Trước hết trong nội bộ ngành Hải quan thì phải tăng cường quan tâm chỉ đạo để đảm bảo sự phối hợp chặt chẽ, kịp thời giữa khâu thông quan và sau thông quan, giữa Chi cục Hải quan và bộ phận kiểm tra sau thông quan, khắc phục các hạn chế trong công tác phối hợp, luân chuyển hồ sơ đảm bảo hồ sơ luân chuyển phải đầy đủ các thông tin, tài liệu, đúng thời gian quy định. Các hồ sơ có nghi vấn phải được kiểm tra, xử lý kịp thời, hiệu quả; Thường xuyêntrao đổi nghiệp vụ giữa các bộ phận nghiệp vụ, nhất là sự phối hợp giữa các cán bộ, cơng chức đã có kinh nghiệm thực hiện kiểm
tra sau thông quan với các cán bộ, công chức mới được phân công làm công tác kiểm tra sau thông quan. Sự phối hợp chặt chẽ nhằm trao đổi cung cấp thông tin phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan được tốt hơn.
Công tác phối hợp trong ngành Tài chính cũng rất quan trọng, Bộ Tài chính cần chỉ đạo cơ quan thuế tăng cường công tác kiểm tra, kiểm soát tất cả các khâu như kê khai thuế, in ấn, phát hành, quản lý và sử dụng hóa đơn; kiểm sốt giá bán ghi trên hóa đơn…nhằm tránh tình trạng doanh nghiệp kê khai khống, không cân đối giữa đầu vào, đầu ra, ghi giá bán trên hóa đơn khơng thống nhất giữa các liên.
Chủ động phối hợp với các lực lượng chức năng như Biên phịng, Cơng an, Cảnh sát biển và các cơ quan thanh tra chuyên ngành để tạo sức mạnh tổng hợp từ Trung ương đến địa phương nhằm nâng cao hơn nữa hiệu quả công tác chống gian lận, trốn thuế. Đồng thời tăng cường các hoạt động phối hợp với các hiệp hội ngành nghề, cộng đồng doanh nghiệp trong trao đổi thông tin.
Tăng cường, chủ động trao đổi thông tin giữa lực lượng cảnh sát kinh tế và lực lượng hải quan nhằm chủ động phát hiện đầu mối đối tượng nghi vấn thực hiện hành vi vi phạm pháp luật thông qua hoạt động xuất nhập khẩu. Từng lực lượng phải thực hiện tốt công tác điều tra cơ bản nắm tình hình về địa bàn, đối tượng trên cơ sở đó nắm chắc các thơng tin cần thiết để chủ động phối hợp, cung cấp thông tin giữa các lực lượng như thông tin về các doanh nghiệp có những dấu hiệu vi phạm pháp luật và gian lận về thuế trong hoạt động xuất nhập khẩu; thông tin về phương thức, thủ đoạn mà các đối tượng thường sử dụng để thực hiện hành vi gian lận; thông tin về những nguyên nhân, điều kiện làm nảy sinh những hành vi gian lận như kẽ hở trong
các chính sách pháp luật, kẽ hở trong cơng tác tổ chức cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm soát hoạt động xuất nhập khẩu.