3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
A.2 Xây dựng hệ mô phỏng
Các bước dưới đây là một cách để thu được tham số cho ligand khi sử dụng trường lực CHARMM.
Tách file PDB ban đầu thành 2 file, một file chứa protein và file cịn lại chứa ligand jz4.
conf.pdb jz4.pdb
A.2.1. Protein
• Tạo một file topology cho protein mà khơng có ligand bằng cách chạy câu lệnh:
gmx pdb2gmx -f conf.pdb -ff charm36-nov2014 -water tip3p -ignh -o conf.pdb -nochargegrp
A.2.2. Ligand
Ta cần một file python cgenff_charmm2gmx-1.py để chuyển file jz4.str thành gromacs file.
Câu lệnh:
./cgenff_charmm2gmx-1.py jz4 jz4.mol2 jz4.str charmm36-nov2014.ff
sinh ra bốn file:
jz4.itp - file Gromacs topology jz4.prm - file tham số Gromacs
jz4_ini.pdb - PDB file chứa tọa độ ban đầu của ligand jz4
Ba file trên cần cho thành phần ligand của phức hợp protein-ligand trong Gro- macs. File thứ tư:
jz4.top
là file Gromacs prototype topology có thể khơng cần dùng và khơng nên nhầm lẫn với file topol.top là file topology của cả hệ.
A.2.3. Phức hợp protein-ligand
1. Đưa tọa độ protein và ligand vào 1 file bằng cách chèn các dòng ATOM từ file jz4_ini.pdb vào file conf.pdb, ngay sau dòng cuối của protein. Các nguyên tử sẽ tự động được đánh số lại trong bước tiếp theo.
2. Sửa file topol.top để có cả các file cần thiết cho ligand.
A.2.4. Định nghĩa ô mạng đơn vị và thêm dung môi
gmx solvate -cs -cp -boxed.pdb -o solvated.pdb -p topol.pdb
A.2.5. Thêm ion
Bây giờ hệ đã được solvat hóa nhưng vẫn cịn chứa protein mang điện. Đầu ra của pdb2gmx cho ta biết protein có tổng điện tích là +6e (dựa trên các thành phần amino axit của nó). Thơng tin này cũng có thể được xem ở dịng cuối trong chỉ thị
[atoms]trong file topol.top, cho thấy "qtot 6." Ta cần thêm ion để trung hòa hệ nhằm
thực hiện MD với thuật tốn PME (Particle Mesh Ewald) dùng cho tính toán tương tác tĩnh điện khoảng cách xa.
Sử dụng grompp để ráp một file .tpr, sử dụng bất kì một file .mdp nào, chẳng hạn em.mdp.
gmx grompp -f em.mdp -c solvated.pdb -p topol.pdb -o ions.tpr
File ions.tpr được cho vào câu lệnh genion:
gmx genion -s ions.tpr -o solvated_ions.pdb -p topol.top -pname NA - nname CL -conc 0.1
Tên các nguyên tử luôn được viết dưới dạng chữ ion hoa, cùng với [molecule- type]. Tên của các residue có thể có hoặc khơng có kí hiện điện tích (+/-). Hãy xem