Nguồn vốn đầu tư còn hạn hẹp, chưa đa dạng, quá trình huy động vốn diễn ra còn chậm gây khó khăn cho hoạt động đầu tư.
Đầu tư đổi mới trang thiết bị công nghệ, cải tạo và xây dựng mới đòi hỏi một khối lượng vốn lớn trong thời gian dài nhưng nguồn vốn mà công ty sử dụng cho việc đầu tư đổi mới này lại chủ yếu là nguồn vốn tự có của doanh nghiệp và vốn vay các NHTM trong nước và quốc tế. Vốn tự có được huy động từ Quỹ đầu tư phát triển, khấu hao cơ bản để lại. Tuy nhiên, nguồn này chỉ chiếm một tỷ lệ nhỏ trong tổng vốn đầu tư (10 – 15% tổng vốn đầu tư). Vốn vay chủ yếu từ Ngân hàng Công thương, ngân hàng Đầu tư & Phát triển, ngân hàng Nông nghiệp & Phát triển nông thôn. Do vậy, lãi suất đi vay cao sẽ gây khó khăn cho việc trả lãi và nợ gốc. Công ty cần huy động vốn từ nhiều nguồn vốn khác nhau với lãi suất ưu đãi như vốn ODA, vốn huy động từ khu vực tư nhân, từ cán bộ công nhân viên…thông qua việc phát hành trái phiếu, cổ phiếu; kêu gọi sự góp vốn kinh doanh từ đơn vị khác…Có như vậy thì hoạt động đầu tư của công ty mới phần nào giảm được khó khăn.
Cơ cấu đầu tư chưa hợp lý.
Việc phân bổ vốn cho các hoạt động đầu tư chưa hợp lý (Chủ yếu là đầu tư cho thiết bị, vốn đầu tư cho nguồn nhân lực, marketing còn rất ít). Sự chênh lệch
quá lớn giữa các nội dung đầu tư đã làm hạn chế kết quả và hiệu quả đạt được của công ty….Vì vậy, công ty cần có biện pháp điều chỉnh lại tỷ lệ đầu tư giữa các nội dung đầu tư sao cho có thể đem lại hiệu quả cao nhất.
Máy móc thiết bị và công nghệ của công ty chưa đồng nhất, còn một số máymóc có công nghệ lạc hậu, tiêu tốn nhiều nhiệt, điện năng, gây ô nhiễm môi trường.
Đội ngũ lao động tương đối đông, chất lượng còn hạn chế. Công tác đào tạo còn coi trọng về đào tạo kỹ thuật, chuyên môn mà chưa quan tâm nhiều đến đào tạo về công tác quản lý.
So với tất cả các công ty cùng ngành, công ty cổ phần Xi măng Bỉm Sơn có số lao động lớn thứ hai sau Xi măng Hoàng Thạch nhưng trình độ chuyên môn lại thấp. Số lao động có trình độ đại học trở lên còn quá ít, thiếu những kỹ sư có trình độ cao. Độ tuổi trung bình của lao động là trên 43 tuổi, có nhiều lao động sức khỏe đã yếu, không còn đủ trình độ để vận hành các dây chuyền hiện đại. Đội ngũ cán bộ tuy nhiều nhưng còn yếu về kiến thức tổng hợp, nhất là về công nghệ, pháp luật, kinh tế - tài chính, ngoại ngữ…Vì vậy, để vận hành có hiệu quả dây chuyền 2 và dây chuyền mới thì công ty cần tích cực đầu tư đào tạo lại đội ngũ cán bộ công nhân này và thu hút thêm nhiều kỹ sư trẻ có trình độ cao.
Công tác quản lý nguồn nhân lực cũng còn nhiều bất cập. Việc chấp hành kỷ luật lao động, kỷ luật vận hành, kiểm tra, kiểm soát thiết bị hoạt động, quá trình sửa chữa, thực hiện các quy định an toàn của một số đơn vị, cá nhân cán bộ công nhân viên còn có lúc chủ quan, lơi lỏng, chưa nghiêm túc.