Trong quá trình thực hiện và bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ, trong đó có quyền đối với sáng chế, việc áp dụng đầy đủ và đúng đắn các quy định của pháp luật có ý nghĩa quan trọng trong việc bảo đảm những quyền lợi của chủ sở hữu sáng chế cũng như lợi ích của xã hội nói chung.
Quyền sở hữu trí tuệ là quyền dân sự, có nghĩa là các biện pháp dân sự phải được áp dụng là chủ yếu để bảo vệ quyền khi quyền bị xâm phạm. Tuy nhiên, trên thực tế thì các biện pháp hành chính lại được áp dụng phổ biến hiện nay ở Việt Nam đối với các hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ. Việc áp dụng biện pháp hành chính để xử lý các hành vi xâm phạm quyền trong chừng mực nào đó khơng bảo đảm được lợi ích của các bên liên quan, cụ thể là:
- Biện pháp hành chính là biện pháp do các cơ quan hành chính nhà nước áp dụng một cách chủ động trong quá trình thực hiện chức năng quản lý nhà nước. Để làm việc này, ngân sách nhà nước phải chi ra những khoản chi khổng lồ được lấy từ nguồn đóng thuế của người dân. Điều này là không hợp
lý nếu đứng về góc độ hành động đó chỉ nhằm bảo vệ lợi ích của chủ sở hữu trí tuệ, đặc biệt là trong trường hợp sáng chế. Hơn nữa, biện pháp hành chính khơng mở rộng đến vấn đề bồi thường thiệt hại, do vậy quyền lợi của chủ sở hữu sáng chế bị xâm phạm cũng vẫn chưa được giải quyết triệt để;
- Biện pháp dân sự được áp dụng hạn chế do nhiều lý do, trong đó có lý do năng lực hạn chế của tịa án, tâm lý khơng muốn đưa vụ việc ra tịa án của các chủ sở hữu sáng chế bị xâm phạm quyền;
- Việc thi hành các bản án đã được tuyên của toà án cũng hạn chế dẫn tới sự tin tưởng vào hệ thống toà án bị giảm sút. Ví dụ gần đây nhất liên quan đến vụ xâm phạm quyền đối với sáng chế của một doanh nghiệp ở Thanh Hố. Tồ án đã ra phán quyết về vụ việc nhưng việc thi hành bản án không triệt để. Hành vi xâm phạm quyền vẫn tiếp tục xảy ra sau khi có bản án là một ví dụ không tốt cho những người sau này muốn đưa vụ việc về xâm phạm quyền đối với sáng chế ra toà án để yêu cầu xử lý;
- Về việc chủ động áp dụng các biện pháp kiểm sốt biên giới đối với hàng hóa xâm phạm quyền đối với sáng chế (vượt quá đòi hỏi của hiệp định TRIPS cũng như vượt quá khả năng kiểm sốt tại biên giới đối với loại hàng hóa này), do vậy khơng thể thực hiện.
Ngồi ra, sự phối hợp giữa các cơ quan nhà nước trong vấn đề thực hiện và bảo vệ quyền đối với sáng chế cũng có những hạn chế nhất định. Trường hợp Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho phép các doanh nghiệp Việt Nam sản xuất và lưu hành các sản phẩm xâm phạm quyền của Syngenta như được nêu trên đây là một ví dụ điển hình cho khiếm khuyết này và cần phải được khắc phục.
Thực trạng này đặt ra vấn đề cần hoàn thiện hệ thống pháp luật, cơ chế, bộ máy và năng lực của các cơ quan thực thi pháp luật để việc thực thi quyền đối với sáng chế có hiệu quả. Kinh nghiệm trên thế giới đã chỉ ra cách thức thành cơng, đó là thành lập tồ án chun trách về sở hữu trí tuệ có chức năng
chủ yếu xét xử các vụ việc liên quan đến sở hữu trí tuệ. Ngồi ra, cần tăng cường hiệu lực của việc thi hành các bản án đã được toà án đưa ra.