Bước đầu tiên của việc đo lường hiệu quả ngân hàng bằng phương pháp DEA là xác định các biến đầu vào và đầu ra của ngân hàng. Với đặc điểm nổi bật là một ngành dịch vụ có nhiều đầu vào và nhiều đầu ra, nên vấn đề khó khăn và gây nhiều tranh cãi khi sử dụng mơ hình phân tích bao dữ liệu DEA là việc xác định các yếu tố đầu vào và đầu ra một cách hợp lý. Hiện nay chưa có lý thuyết hoặc định nghĩa nào hoàn chỉnh để xác định các yếu tố đầu vào, đầu ra của ngân hàng. Tổng kết từ nhiều nhiều nghiên cứu về hiệu quả ngân hàng trên thế giới, có nhiều quan điểm khác nhau về việc xác định đầu vào, đầu ra hiện đang được sử dụng như sau:
(1) Cách tiếp cận trung gian: xem xét các ngân hàng là các trung gian tài chính,
có chức năng huy động và phân bổ nguồn vốn cho vay và các tài sản khác. Cách tiếp cận này xem các khoản cho vay như là kết quả đầu ra, trong khi tiền gửi và các khoản nợ khác được xem như đầu vào.
(2) Cách tiếp cận sản xuất: xem xét ngân hàng như là nhà cung cấp các dịch vụ
cho vay và tiền gửi cho khách hàng. Vốn và lao động được coi như đầu vào và đầu ra là số lượng các tài khoản (tiền gửi) và chi phí.
(3) Cách tiếp cận tài sản: xem các khoản mục tài sản nợ là đầu vào và các khoản
mục tài sản có là đầu ra.
(4) Cách tiếp cận giá trị gia tăng: xem bất kỳ khoản mục nào trong bảng cân đối
kế toán là đầu ra nếu nó thu hút tương ứng phần đóng góp của lao động và tư bản, ngược lại được coi là đầu vào. Do đó có thể hiểu tiền gửi là đầu ra vì hàm ý nó tạo ra giá trị gia tăng.