4.1. So sánh các phương pháp.
Bảng 12: So sánh các phương pháp phát hiện Vibrio parehaemolyticus.
Phương pháp Độ nhạy/Độ đặc hiệu Ưu điểm/Nhược điểm
PCR Độ nhạy: độ nhạy cao nhưng
phụ thuộc vào kĩ thuật PCR, mục tiêu phân tách và làm giàu.
Độ đặc hiệu: nó có độ đặc
hiệu cao. PCR có thể được sử dụng để phát hiện mật độ vi sinh vật, môi trường, các chủng gây bệnh hoặc thậm chí cả các chủng đặc hiệu.
Ưu điểm: cho kết quả nhanh
chóng, chính xác và nhạy. PCR cho phép phân biệt các chủng gây bệnh so với các chủng có trong mơi trường xung quanh và có thể tối ưu hóa để phát hiện ra các chủng chính xác. Có thể được thực hiện dưới dạng kĩ thuật Multiplex PCR.
Nhược điểm: độ nhạy của
phương pháp bị cản trở bởi các thiết bị không được tối ưu hóa hoặc cải tiến.
Real – time PCR Độ nhạy: nhạy hơn PCR thơng
thường. Nó có thể giảm bước làm giàu và phát hiện số lượng mầm bệnh thấp trong mẫu.
Độ đặc hiệu: việc sử dụng các
đầu dò huỳnh quang mang lại cho xét nghiệm mức độ đặc hiệu cao trong việc phát hiện vi khuẩn mục tiêu từ mẫu.
Ưu điểm: rất hiệu quả, hữu ích,
nhanh chóng và dễ sử dụng trong việc phát hiện vi khuẩn Vibrio gây bệnh ở hải sản. Có thể kết hợp các phương pháp khác để phát hiện nhanh hơn.
Nhược điểm: có thể khuếch đại
các tế nào chết không thể phát hiện được thông qua các phương pháp nuôi cấy và khuếch đại có thể cho kết quả dương tính giả. Định lượng MPN Độ nhạy: nhạy hơn các
phương pháp định lượng thông thường.
Độ đặc hiệu: có thể dùng để
định lượng mọi nhóm vi sinh vật có thể được ni cấy trong môi trường lỏng chọn lọc, phát hiện mật độ vi sinh vật có trong mẫu.
Ưu điểm: ở phương pháp này,
khuẩn lạc V. parahaemolyticus trên môi trường thạch phân lập TCBS có hình dạng rất đặc trưng và dễ nhận biết, các thử nghiệm sinh hóa như nhuộm Gram, thử nghiệm sơ bộ, thử nghiệm khẳng định là các thử nghiệm cơ bản, dễ thực hiện và dễ đọc kết quả.
pháp này có hạn chế là thời gian phân tích dài, có nhiều thao tác phân tích và chỉ có thể ước lượng được số có xác suất lớn nhất mà khơng thể cho ra một con số cụ thể.
LAMP Độ nhay: LAMP rất nhạy so
với phương pháp truyền thống và thậm chí cả PCR.
Độ đặc hiệu: LAMP ít bị
nhiễu với độ đặc hiệu 100%. Việc sử dụng nhiều mồi trong LAMP mang lại độ đặc hiệu cao hơn. Có thể được sử dụng để phát hiện các chủng Vibrio
parahaemolyticus trong môi
trường, gây bệnh hoặc cả hai.
Ưu điểm: LAMP là phương pháp
đơn giản, có hiệu quả về chi phí, mang lại kết quả nhanh chóng để phát hiện vi khuẩn bị nhiễm bệnh. Có thể thực hiện ở một nhiệt độ mà không cần tái chuyển.
Nhược điểm: tương tự như PCR,
nó bị ảnh hưởng bởi các phương pháp tách mục tiêu và làm giàu.
DVC – FISH Độ nhạy: độ nhạy của phương pháp được áp dụng để phát hiện Vibrio parahaemolyticus.
