Quán triệt đường lối đổi mới sâu sắc và toàn diện do đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI đề ra, năm 1988, Nhà nước thực hiện chủ trương cải cách đổi mới hệ thống ngân hàng Việt Nam, chuyển từ hệ thống ngân hàng một cấp sang hệ thống ngân hàng hai cấp, gồm: hệ thống NHNN thực hiện quản lý chung các hoạt động tài chính, tiền tệ, tín dụng, ngân hàng và phát hành tiền; và hệ thống các NHTM thực hiện chức năng kinh doanh, tiền tệ, tín dụng, ngân hàng với chế độ hạch toán độc lập dưới sự quản lý của NHNN.
Trên cơ sở Vụ Tín dụng Công nghiệp và Vụ Tín dụng Thương nghiệp của NHNN Việt Nam, nhằm thực hiện Nghị quyết 3 khoá VI của Ban chấp hành Trung ương Đảng và Nghị định số 53/HĐBT ngày 26/03/1988 của Hội đồng Bộ trưởng, ngày 01/07/1988 Ngân hàng chuyên doanh Công thương Việt Nam chính thức ra đời và hoạt động. Đến ngày 14/01/1990 Ngân hàng chuyên doanh Công thương Việt Nam được chuyển thành Ngân hàng Công thương Việt Nam theo quyết định số 402/CT của Hội đồng Bộ trưởng và đến ngày 21/09/1996 được thành lập lại theo mô hình Tổng công ty nhà nước theo quyết định số 285/QĐ-NH5 của Thống đốc NHNN Việt Nam, được xếp hạng là một trong 23 doanh nghiệp đặc biệt.
Thực hiện chủ trương cổ phần hoá doanh nghiệp của Đảng, Nhà nước và Chính phủ, ngày 25/12/2008, NHCTVN đã thực hiện thành công việc phát hành cổ phiếu lần đầu ra công chúng. Ngân hàng Công thương Việt nam chính thức chuyển sang mô hình ngân hàng cổ phần vào ngày 03/07/2009 và sau khi niêm yết cổ phiếu trên Sàn chứng khoán TP Hồ Chí Minh ngày 16/07/2009 đã kế thừa các quyền và nghĩa vụ của NHCTVN theo quy định của pháp luật.
NHCTVN thực hiện cổ phần hoá theo hình thức giữ nguyên phần vốn Nhà nước hiện có (cổ đông nhà nước chiếm 89,23%) và phát hành thêm cổ phần mới để huy động vốn trong quá trình hoạt động kinh doanh. Là kết quả của quá trình cổ
phần hoá, tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp (ngày 31/12/2007), tổng tài sản NHCTVN chiếm khoảng 10% tổng tài sản của hệ thống ngân hàng Việt Nam. Nguồn vốn huy động tăng trưởng liên tục qua các năm, tốc độ tăng trưởng bình quân năm 36 %/năm. Đến thời điểm cuối năm 2007, tổng nguồn huy động của NHCT là 149.296 tỷ đồng, tăng 18% so với năm 2006 và chiếm 12% thị phần tổng nguồn vốn của toàn ngành ngân hàng. Vốn điều lệ của NHCTVN trước thời điểm cổ phần hoá (30/9/2008) là 7.626 tỷ đồng và theo quyết định 2604/QĐ-NHNN của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước về công bố giá trị doanh nghiệp, mức vốn điều lệ của NHCTVN sau quá trình cổ phần hoá là 11.253 tỷ đồng. Hiện tại NHCTVN được quản lý bởi Hội đồng quản trị, điều hành bởi Ban điều hành, với mạng lưới rộng khắp trên toàn quốc là các chi nhánh thành viên hạch toán phụ thuộc .
