Mụ hỡnh tố tụng hớnh sự thẩm vấn bờn cạnh những ƣu điểm cũn tồn tại một số hạn chế nhất định. Tố tụng thẩm vấn khụng tụn trọng đầy đủ quyền của cỏc bờn đƣơng sự. Tố tụng thẩm vấn thƣờng bị chỉ trớch là khụng tụn
trọng đầy đủ quyền của cỏc bờn đƣơng sự bởi vỡ họ khụng cú nghĩa vụ chứng minh chứng cứ. Vỡ chứng cứ là do Thẩm phỏn điều tra tập hợp nờn ngƣời ta cho rằng tố tụng thẩm vấn đi ngƣợc lại với nguyờn tắc vụ tƣ, khỏch quan và cho rằng đụi khi Thẩm phỏn đó cú sẵn trong đầu quyết định xột xử trƣớc khi diễn ra giai đoạn xột xử. Xột dƣới gúc độ đú, việc tranh luận tại phiờn tũa trở nờn vụ nghĩa. Ngƣời ta cũng chỉ trớch rằng, thủ tục tố tụng thẩm vấn thƣờng kộo dài, làm mất nhiều thời gian vỡ cú thờm giai đoạn điều tra.
Cỏc cơ quan tiến hành tố tụng khi xem xột vụ ỏn thƣờng phụ thuộc quỏ nhiều vào hoạt động điều tra trƣớc đú. Hoạt động của tũa cũng nhƣ nhiều cơ quan khỏc chỉ dựa vào nền do CQĐT đựng sẵn, chắc chắn sẽ khú trỏnh khỏi việc làm oan hoặc bỏ lọt tội phạm. Cỏch thức mà mụ hỡnh TTHS thẩm vấn lựa chọn để tỡm đến sự thật khỏch quan đú là huy động tối đa sự tham gia của cỏc cơ quan tố tụng chuyờn nghiệp của Nhà nƣớc. Cỏc cơ quan tố tụng, nhõn viờn Nhà nƣớc tớch cực, chủ động trong việc tỡm kiếm chứng cứ, xỏc định sự thật vụ ỏn. Cụng tố nhõn danh Nhà nƣớc và vỡ lợi ớch chung của xó hội thực hiện chức năng buộc tội, hồn toàn khụng phụ thuộc vào ý muốn của ngƣời bị hại. Cỏc cơ quan tố tụng (bao gồm cả Tũa ỏn) đều đƣợc giao nhiệm vụ chứng minh tội phạm.
Thời gian giải quyết vụ ỏn trong mụ hỡnh TTHS thẩm vấn thƣờng kộo dài dẫn đến vi phạm thời hạn tố tụng; chƣa tạo cơ hội để những ngƣời tham gia tố tụng đƣợc đƣa ra chứng cứ chứng minh về việc mỡnh bị buộc tội, xột xử. Chứng cứ chứng minh trong vụ ỏn chủ yếu đƣợc thu thập ở giai đoạn điều tra nờn rất dễ đi ngƣợc với nguyờn tắc vụ tƣ, khỏch quan trƣớc khi vụ ỏn đƣợc đƣa ra xột xử. Vỡ cú thờm giai đoạn điều tra nờn TTHS thẩm vấn thƣờng kộo dài và mất nhiều thời gian.
Trong quỏ trỡnh tiến hành tố tụng, vai trũ của luật sƣ và những ngƣời tham gia tố tụng khỏc chƣa đƣợc tụn trọng, bảo vệ và bị chi phối bởi cỏc cơ
quan tiến hành tố tụng, ngƣời tiến hành tố tụng; việc bảo vệ quyền và lợi ớch hợp phỏp của những ngƣời tham gia tố tụng, nhất là những ngƣời bị tạm giữ, bị can, bị cỏo bị hạn chế; việc tranh tụng thƣờng chƣa đƣợc đảm bảo dẫn đến tỡnh trạng, cỏc cơ quan tiến hành tố tụng và những ngƣời tiến hành tố tụng chuẩn bị trƣớc cỏc quyết định của mỡnh liờn quan đến quỏ trỡnh giải quyết vụ ỏn... Điều này làm cho TTHS thẩm vấn mang tớnh hỡnh thức.