Chƣơng 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.4. MỘT SỐ LOẠI CHỈ THỊ PHÂN TỬ THƢỜNG ĐƢỢC SỬ DỤNG TRONG
1.4.1.3. Chỉ thị dựa trên những cơ sở những chuỗi có trình tự lặp lại
Chuỗi lặp lại có trật tự (Tandemly Repeated Sequence) là những trình tự lặp lại một cách có trật tự từ đầu đến cuối trong một hệ gen, thƣờng đƣợc gọi là ADN vệ tinh, tiểu vệ tinh hay vi vệ tinh tuỳ thuộc vào số lƣợng bản sao của chúng trong hệ gen và tính chất của chuỗi. Thực ra, một số chuỗi lặp lại cũng thuộc loại chỉ thị dựa trên cơ sở nhân bội ADN nhƣ chỉ thị vi vệ tinh. Tuy nhiên, do chúng có bản chất là chuỗi lặp lại nên có thể xếp chung vào một nhóm riêng.
Tiểu vệ tinh (Minisatellite)
Tiểu vệ tinh là loại chuỗi lặp lại nhiều lần, có đơn vị lặp lại gồm từ 6 nucleotide trở lên (thƣờng vào khoảng 15bp), bao phủ một vùng từ 0,5-3kb. Không giống nhƣ ADN vệ tinh, tiểu vệ tinh đƣợc tìm thấy ở những vùng dị nhiễm sắc và thƣờng thay đổi rất nhiều về kích thƣớc. (Armour và Jeffreys)[27] Có 2 loại ADN tiểu vệ tinh. Đó là ADN đầu mút NST và ADN tiểu vệ tinh siêu biến. ADN đầu mút NST nằm ở vai NST, gồm một vài kilobase. ADN tiểu vệ tinh siêu biến nằm ở vùng phụ đầu mút NST. (subtelomeric regions) (Napvi N..I., ctv)[68]
Chỉ thị SSR (Simple Sequence Repeats - Sự lặp lại của trình tự đơn giản) SSR là chỉ thị nhân bản các đoạn lặp lại đơn giản hay còn gọi là vi vệ tinh (Microsatellites)
Chỉ thị này đƣợc phát triển bởi Litt và Luty năm 1989. Là những đoạn ADN lặp lại một cách có trật tự, gồm những đơn vị lặp lại từ 2- 6 nucleotide, theo kiểu lặp lại ngắn và vài chục lần. Hiện tƣợng tồn tại các SSR trong cơ thể sinh vật Eukaryote là khá phổ biến, tuỳ từng loài mà số lƣợng nucleotide trong mỗi đơn vị lặp lại có thể thay đổi từ một đến hàng chục và số lƣợng đơn vị lặp lại có thể biến động từ 2 đến hàng trăm ngàn lần hoặc nhiều hơn.(Lê Thị Ánh Hồng, 2002)[12]
Ƣu điểm của chỉ thị SSR là dễ thực hiện, không tốn kém. SSR là chỉ thị đồng trội có khả năng phát hiện đa hình rất cao, nhƣng quá trình thiết kế mồi rất tốn kém mà mỗi loại mồi lại chỉ đặc trƣng cho một loài. Tuy nhiên, SSR là một loại chỉ thị chính xác và hữu hiệu trong nghiên cứu đa dạng di truyền, phân loại các giống vật nuôi, cây trồng khác nhau trong cùng một loài động vật hay thực vật. Ngƣời ta sử dụng chỉ thị SSR để phân tích hệ gen để chọn giống, xây dựng bản đồ liên kết gen, trong chọn lọc tính kháng bệnh, nghiên cứu một số tính trạng liên quan đến năng suất cây trồng, các bệnh hại và sử dụng trong việc phân định sự sai khác giữa các giống trong cùng một loài phụ do khả năng cho phép đánh giá mức độ alen thuộc một locus.
Chỉ thị SSR đƣợc nghiên cứu lần đầu tiên trên ngƣời (Hamada và ctv, 1982)[44]. sau đó chỉ thị này đựơc dùng trong nghiên cứu di truyền ở lúa (Caldo và ctv, 1998)[30]. Hệ gen Eukaryote có nhiều đoạn ADN lặp lại, các đoạn lặp ADN có kích thƣớc dài ngắn khác nhau tuỳ từng loài.