Hoạt động TTQT cũng như các hoạt động kinh doanh khác của ngân hàng, đòi hỏi phải có những con số chính xác để đánh giá, thanh quyết toán, đặc biệt là các khoản vốn nước ngoài. Do vậy, hoạt động TTQT cần được thực hiện kiểm toán. Đó cũng là điều kiện để đưa ra các cơ chế chính sách quản lý, phòng ngừa rủi ro trong hoạt động TTQT.
Từ khi chuyển sang nền kinh tế thị trường có sự quản lý của nhà nước ở Việt Nam, nhu cầu kiểm toán các dự án đầu tư nước ngoài theo luật, theo các chương trình tín dụng, phát triển, viện trợ quốc tế là khách quan và ngày càng tăng. Sự phát triển nhanh chóng của các doanh nghiệp tư nhân, các tổ chức kinh doanh tập thể, các đơn vị có vốn đầu tư nước ngoài và xu hướng cổ phần hoá một số doanh nghiệp nhà nước đòi hỏi phải có dịch vụ kiểm toán. Nghiệp vụ kiểm toán bắt đầu phát triển và các công ty kiểm toán độc lập lần lượt ra đời. Cùng với sự phát triển
của hoạt động kiểm toán, công tác kiểm toán nội bộ cũng được các nhà quản lý ngân hàng quan tâm hơn.
Kiểm toán nội bộ là một hoạt động có tính độc lập trong các cơ quan, đơn vị kinh tế thực hiện với chức năng chính là kiểm tra, đánh giá các hoạt động tài chính và phi tài chính nhằm bảo vệ tài sản của doanh nghiệp cũng như đảm bảo được sự chính xác và độ tin cậy của các sổ sách kế toán, nâng cao hiệu quả hoạt động trong doanh nghiệp và góp phần hoàn thiện hệ thống quản lý tại các đơn vị kinh tế cơ sở. Hiện nay, hoạt động kiểm toán nội bộ tại ngân hàng thường thực hiện ba chức năng: Kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán hoạt động và kiểm toán tuân thủ. Ngoài ra, thông qua quá trình kiểm toán, kiểm toán nội bộ còn có chức năng tư vấn trong nội bộ ngân hàng, đưa ra các kiến nghị nhằm hoàn thiện và nâng cao hiệu quả cơ cấu tổ chức cũng như quy trình nghiệp vụ của ngân hàng.
Nhiệm vụ của kiểm toán nội bộ là kiểm toán tất cả các quá trình hoạt động kinh doanh của ngân hàng, phải bao trùm mọi quy trình hoạt động kinh doanh của ngân hàng. Tuy nhiên, thời gian qua, công tác kiểm tra, kiểm soát cũng như kiểm toán nội bộ tại ngân hàng thường chú trọng đến công tác tín dụng, công tác kế toán, chưa có một chương trình kiểm tra định kỳ hay đột suất chuyên sâu trên lĩnh vực TTQT, đặc biệt là phương thức thanh toán bằng thư tín dụng. Hoạt động TTQT là một trong những lĩnh vực hoạt động quan trọng của một ngân hàng quốc tế thì hoạt động này cũng cần có sự quan tâm kiểm tra, giám sát của ngân hàng. Nhất là trong xu thế hội nhập quốc tế về ngân hàng, hoạt động TTQT ngày càng đa dạng và phức tạp hơn, rủi ro ngày càng nhiều hơn, yêu cầu kiểm toán cho hoạt động TTQT cần được đặt ra đối với ngân hàng.
Muốn có chất lượng ở bộ phận kiểm tra, kiểm toán nội bộ tại ngân hàng thương mại có đủ kỹ năng cần thiết trên các mặt nghiệp vụ phục vụ cho công tác được giao có chất lượng và hiệu quả. Cán bộ kiểm tra, kiểm toán nội bộ cần được đào tạo toàn diện các mặt nghiệp vụ, cần đào tạo chuyên sâu trong lĩnh vực TTQT, thương xuyên luân chuyển cán bộ, cán bộ trước khi bố trí vào công tác kiểm tra, kiểm soát nội bộ phải được phân công làm công tác TTQT một thời gian để nắm bắt thực tế. Chỉ khi
được trang bị kiến thức về cả lý luận và thực tiễn đầy đủ thì bộ phận kiểm tra mới mạnh dạn xây dựng chương trình kiểm toán cho hoạt động một cách phù hợp. Đồng thời, bộ phận kiểm tra, kiểm toán nội bộ cần được bổ sung đủ lực để có thể phân bổ lực lượng kiểm tra toàn diện các mặt hoạt động ngân hàng. Khi hoạt động này đã được quan tâm thì mức độ sai sót sẽ giảm đi và hiệu quả sẽ được nâng lên.
Sự an toàn và hiệu quả trong hoạt động kinh doanh ngân hàng là mục tiêu chủ yếu của hoạt động kiểm toán nội bộ. Trong đó, an toàn và hiệu quả trong lĩnh vực hoạt động TTQT là một trong những tiêu chí để đánh giá khả năng hội nhập kinh tế quốc tế về ngân hàng. Vì vậy, để tránh được những rủi ro trong TTQT có thể ảnh hưởng đến hiệu quả kinh doanh ngân hàng, ảnh hưởng đến uy tín của ngân hàng trên thương trường quốc tế. Hoạt động kiểm toán nội bộ cần xây dựng kế hoạch và quy trình kiểm toán hoạt động TTQT riêng.