.10 Logo consensus yếu tố TATA-box

Một phần của tài liệu (LUẬN văn THẠC sĩ) phân tích gen mã hóa cho protein NHX liên quan đến tính chịu mặn ở lúa 21 (Trang 48)

3.1.3. Phân tích in silico dữ liệu biểu hiện các gen OsNHX

Để nghiên cứu sự biểu hiện của các gen OsNHX chúng tôi sử dụng dữ liệu Rice

Oligonucleotide Array Database (ROAD) đã có trên trang web http://www.ricearray.org/ Từ những dữ liệu này chúng tơi phân tích theo hai hƣớng:

i) Phân tích họ gen OsNHX trong điều kiện bình thƣờng.

ii) Phân tích sự đồng biểu hiện của các gen trong họ OsNHX trong điều kiện stress.

3.1.3.1 Sự biểu hiện của các gen thuộc họ gen OsNHX trong điều kiện bình thƣờng

Tại trang web http://www.ricearray.org/, chúng tôi lựa chọn chƣơng trình phân

tích tích hợp (meta analysis) nhiều chƣơng trình, nhiều thí nghiệm có q trình hậu kiểm để đánh giá toàn diện sự biểu hiện các gen OsNHX ở những mô, cơ quan khác nhau qua mỗi giai đoạn phát triển. Kết quả phân tích gen thuộc họ gen OsNHX đƣợc thể hiện hình ảnh và thang biểu đồ nhiệt nhƣ hình 3.12a và 3.12b.

Mặc dù cơ sở dữ liệu tại trang web http://www.ricearray.org/ là khá đầy đủ nhƣng chúng tơi đã khơng tìm thấy dữ liệu của gen OsNHX4 (LOC_Os06g21360). Một số trang web dƣới đây đã đƣợc chúng tôi sử dụng để tìm kiếm thơng tin về sự biểu hiện của gen

OsNHX4 nhƣng cũng khơng có kết quả hoặc kết quả rất nghèo nàn.

http://www.plexdb.org//modules/PD_general/atlas.php

http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/Rice_network_public/script/index.html http://www.ebi.ac.uk/gxa/genes/OS06G0318500

Kết quả biểu thị ở hình 3.12a cho thấy các gen OsNHX2, OsNHX3 và OsNHX5

biểu hiện mạnh ở nhiều mô, cơ quan trong khi gen OsNHX1 chỉ biểu hiện mạnh nhất ở giai đoạn hình thành mơ phân sinh đỉnh chồi SAM (Shoot Apical Meristem), biểu hiện yếu nhất tại các tế bào nhu mơ tủy-lóng (internode pith parenchyma) và biểu hiện tƣơng

Một phần của tài liệu (LUẬN văn THẠC sĩ) phân tích gen mã hóa cho protein NHX liên quan đến tính chịu mặn ở lúa 21 (Trang 48)

Tải bản đầy đủ (PDF)

(80 trang)