CHƢƠNG 3 : KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN
3.3. Định danh chủng vi khuẩn RH02 bằng kỹ thuật sinh học phân tử
Sau khi đƣợc phân lập và tuyển chọn, chủng vi khuẩn RH02 định danh sơ bộ thuộc chi Rhodobacter. Nhằm định danh chúng đến tên loài, chọn phƣơng pháp sử
dụng các kỹ thuật sinh học phân tử, bao gồm tách chiết, tinh sạch DNA tổng sổ, khuếch đại vùng gen và sản phẩm PCR đƣợc gửi tại công ty Apical Scientific Sequencing Malaysia để đọc trình tự đoạn gen 16S – rRNA. Kết quả đọc trình tự 16s – rRNA đƣợc so sánh trên ngân hàng gen NCBI để định danh loài RH02.
3.3.1. Tách chiết và khuếch đại gen
Sinh khối chủng RH02 đƣợc thu sau 7 ngày nuôi cấy để tách chiết DNA tổng số. Kết quả tách chiết DNA tổng số của chủng RH02 thể hiện ở hình 3.6.
Hình 3.6. Kết quả tách chiết DNA tổng số của chủng vi khuẩn RH02
(M là DNA ladder 3000 bp (Cleaver), RH02 DNA tổng số của mẫu RH02)
3.3.2. Phân tích gel sản phẩm PCR
DNA tổng số của mẫu chủng vi khuẩn RH02 sau khi tách thành công đƣợc khuếch đại bằng kỹ thuật PCR. Sản phẩm PCR điện di trên gel cho kết quả nhƣ sau:
Giếng 1 (mẫu RH02) xuất hiện 1 băng duy nhất kích thƣớc 1500bp.
30
3.3.3. Giải trình tự đoạn gen 16S – rRNA và định danh loài
Hình 3.8. Tìm kiếm trình tự tƣơng đồng chủng vi khuẩn Rhodobacter
Chủng vi khuẩn RH02 có trình tự vùng gen 16s – rRNA tƣơng đồng 97.70% với lồi Rhodobacter capsulatus (hình 3.8). Cho phép kết luận chủng vi khuẩn RH02 là loài Rhodobacter capsulatus.
Nhƣ vậy, qua bƣớc định danh ở cấp độ loài, xác định đƣợc chủng vi khuẩn RH02 là loài vi khuẩn Rhodobacter capsulatus. Do đó, trong những bƣớc tiếp theo,
31
3.3.4. Cây phát sinh lồi
Hình 3.9. Cây phát sinh chủng loài của chủng VKTQH chọn lựa dựa trên trình tự
nucleotide gen 16S-rDNA
Từ cây phát sinh chủng loại cho thấy chủng RH02 cùng nằm trên một nhánh với các loài thuộc chi Rhodobacer và có tỷ lệ tƣơng đồng cao nhất với lồi Rhodobacter capsulatus (có độ tƣơng đồng là 99%). Có mã số đăng ký trên Ngân hàng Gen Quốc tế là KF054927 và DQ001154.
32