chung cũng như cơ quan thanhtra hành chính các cấp nói riêng
Một vấn đề nữa mà hiện nay chúng ta cần nhìn nhận lại đối tƣợng của hoạt động thanh tra là việc thực thi công vụ, nhiệm vụ của cơ quan nhà nƣớc và công chức nhà nƣớc. Qua quá trình phát triển và cùng với sự thay đổi cơ chế quản lý, chúng ta đã có những hoạt động thanh tra ra bên ngoài xã hội (thƣờng đƣợc gọi là thanh tra chuyên ngành) thực chất là hoạt động kiểm tra thƣờng xuyền nhằm phát hiện và xử lý vi phạm của các đối tƣợng bị quản lý. Tại các Hội thảo khoa học nhiều ý kiến cho rằng hiện nay khái niệm thanh tra đã bị lạm dụng, bị "thanh tra hoá". Từ đó gây nên một quan niệm không hay về hoạt động thanh tra, cho rằng thanh tra hiện nay là tràn lan, chồng chéo, gây khó dễ cho các đối tƣợng bị thanh tra.
Vì vậy trong quá trình đổi mới tổ chức và hoạt động thanh tra cần nghiên cứu để thanh tra trở lại đúng vị trí của nó là tai mắt của trên. Tổ chức thanh tra phải gọn nhẹ hơn, tập trung hơn. Hoạt động thanh tra phải có trọng tâm, trọng điểm và coi trọng các cuộc thanh tra diện rộng để đánh giá cơ chế chính sách. Có sự phân biệt giữa thanh tra với các hoạt động kiểm tra thƣờng xuyên của cơ quan quản lý với mục đích bảo đảm trật tự quản lý và xử lý vi phạm hành chính. Vấn đề này đã bƣớc đầu đƣợc xử lý khi chúng ta xây dựng Luật Thanh tra và cần phải tiếp tục theo định hƣớng đó trong quá trình hoàn thiện pháp luật về thanh tra những năm tới.
Hệ thống tổ chức thanh tra đƣợc thiết lập theo nguyên tắc song trùng trực thuộc là phù hợp với nguyên tắc kết hợp chặt chẽ giữa quản lí theo ngành và quản lí theo lãnh thổ trong tổ chức và hoạt động của bộ máy Nhà nƣớc.
Thanh tra phải luôn đƣợc khẳng định là một chức năng thiết yếu của quản lí nhà nƣớc. Do đó vị trí của thanh tra phải gắn liền với các cơ quan quản lí hành chính nhà nƣớc .
Tuy nhiên, một trong những điều kiện cơ bản để đảm bảo cho cơ quan thanh tra hành chính các cấp hoạt động có hiệu quả là hoạt động thanh tra phải có tính độc lập tƣơng đối với hoạt động của cơ quan quản lí. Cần phải có cơ chế loại trừ mọi sự can thiệp trái pháp luật vào hoạt động thanh tra. Có nhƣ vậy mới đảm bảo đƣợc hoạt động thanh tra khách quan, trung thực, chỉ tuân theo pháp luật. Từ đó cơ quan thanh tra hành chính mới thực sự là phƣơng thức đảm bảo pháp chế, kỷ luật và quyền, lợi ích hợp pháp của cá nhân, cơ quan, tổ chức. Để tính độc lập tƣơng đối của hoạt động thanh tra đƣợc thể hiện trên thực tế, cần phải có qui định bảo đảm bởi các thiết chế luật pháp, con ngƣời và vật chất cụ thể. Hoạt động thanh tra muốn đạt đƣợc kết quả tốt trƣớc hết phải có những qui định về mặt tổ chức độc lập với các đối tƣợng bị thanh tra, kiểm tra và sử dụng thẩm quyền của chủ thể quản lí nhà nƣớc trao cho. Ở nƣớc ta, mặc dù thanh tra đƣợc xác định là chức năng thiết yếu của quản lí nhà nƣớc nhƣng tổ chức và hoạt động còn chƣa thật phù hợp, chƣa phát huy đƣợc tính độc lập chỉ tuân theo pháp luật trong hoạt động thanh tra nói chung. Trong thời gian tới, cần nghiên cứu đổi mới cơ cấu tổ chức cơ quan thanh tra hành chính các cấp theo hƣớng tăng cƣờng sự chỉ đạo theo hệ thống ngành dọc từ Trung ƣơng đến cơ sở. Các tổ chức Thanh tra các cấp, các ngành ngày càng phụ thuộc hơn Thanh tra Chính phủ. Đây là hƣớng phù hợp với tinh thần cải cách nền hành chính nhà nƣớc nhằm nâng cao hiệu lực của các cơ quan trong bộ máy nhà nƣớc.
Hệ thống cơ quan Thanh tra Nhà nƣớc hiện nay phải đƣợc sắp xếp, kiện toàn tổ chức, khắc phục tình trạng chồng chéo, trùng lắp hiện nay.Theo nguyên tắc, mỗi cơ quan quản lí chỉ có một tổ chức thanh tra, nhƣ vậy sẽ
tránh đƣợc sự chồng chéo, mâu thuẫn hoặc trùng lặp hiện nay về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra hành chính và Thanh tra chuyên ngành. Thống nhất ở mỗi Bộ, cơ quan ngang bộ chỉ thành lập một tổ chức thanh tra hoặc một đầu mối thanh tra đảm nhiệm hai chức năng thanh tra chuyên ngành và thanh tra hành chính . Điều này bƣớc đầu đã đƣợc ghi nhận trong Luật Thanh tra 2004, tuy nhiên khi thi hành trên thực tế quy định này lại nảy sinh nhiều vƣớng mắc khác nhất là đối với những bộ quản lý đa ngành, đa lĩnh vực.Vì thế cần đẩy mạnh việc soạn thảo các văn bản về tổ chức và hoạt động của thanh tra bộ, ngành.