Thứ nhất, chế định tha tự trƣớc thời hạn cú điều kiện vừa đƣợc ban hành thành một quy định trong Bộ luật Hỡnh sự 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017. Vỡ vậy, cỏc quy định phỏp luật cú liờn quan chƣa đƣợc hƣớng dẫn cụ thể, dẫn đến việc ỏp dụng khụng thống nhất giữa cỏc cơ quan thực thi phỏp luật. Nhận thức và quỏ trỡnh triển khai thực hiện chủ trƣơng, quan điểm của Đảng và Nhà nƣớc về ỏp dụng cỏc chớnh sỏch khoan hồng đối với ngƣời phạm tội chƣa đƣợc chỳ trọng, đầu tƣ nghiờn cứu xứng tầm tại cấp cơ sở.
Thứ hai, trong quỏ trỡnh ỏp dụng cỏc quy định phỏp luật vào thực tiễn, những cỏ nhõn đƣợc trao quyền nhƣ Điều tra viờn, Kiểm sỏt viờn, Thẩm phỏn làm cụng tỏc xột duyệt, quyết định vẫn chƣa đƣợc bồi dƣỡng, đào tạo chuyờn sõu dẫn đến nhận thức về việc ỏp dụng cỏc quy định về tha tự trƣớc thời hạn cũn hạn chế. Chƣa cú sự phối hợp chặt chẽ từ cỏc cơ quan đƣợc giao theo dừi, quản lý, giỏm sỏt giỏo dục ngƣời bị kết ỏn, chƣa cú sự phõn cụng, phõn định rừ ràng gắn với trỏch nhiệm trong cụng tỏc quản lý, giỏo dục ngƣời đƣợc tha tự trƣớc thời hạn tại cỏc cơ quan Nhà nƣớc, tổ chức xó hội hoặc chớnh quyền địa phƣơng.
Thứ ba, do đõy là quy định mới đƣợc ban hành trong Bộ luật Hỡnh sự 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017 và cỏc văn bản hƣớng dẫn nờn khi ỏp dụng cũn bộc lộ nhiều điểm chƣa hợp lý, cỏc cơ quan ban hành chƣa lƣờng trƣớc đƣợc những vƣớng mắc khi ỏp dụng vào thực tiễn thuộc một số trƣờng hợp cỏ biệt.