STT. Thành phần Hàm lƣợng 1 Nƣớc cất 1 L 2 H3BO3 2,86 g 3 MnCl2.4H2O 1,81 g 4 Na2MoO4.2H2O 0,39 g 5 ZnSO4.7H2O 0,222 g 6 CuSO4.5H2O 0,079 g 7 Co(NO3)2.6H2O 0,049 g
Quan sát hình thái vi khuẩn: Các chủng phân lập đƣợc tiến hành nhuộm
gram và đem soi dƣới kính hiển vi quang học (Zeiss - Đức), ở vật kính 100 x và đƣợc chụp ảnh bằng máy ảnh Canon G10 (Nhật Bản) ở các độ phóng đại 8.5 x; 11.5 x; 14 x. Với quy trình: lấy một khuẩn lạc thuần của chủng vi khuẩn và khuẩn lạc của Bacillus subtilis hoặc E. coli trộn với nhau và cố định hai vết bơi trên lam kính sạch, sau đó tiến hành nhuộm mẫu với dung dịch tím kết tinh (Crystal violet) trong 1 phút, tiếp ta rửa mẫu bằng nƣớc cất, mẫu đƣợc nhuộm tiếp bằng dung dịch Lugol trong 1 phút. Vết bôi đƣợc rửa lại bằng ethanol 96% trong 30 giây, sau đó đƣợc rửa lại bằng nƣớc cất. Mẫu đƣợc nhuộm tiếp bằng thuốc nhuộm bổ sung màu đỏ Safranin (hay Fuchsin Ziehl) trong 30 giây. Cuối cùng, mẫu đƣợc rửa bằng nƣớc cất, để khơ và soi dƣới kính hiển vi quang học.
2.2.7 Phƣơng pháp DGGE
Quy trình tách chiết DNA [30]: Mẫu điện cực anode hoặc dịch vi khuẩn đƣợc
tách chiết DNA theo quy trình sau: Các ống Eppendorf có chứa 1 ml mẫu đƣợc ly tâm trên máy Eppendorf 5417R (Đức) ở 8000 rpm, 20oC trong 10 phút. Gạn bỏ dịch nổi; phần lắng đƣợc mix đều với 0,5 mL nƣớc vô trùng MQ. Sau đó, các dung dịch này đƣợc bổ sung 500 µL hỗn hợp Phenol: Chloroform: Isoamyl alcohol (25: 24: 1) và vortex khoảng 20 giây trƣớc khi ly tâm trên máy Eppendorf 5417R (Đức) ở 14.000 rpm, 20°C trong 10 - 15 phút. Tiếp đến, thu dịch nổi và chuyển vào một ống
Eppendorf vô trùng khác. Các ống này tiếp tục đƣợc bổ sung lần lƣợt 1 µL glycogen, 100 µL 7,5 M ammonium acetate và 750 µL ethanol 100% trƣớc khi ủ qua đêm ở nhiệt độ -20 °C. Hỗn hợp này tiếp tục đƣợc ly tâm trên máy Eppendorf 5417R (Đức) với điều kiện 14.000 rpm, 30 phút, 4 °C thu DNA, DNA thu đƣợc đƣợc rửa lại ba lần trong dung dịch ethanol 70%. Cuối cùng, DNA đƣợc để khô tự nhiên qua đêm trƣớc khi pha lỗng với 50 µL nƣớc PCR. Sản phẩm tách chiết DNA đƣợc kiểm tra trên máy điện di BioRad (Mỹ) với nồng độ gel agarose 1% có chứa thuốc nhuộm HydraGreen Safe ADN Stain 20 000x (ACTGene) trong dung dịch TAE 1x với hiệu điện thế 100 V-thời gian 20 phút, và đƣợc quan sát trên máy soi gel LMW-20 UVP (UK).