d) Đánh giá mơ hình cấu trúc 3D của các protein thuộc họ protein OsNHX ở lúa
Mơ hình 3D các phân tử protein thuộc họ OsNHX đƣợc phân tích định lƣợng bằng các chƣơng trình nhƣ ProSA-web và VADAR ver1.8. Đánh giá cơ sở dữ liệu các protein OsNHX bằng cách tính tốn chỉ số Z-score của mỗi mơ hình protein 3D OsNHX1, OsNHX2, OsNHX3, OsNHX4 và OsNHX5 so sánh với mơ hình mẫu (Phụ lục 1).
Kết quả đánh giá định lƣợng cơ sở dữ liệu bằng ProSA cho thấy protein OsNHX1 có giá trị Z-score là -3.7 gần với giá trị của mơ hình mẫu c4cz8A (Z-score là -4.68). Các protein
cịn lại có giá trị thấp hơn đặc biệt là protein OsNHX4 có giá trị Z-score khá thấp. Do đó để đánh giá mức độ tin cậy của các mơ hình 3D protein OsNHX chúng tôi sử dụng phƣơng pháp phân tích điểm Ramachandran.
Kết quả phân tích điểm Ramachandran bằng chƣơng trình VADAR ver.1.8 đƣợc thể hiện ở hình 3.5 và các hình 7, 8, 9, 10 ở phụ lục 1. Biểu đồ điểm (plot) cho thấy vị trí phân bố các gốc amino acid tại hai miền góc xoắn (torsion angles) là Phi (Φ) and Psi (Ψ), ngoại trừ các amino acid phân bố tại đầu cuối mỗi chuỗi polipeptid. Gốc glycine đƣợc biểu thi bằng hình tam giác màu đen. Các gốc amino acid nằm trong vùng lõi (màu đỏ) biểu thị vùng phân bố có ƣu thế nhất (most favored) còn các gốc amino acid nằm trong vùng màu vàng (allowed) và xanh đƣợc gọi là vùng đƣợc phép thay đổi mở rộng (generously allowed). Vùng khơng cho phép có mặt các amino acid đƣợc thể hiện bằng màu xám (miền Outside). Mơ hình protein 3D gọi là có ý nghĩa khi có ít nhất 90% gốc amino acid nằm trong vùng màu đỏ (most favored) và vùng màu vàng (allowed).