Theo báo cáo Hiện trạng môi trường tỉnh Khánh Hòa 5 năm giai đoạn
2006 – 2010, các sự cố môi trường ảnh hưởng tới tỉnh Khánh Hòa bao gồm : bão, lũ lụt, sự cố tràn dầu, sạt lở và xâm nhập mặn,... Bên cạnh đó, ảnh hưởng của biến đổi khí hậu toàn cầu cũng là một trong những yếu tố tác động gây ra tai biến thiên nhiên và các sự cố môi trường ở Khánh Hòa.
1. Bão, lũ lụt:
Từ năm 2006 đến năm 2009, cả nước đã xảy ra những trận mưa, lũ khác thường. Mùa mưa thường xảy ra nhiều đợt trong những tháng đầu năm.
Năm 2006, cơn bão số 9 (Duriam) ảnh hưởng trực tiếp các tỉnh Nam
Trung Bộ trong đó có Khánh Hòa.
Năm 2007, Khánh Hòa chịu ảnh hưởng của 2 cơn bão (bão số 6 và bão số 7), lượng mưa lớn làm nước ở các sông dâng cao vượt quá mức báo động II, III, đặc biệt trong cơn bão số 7, lượng mưa lớn kết hợp việc xả lũ nên đã gây ra ngập lụt rất trầm trọng ở nhiều nơi.
Năm 2008, tỉnh Khánh Hòa chịu ảnh hưởng trực tiếp của cơn bão số 10
(Noul), thời gian mưa liên tục và các đợt mưa lũ liền kề nhau đã gây thiệt hại đáng kể cho tỉnh Khánh Hòa.
Đầu tháng 11/2009, cơn bão số 11 (Mirinae) ảnh hưởng trực tiếp đến tỉnh
Khánh Hòa, gây ra mưa và lũ lớn làm thiệt hại về người và tài sản trên toàn tỉnh.
2. Xói lở:
Tại sông Cái Nha Trang và sông Dinh Khánh Hòa, trong những năm
gần đây hiện tượng sạt lở bờ sông xảy ra nghiêm trọng và là một trong những
vấn đề bức bách của địa phương. Nguyên nhân của tình trạng sạt lở này là do nạn khai thác cát bừa bãi diễn ra, đặc biệt phổ biến trên sông Cái Nha Trang. Mặc dù, Ủy ban nhân dân tỉnh đã có nhiều chỉ thị nghiêm cấm và sự tuần tra,
kiểm soát thường xuyên nhưng tình trạng vẫn tiếp diễn.
3. Tràn dầu:
Trong giai đoạn từ năm 2006 đến năm 2009, tại Khánh Hòa chưa xảy
ra sự cố tràn dầu. Tuy nhiên, tháng 4/2007, phát hiện có vệt dầu trôi dạt vào bờ tại khu vực bán đảo Hòn Gốm và tại các bãi biển Nha Trang, Dốc Lết,
Bãi Dài phát hiện có dầu vón cục.
Vào tháng 4/2007, tại bãi biển Nha Trang, dầu vón cục tập trung chủ
yếu đoạn từ phía Nam cầu Trần Phú tới gần Cầu Đá và với mức độ ít hơn tại
phía Bắc Nha Trang. Ở khu du lịch Dốc Lết, dầu vón cục trải dài ở phía bãi biển khoảng 800m bao gồm một phần bãi biển trước khu du lịch Cát Trắng.
Tại Bãi Dài Cam Ranh, dầu vón cục dạt vào bờ tại khu vực cách sân bay
Cam Ranh 2km về phía Bắc.
4. Xâm nhập mặn:
Xâm nhập mặn diễn ra khá phức tạp, ảnh hưởng xấu tới đời sống, sinh
Vĩnh Phương đến cửa sông ở khu vực Xóm Bóng, cầu Hà Ra, độ mặn đã
vượt quá chỉ tiêu cho phép nhiều lần. Theo kết quả tính toán thử nghiệm mô
hình xâm nhập mặn ở sông Cái Nha Trang trong mùa khô cho thấy độ mặn ở
cửa sông là 33‰. Hiện nay, sông Cái là nguồn cung cấp nước duy nhất cho
thành phố Nha Trang. Vì vậy, từ năm 2002, khi tình trạng xâm nhập mặn xảy
ra, Công ty Cấp thoát nước đã làm đập ngăn mặn tạm trên sông Cái ngay cạnh Nhà máy nước Xuân Phong nhằm ngăn mặn xâm nhập, ảnh hưởng chất lượng nguồn nước cấp sinh hoạt cho thành phố Nha Trang.
Tại Cam Ranh, nhiễm mặn nước mặt xảy ra trên hầu hết tất cả các cửa
sông trong khu vực.