Độ đặc hiệu: tại thời điểm này,
sự khác biệt chỉ có thể được thực hiện ở cấp độ loài.
Ưu điểm: giúp thống kê số lượng
vi khuẩn trong mẫu ngay cả khi số lượng thấp. Kết quả nhanh chóng và cụ thể.
Nhược điểm: phương pháp này
không thể phân biệt Vibrio
parahaemolyticus gây bệnh với
các chủng phân lập từ môi trường. Phụ thuộc vào các phương pháp nuôi cấy ảnh hưởng đến tốc độ phát hiện.
4.2. Kết luận.
Nhìn chung thì mỗi phương pháp đều có những ưu, nhược điểm riêng của mình. Việc lựa chọn đúng phương pháp để tiến hành phân tích, kiểm tra vi sinh vật là một điều quan trọng. Tuỳ thuộc vào nhu cầu, mục đích sử dụng và nguồn lực kinh tế mà chúng ta có thể lựa chọn sử dụng các phương pháp thử nghiệm khác nhau. Vì nó là “thước đo” để đánh giá chính xác kết quả thử nghiệm, đem lại kết quả tốt nhất cũng như hướng đi chính xác trong tương lai.
4.3. Kiến nghị.
Hướng đi tiếp theo của các phương pháp.
Có thể tiến hành kết hợp các phương pháp với nhau để thực hiện thử nghiệm cho ra kết quả tốt, chính xác và nhanh nhất.
MPN (Most Probable Number) là một trong các phương pháp của phương pháp định lượng. Phương pháp MPN đã được “Hướng dẫn phân tích vi khuẩn” của Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ (U.S Food and Drug Administration, FDA) mô tả trong việc phát hiện các loài Vibrio trong các mẫu thực phẩm.
Mặc dù phương pháp này rất hữu ích trong việc phát hiện và phân lập các lồi
Vibrio, nhưng phương pháp này có một số nhược điểm lớn. Khối lượng cơng việc, vật
liệu và thời gian cần thiết để hồn thành tồn bộ quy trình nhận dạng thường mất từ 7 – 10 ngày (Tunung và cộng sự, 2011).
Do đó, để khắc phục những nhược điểm, phương pháp MPN được kết hợp với phương pháp PCR. Phương pháp MPN – PCR này cho phép hoàn thành việc định lượng vi khuẩn từ môi trường hoặc các mẫu hải sản trong vòng 2 ngày (Miwa và cộng sự, 2003; Martin và cộng sự, 2004).
Các nhà nghiên cứu khác đã báo cáo sự thành công của phương pháp MPN – PCR trong việc phát hiện gen cụ thể trong sinh vật thay vì phân lập sinh vật mục tiêu để liệt kê vi khuẩn trong các mẫu môi trường và thực phẩm (Alam và cộng sự, 2002), trong các mẫu đất (Vesa và cộng sự, 1997) và V. parahaemolyticus (Hara – Kudo và cộng sự, 2003; Miwa và cộng sự, 2003, 2006).
Ngồi những phương pháp đã nêu trên, ta có thể tìm và sử dụng những phương pháp khác nhau để phát hiện Vibrio parahaemolyticus.
Tại Việt Nam, trong lĩnh vực Thủy sản đã xây dựng thành công phương pháp xác định Vibrio parahaemolyticus bằng kỹ thuật Dot blot cho phép phát hiện trực tiếp sự có
hàng loạt mẫu trong cùng một thời gian, thích hợp trong nghiên cứu điều tra kiểm sốt mơi trường, kiểm nghiệm nhiễm khuẩn thực phẩm. Đã hồn thành trình tự Thermostable direct hemolysin (TDH) gen của Vibrio parahaemolyticus (based 1 to 426) phân lập tại Việt Nam. Đăng ký tại ngân hàng dữ liệu gene Quốc tế (GenBank) số đăng ký AY 195739.