Trước mỗi phiên đấu thầu, Ban điều hành TTM dự kiến khối lượng GTCG cần giao dịch. Khối lượng giao dịch có thể được NHNN thông báo hoặc không thông báo trước. Đồng thời, căn cứ vào dự báo tình hình vốn khả dụng, NHNN cũng xác định một lãi suất chỉ đạo làm điểm dừng khi giao dịch. Lãi suất này không thông báo cho các thành viên thị trường khác. Trường hợp NHNN mua GTCG, lãi suất chỉ đạo sẽ là lãi suất mua thấp nhất của NHNN và ngược lại. Mục đích của NHNN khi đưa ra lãi suất chỉ đạo là để định hướng lãi suất trên thị trường tiền tệ.
Trường hợp áp dụng phương thức xét thầu thống nhất, lãi suất trúng thầu chỉ có một mức nhất định. Trường hợp áp dụng phương thức xét thầu riêng lẻ, nhìn chung sẽ có nhiều mức lãi suất trúng thầu. Do lãi suất trúng thầu trong các phiên TTM theo phương thức đấu thầu lãi suất phản ánh chính xác hơn diễn biến của thị trường nên tại Việt Nam, NHNN chủ yếu thực hiện TTM theo phương thức đấu thầu lãi suất.
Trong các phiên giao dịch đầu năm 2004 lãi suất trúng thầu trên TTM xoay quanh mức 3,20%/năm đến 3,50%/năm, các phiên gần đây tăng lên 3,5% - 4,0%/năm, trong khi đó lãi suất trúng thầu của các phiên trong năm 2003 chỉ có 2,29% -3,0%/năm của các phiên trước đó.
Trong năm 2009, lãi suất trúng thầu bình quân cho 63 phiên đấu thầu TPKB là 3.99%/năm, thời điểm cao nhất là 10.40%/năm ở phiên 63/2009 ngày 29/12/2009.
Trong năm 2010, do tính thanh khoản thấp của toàn hệ thống cộng với nhu cầu vay cao do nền kinh tế đã qua giai đoạn suy thoái bắt đầu một chu trình tăng trưởng mới nên lãi suất trúng thầu bình quân thường rất cao, có lúc đã lên đến 19%/năm. Vừa qua, ngày chiều ngày 11/11 thống đốc NHNN đã triệu tập với lãnh đạo các thành viên thị trường mở để can thiệp thị trường hạ nhiệt lãi suất, trong đó có việc tăng thêm kỳ hạn hai tuần bên cạnh các kỳ hạn đang duy trì.