3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
A.5 Thực hiện phân tích kết quả
A.5.4 Bán kính hồi chuyể n Radius of gyration Rg
Bán kính hồi chuyển của protein là thước đo độ gọn của phân tử protein. Nếu một protein gấp cuộn bền vững, nó sẽ có xu hướng giữ ổn định giá trị Rg. Nếu một protein tháo gấp cuộn,Rg sẽ thay đổi theo thời gian. Ta có thể phân tích bán kính hồi
chuyển của mô phỏng protein-ligand:
gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvg
Hình 24: Sự thay đổiRg trong mơ phỏng
Hình trên cho thấy Rg tương đối ổn định, cho thấy protein rất bền ở dạng gấp cuộn trong q trình mơ phỏng 1ns ở 300K.
Phụ lục B.
Một số vấn đề cịn tồn tại trong q trình thực hiện nghiên cứu
Một số câu hỏi hoặc vấn đề xuất hiện trong quá trình thực hiện luận văn này vẫn chưa được giải đáp hoặc giải quyết, một phần do thời gian hạn hẹp của tác giả, một phần vì kiến thức và kĩ năng mơ phỏng MD của tác giả cịn hạn chế. Các vấn đề đó được liệt kê dưới đây.
1. Tại sao cần chỉ ra nhiệt độ trong khi tính tốn Entropy theo cơng thức Schlitter trong gromacs?
2. Mô phỏng nên được thực hiện ở nhiệt độ 310 K sẽ gần với nhiệt độ cơ thể người hơn? Nhưng như vậy sẽ khác với điều kiện đo các tham số tương tác động học (có lẽ là ở nhiệt độ phòng xấp xỉ 300 K)
3. Nồng độ muối (NaCl chẳng hạn) trong mô phỏng chưa được lựa chọn chặt chẽ 4. Các tham số về thuật toán điều nhiệt, điều áp (thermostat, barostat) có thể chưa
5. Việc cắt 50 amino axit trong mạch protein để có thể kết tinh và đo cấu trúc bằng phương pháp nhiễu xạ tia X có thể ảnh hưởng đáng kể đến tương tác với thuốc, mặc dù đã có bài báo thực nghiệm kết luận rằng hoạt tính với thuốc lenvatinib trường hợp cắt và khơng cắt là tương đương nhau (đây cũng là một cơ sở hợp lí cho việc nghiên cứu này lấy mơ hình đã bị cắt 50 amino axit, tuy nhiên trong tương lai có thể điều này khơng cịn hợp lí)
6. Ban đầu, tác giả hi vọng có thể sử dụng trường lực CHARMM25, tuy nhiên việc chuẩn bị ligand parameter khá phức tạp, tác giả chưa có điều kiện học nên trường lực amber99sb-ildn đã được sử dụng.
7. Cơ chế tiếp cận của thuốc vào protein chưa được nghiên cứu trong luận văn này, tác giả hi vọng có thể thực hiện được SMD của các hệ này khi có điều kiện. 8. Trạng thái protonation state của các mắt xích amino axit chưa được kiểm tra
chặt chẽ (mà chỉ thực hiện thêm H bằng phần mềm tự động).
9. Khi viết luận văn bằng latex trên sharelatex.org, chỉ có thể build trên server mà khơng build được trên computer mặc dù đã cài texlive-full. Chưa học được cách tùy chỉnh biblatex để bibliography style giống như theo quy định của ĐHQGHN mà phải chỉnh lại bằng WORD phần Reference.
Phụ lục C.
Một số kinh nghiệm trong quá trình thực hiện đề tài
1. Nên thực hiện tất cả các thao tác bằng giao diện dịng lệnh chứ khơng phải đồ họa, như vậy sẽ dễ lưu lại và kiểm tra report.log hơn.
2. Nên lưu lại tất cả các câu lệnh và output bằng lệnh script filename.log. Tuy nhiên file này chứa nhiều kí tự điều khiển, cần chuyển sang định dạng text đã loại bỏ các kí tự điều khiển (mã nguồn xem ở phần phụ lục tiếp theo).
3. Khi chuẩn bị topology tự động bằng cơng cụ ambertool hoặc acpype cần lưu ý có trường hợp tên nguyên tử trong ligand bị đánh số quá dài vượt column length format của gromacs nên gromacs báo lỗi.
4. Lưu ý kí tự xuống dịng trong Windows và trong Linux khác nhau, đơi khi lỗi xuất hiện nếu khơng thêm kí tự xuống dịng dạng Linux vào cuối file.
Phụ lục D.
Một số mã nguồn sử dụng khi phân tích kết quả và vẽ đồ thị
D.1. Chuyển file PS sang PNG
#!/bin/sh
########################
## using “convert” from ImageMagick to do ps convert into PNG #########################
echo PS convert to PNG, please wait the process
for INP in *.ps
do
newname=`basename $INP .ps`
convert -density 150 -geometry 100%$INP $newname%02d.png
echo ” convert $INP to $newname.png completely”
done