3.1.3. Phân tích in silico dữ liệu biểu hiện các gen OsNHX
Để nghiên cứu sự biểu hiện của các gen OsNHX chúng tôi sử dụng dữ liệu Rice
Oligonucleotide Array Database (ROAD) đã có trên trang web http://www.ricearray.org/ Từ những dữ liệu này chúng tơi phân tích theo hai hƣớng:
i) Phân tích họ gen OsNHX trong điều kiện bình thƣờng.
ii) Phân tích sự đồng biểu hiện của các gen trong họ OsNHX trong điều kiện stress.
3.1.3.1 Sự biểu hiện của các gen thuộc họ gen OsNHX trong điều kiện bình thƣờng
Tại trang web http://www.ricearray.org/, chúng tôi lựa chọn chƣơng trình phân
tích tích hợp (meta analysis) nhiều chƣơng trình, nhiều thí nghiệm có q trình hậu kiểm để đánh giá toàn diện sự biểu hiện các gen OsNHX ở những mô, cơ quan khác nhau qua mỗi giai đoạn phát triển. Kết quả phân tích gen thuộc họ gen OsNHX đƣợc thể hiện hình ảnh và thang biểu đồ nhiệt nhƣ hình 3.12a và 3.12b.
Mặc dù cơ sở dữ liệu tại trang web http://www.ricearray.org/ là khá đầy đủ nhƣng chúng tơi đã khơng tìm thấy dữ liệu của gen OsNHX4 (LOC_Os06g21360). Một số trang web dƣới đây đã đƣợc chúng tôi sử dụng để tìm kiếm thơng tin về sự biểu hiện của gen
OsNHX4 nhƣng cũng khơng có kết quả hoặc kết quả rất nghèo nàn.
http://www.plexdb.org//modules/PD_general/atlas.php
http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/Rice_network_public/script/index.html http://www.ebi.ac.uk/gxa/genes/OS06G0318500
Kết quả biểu thị ở hình 3.12a cho thấy các gen OsNHX2, OsNHX3 và OsNHX5
biểu hiện mạnh ở nhiều mô, cơ quan trong khi gen OsNHX1 chỉ biểu hiện mạnh nhất ở giai đoạn hình thành mơ phân sinh đỉnh chồi SAM (Shoot Apical Meristem), biểu hiện yếu nhất tại các tế bào nhu mơ tủy-lóng (internode pith parenchyma) và biểu hiện tƣơng