Là những loài tạo nên các quần xã thực vật đặc sắc nhất cả về ý nghĩa sinh thái lẫn cảnh quan của khu vực. Một số loài trong chúng là những loài tự nhiên còn sót lại trên những dải ngập ven sông, nơi còn tầng phù sa lắng đọng và được xem là những quần xã nguyên sinh còn sót lại trong khi một số loài khác tạo thành các quần xã thứ sinh trên những diện tích ô nhiễm nặng. Do khá đa dạng về dạng sống từ các cây gỗ, cây bụi đến những loài thân cỏ dạng lúa, thân thảo nên chúng đã hình thành nhiều quần xã đa dạng khác nhau.
Trong thủy vực nghiên cứu có thể thấy tính đa dạng các quần xã thực vật chịu ngập thông qua các đặc trưng như sau:
• Các loài cây gỗ và các quần xã rừng ngập nước ngọt thường xanh lá cây rộng do
chúng tạo thành:
Đây là quần xã đặc sắc nhất và hiếm gặp nhất không chỉ trên các sông khảo sát mà hầu như rất ít gặp trên các sông đồng bằng Bắc Bộ. Chúng được hình thành bởi các loài cây gỗ thường xanh chịu ngập cây lá rộng của lớp hai lá mầm ngành Hạt kín. Tham gia tầng tán có các loài Và nước, Trần bì trung quốc, Gáo vàng, Sang tràng…đôi chỗ còn thấy
Bằng lăng nước. Hiện nay do các tác động mạnh của con người cả về tác nhân cơ học
(chặt phá) và các tác nhân khác (gây ô nhiễm nguồn nước) cho nên phần lớn diện tích này đã bị thu hẹp chỉ còn những mảnh nhỏ rải rác ven sông với các quần xã có thành phần loài ưu thế khác nhau.
Trên diện tích nhỏ từ ngã ba sông Phù Vân đi cống Nhật Tựu còn sót lại quần xã với ưu thế chính là Và nước, Trần bì trung quốc…Ngoài ra còn thấy rải rác các cá thể Gáo vàng. Mật độ cá thể các loài ưu thế khoảng 70% độ che phủ tầng tán khoảng 60%. Chiều cao quần xã 7- 8m, khoảng cách giữa các cá thể cây gỗ trung bình 6m/cây, sinh khối trung bình đạt khoảng 70 tấn/ha. Quần xã đang chịu ảnh hưởng mạnh của quá trình ô nhiễm nguồn nước tại khu vực. Tầng dưới tán phát triển khá đồng nhất với các loài thực vật trôi nổi như Rau muống, Bèo tây, Ngổ trâu… Bên cạnh đó các loài chịu ngập như
Rau dừa nước, Cỏ gừng nước, Rau bợ…Nhiều nơi chúng thoát ly khỏi tầng cây gỗ tạo
thành quần xã riêng trôi nổi trên sông thành các mảng, các bè lớn. Trong tất cả các điểm khảo sát chỉ duy nhất ở đây tồn tại quần xã tương đối đặc trưng cho rừng ngập nước ngọt với khá nhiều loài ưu thế, thể hiện tính đa dạng của kiểu rừng này đồng thời nó vẫn giữ được nhiều đặc điểm tương đồng với những điểm của quần xã ít bị tác động chặt phá. Người dân nơi đây đang tận dụng quần xã này để giữ phù sa, dần dần tạo thành diện tích canh tác theo các mục đích khác nhau.
Trong tuyến sông Đáy từ ngã ba Phù Vân đi Tường Lĩnh, quần xã chỉ còn lại những diện tích nhỏ ven sông dưới dạng các dải hẹp các cá thể ưu thế thuộc loài Và nước, thành phần các loài còn lại không rõ nét. Trên suốt chiều dài của đoạn sông nghiên cứu thấy sự xen lấn của các loài Cỏ gừng nước, Sậy như sự hiện diện các loài dưới tán.
Vùng hạ du từ nơi hợp nhất của hai sông tại ngã ba Phù Vân chảy xuống, quần xã chỉ còn dạng các mảnh nhỏ rải rác, đôi chỗ các cá thể chỉ còn vài chục thậm chí vài cá thể rải
rác với ưu thế chính là Và nước, loài dưới tán chủ yếu là Sậy, Bèo tây, Ngổ trâu. Xen lẫn trong các dám Sậy là các loài dây leo thuộc một số họ như Thiên lý, họ Khoai lang…
• Các loài cây thân cỏ và các trảng cỏ ngập nước do chúng tạo thành: Phân bố
rộng khắp lưu vực từ thượng du tới hạ du của cả hai sông. Có thể xác định được hai quần xã chính sau:
- Quần xã Sậy: Loài ưu thế chính là Sậy với mật độ cá thể chiếm tới 90%. Độ che phủ tới 100%. Chiều cao trên 2 mét. Các loài đi theo chủ yếu là dây leo thuộc họ Thiên lý, họ Khoai lang. Quần xã có biên độ sinh thái rộng, phân bố từ diện tích thủy vực chưa bị ô nhiễm trên, vùng nước sạch ở thượng du cho tới vùng bị ô nhiễm nặng ở hạ du. Đây là một trong những quần xã có khả năng phân giải, giảm thiểu chất ô nhiễm cho môi trường nước và cố định phù sa khá hiệu quả. Có thể vận dụng trong xây dựng mô hình kinh tế sinh thái làm sạch môi trường nước.
- Quần xã Rau dừa nước, Cỏ gừng nước, Cỏ lồng vực nhỏ, Lác nước…Quần xã này phân bố dưới dạng các mảnh nhỏ manh mún dọc theo sông. Các loài đi theo gồm Năn cạnh nhọn, Cỏ dùi trống bon, Cỏ dùi trống, Rau dệu thường, Rau bợ…