuộc chức năng năng, nhiệm vụ của Định chế tài chính vì chức năng này thuộc nhiệm vụ của cơ quan quản lý môi trường. Theo Qui chế cho vay 1267/QĐ-NHNN vấn đề đánh giá tác động môi trường không bắt buộc khi cho vay. Mặt khác cán bộ ngân hàng không được đào tạo kiến thức về môi trường; trong khi số lượng khoản vay quá nhiều (đối với cán bộ Ngân hàng nông nghiệp 1 cán bộ phụ trách gần 1.000 khoản vay) nếu phát sinh cấp phép môi trường sẽ phát sinh thêm một khối lượng công việc quá lớn.