Trải qua hơn 20 năm hoạt động và phát triển, NHCTVN đã không ngừng lớn mạnh với tổng số lao động hiện nay trên 14.000 người và mạng lưới kinh doanh rộng khắp trên toàn quốc bao gồm 01 trụ sở chính, 01 Sở giao dịch và 02 văn phòng đại diện (tại Đà nẵng và TP.Hồ Chí Minh), hơn 150 chi nhánh, 204 phòng giao dịch, 258 điểm giao dịch, 191 quỹ tiết kiệm và 1.047 máy rút tiền tự động tại hầu khắp các tỉnh, thành phố và trung tâm thương mại trong cả nước. Ngoài ra, NHCTVN còn có các đơn vị trực thuộc gồm 03 đơn vị sự nghiệp là Trung tâm đào tạo, Trung tâm công nghệ thông tin, Trường ĐT&PTNNL và 04 công ty trực thuộc là Công ty cho thuê tài chính, Công ty Chứng khoán, Công ty Bảo hiểm NHCTVN và Công ty quản lý và khai thác tài sản. Ngoài ra, NHCTVN còn góp vốn liên doanh vào Ngân hàng INDOVINA với tỷ lệ 50% và 07 công ty trong đó có Công ty cổ phần Chuyển mạch Tài chính quốc gia Việt Nam, Công ty cổ phần Xi măng Hà Tiên, Công ty cổ phần cao su Phước Hoà, NHTMCPCT Gia Định, NHTMCP Sài gòn Công thương. NHCTVN hiện tại có quan hệ đại lý với trên 800 ngân hàng, định chế tài chính trên 90 quốc gia, vùng lãnh thổ trên toàn thế giới. Hiện nay, NHCTVN là thành viên chính thức của Hiệp hội các ngân hàng châu á (ABA); thành viên chính thức của Hiệp hội Visa Card; Hiệp hội các ngân hàng Việt Nam; Phòng thương mại và công nghiệp Việt Nam. NHCTVN là một trong những NHTM Việt
Nam đi đầu trong việc đổi mới kỹ thuật và công nghệ thông tin ngân hàng theo hướng ngân hàng hiện đại, là thành viên của Hiệp hội thanh toán viễn thông liên ngân hàng toàn cầu (SWIFT) từ năm 1995, là ngân hàng đầu tiên của Việt Nam có Website trên Internet. Đến nay, NHCTVN đã có một hệ thống đông đảo khách hàng giao dịch thường xuyên trong mọi lĩnh vực sản xuất kinh doanh và các khách hàng vãng lai.
Trong suốt quá trình xây dựng phát triển và đặc biệt trong giai đoạn hiện nay khi NHCTVN chuyển đổi sang mô hình NHTM cổ phần, diện mạo của ngân hàng thay đổi, tất yếu NHCTVN phải ngày càng không ngừng nỗ lực vươn lên, mở rộng màng lưới hoạt động, đa dạng hoá các loại hình dịch vụ, phát triển đồng đều cả kinh doanh đối nội và đối ngoại, để tạo ra một nét riêng đưa hoạt động kinh doanh của ngân hàng từng bước nâng cao và đạt chuẩn hoá cả về số lượng và chất lượng.
Các hoạt động huy động vốn, cho vay và đầu tư luôn được quan tâm phát triển. Cơ cấu nguồn tăng trưởng không ngừng cả về nội tệ và ngoại tệ. NHCTVN luôn chú trọng và chủ động tìm hướng đi cho mình, đẩy mạnh và thay đổi công tác quảng bá hoạt động kinh doanh, xây dựng chính sách khách hàng đúng đắn, nâng cao cơ sở vật chất, hiện đại hoá công nghệ ngân hàng tạo điều kiện mở rộng đầu tư tín dụng. Các hoạt động khác như kinh doanh đối ngoại, thanh toán quốc tế và tài trợ thương mại trong lĩnh vực xuất nhập khẩu tuy phát triển sau Ngân hàng TMCP Ngoại thương Việt Nam, song đã từng bước tạo được uy tín trên thị trường trong nước và quốc tế. NHCTVN đã có hơn 200.000 khách hàng có quan hệ giao dịch quốc tế, các nghiệp vụ ngân hàng quốc tế ngày càng đa dạng phong phú và linh hoạt.