Chương 1 TỔNG QUAN
1.2 Tổng quan về mã vạch ADN
1.2.3 Các yếu tố ảnh hưởng đến khả năng phân biệt của các mã vạch ADN
dụng kết hợp các mã vạch trên. Theo đó, việc kết hợp 2 mã vạch có thể đem là hiệu quả phân biệt từ khoảng 59 - 75% (kết hợp rpoB+rpoC1 đem lại hiệu quả thấp nhât 59%, psbK-psbI+rbcL ~75%, matK+rbcL ~72%), sử dụng kết hợp 3 mã vạch là 65- 76% (atpF-atpH+rpoB+rpoC1 65%, rpoC1+psbK-psbI+rbcL 76%). Nhóm các đoạn
mã vạch phát huy tối đa chức năng khi kết hợp với các trình tự khác bao gồm rbcL,
psbK-psbI, matK và trnH-psbA. Khi sử dụng kết hợp cả 7 đoạn mã vạch trong hệ gen
lục lạp nói trên, hiệu quả phân biệt đạt 73% [29]. Trong một nghiên cứu khác của KiJoong Kimvà cộng sự [51], việc kết hợp các trình tự matK+atpF-atpH+psbK-psbI mang lại hiệu quả phân biệt các loài vào khoảng 69%, trong khi đó
rpoB+rpoC1+matK là khoảng 61% [16]... Tuy nhiên, so sánh khả năng phân biệt khi
kết hợp ba đoạn mã vạch và hai đoạn mã vạch khơng có sự khác nhau nhiều, do vậy nhóm nghiên cứu mã vạch thực vật đã khuyến nghị nên dùng kết hợp hai đoạn trình tự nhằm tiết kiệm chi phí và giảm thiểu các rủi ro khi nhân bản và giải trình tự [29].
1.2.3 Các yếu tố ảnh hưởng đến khả năng phân biệt của các mã vạch ADN thực vật vật
Các yếu tố sinh học có khả năng ảnh hưởng đến mức độ thành công của ứng dụng công nghệ mã vạch ADN thực vật. Khả năng phân biệt và nhận diện các lồi có thể sẽ khơng cịn chuẩn xác khi gặp phải một trong các trường hợp sau đây:
- Cách biệt địa lý: khi các quần thể trong loài bị cách li sẽ tạo ra sự sai khác trong hệ gen, hoặc ngược lại khi hai lồi có quan hệ họ hàng gần nhau khi sống trong cùng một khu vực có thể xảy ra hiện tượng lai giữa các loài.
- Các lồi mới hình thành: trong cùng một nhóm khi mới hình thành lồi mới, hoặc tỷ lệ đột biến là rất chậm, các trình tự mã vạch có thể chung giữa các lồi có mối quan hệ gần nhau
- Các lồi đa bội: Sự hình thành các lồi đa bội có thể dẫn đến trình tự mã vạch khơng phù hợp với những đặc điểm của taxon [26]. Khi nhiều lồi dị đa bội có cùng lồi bố mẹ, chúng có thể có trình tự gen lục lạp giống hệt nhau.
- Các nhóm chưa được phân loại rõ ràng: khi đó, giới hạn các lồi thường rất hạn hẹp, việc nhận diện chính xác các lồi sử dụng mã vạch là không phù hợp do hiện tượng hồi quy trong sinh thái của các taxon, hoặc các loài xuất hiện bằng một vài phương pháp như chuyển bội thể, hình thành lồi lai hoặc tiếp hợp vơ tính [39].