Quan hệ phối hợp giữa cơ quan điều tra, VKSND, TAND là sự phối hợp trong công tác đấu tranh phòng chống tội phạm trong quá trình giải quyết các vụ án hình sự. Đó là một trong những nguyên tắc do pháp luật tố tụng quy định, có sự tác động, hỗ trợ và thúc đẩy lẫn nhau, đảm bảo việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của mỗi ngành. Phạm vi công tác phối hợp là từ khi phát hiện tội phạm đến khi kết thúc điều tra, truy tố, xét xử.
Thực tiễn hoạt động này trong thời gian qua cho thấy ở nơi nào phối hợp tốt thì ở đó đảm bảo việc điều tra, truy tố, xét xử vụ án nhanh, chính xác, phục vụ được yêu cầu đấu tranh phòng chống tội phạm và đáp ứng được nhiệm vụ chính trị của địa phương; vụ án không bị trả hồ sơ để điều tra bổ sung; việc điều tra, truy tố, xét xử đảm bảo đúng người, đúng tội, được dư luận đồng tình.
Hoạt động phối hợp ở đây không phải là can thiệp vào công việc nội bộ của mỗi cơ quan, mà đây chính là phương pháp để tháo gỡ những vướng mắc nhằm giải quyết vụ án được nhanh chóng, hạn chế được oan sai, bỏ lọt tội phạm hoặc vi phạm thủ tục tố tụng. Thực tiến tố tụng thời gian qua đã cho thấy hiệu quả của sự phối hợp trong việc xác định án điểm, án rút gọn, xét xử lưu động hoặc thống nhất trong việc giải quyết vụ án phức tạp, có nhiều ý kiến còn khác nhau. Do vậy cần tăng cường nâng cao quan hệ phối hợp giữa ba cơ quan điều tra, Viện kiểm sát và Tòa án để nâng cao hiệu quả đấu tranh phòng và chống tội phạm trong tình hình mới. Tác giả cho rằng, để nâng cao
mối quan hệ phối hợp đó cần thiết phải ký quy chế phối hợp giữa cơ quan điều tra, Viện kiểm sát và Tòa án ở cả cấp Trung ương và địa phương nhằm tạo sự thống nhất về chủ trương và tạo sự thuận lợi về phối hợp. Định kỳ hàng năm cần tổng kết đánh giá kết quả cũng như hạn chế trong việc phối hợp nhằm phát huy những kết quả đạt được và bổ sung, thay thế… những bất cập, hạn chế từ quy chế phối hợp.