Phái thiền Trúc Lâm Yên Tử rất thịnh và trứ danh với ba vị tổ, một thánh hai hiền mà bình dân thường gọi là tam tổ thánh hiền: vua Trần Nhân Tông tổ thứ nhất, pháp Loa tổ thứ hai và Huyền Quang tổ thứ ba.
Ở đây, chúng ta cố gắng làm rõ thân thế và tư tưởng của từng vị.
2.1.1. Tổ thứ nhất của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử: Trần Nhân Tông (1258-1308) Tông (1258-1308)
Tên Trần Khâm, là con trưởng của vua Trần Thánh Tông. Theo Đại Việt sử ký toàn thư thì ngay từ khi mới sinh ra “đạo mạo thuần tuý nhân sắc
như vàng, thể chất hoàn toàn, thần khí tươi sáng”. Nhân Tông Trần Khâm lên ngôi vua năm 21 tuổi (1279). Là ông vua nhân từ, biết cố kết lòng dân, với khí thế hào hùng, ông đã lãnh đạo nhân dân đánh lại quân xâm lược Nguyên Mông, giành thắng lợi to lớn trong hai cuộc kháng chiến vào những năm 1285 và 1288.
Vua Trần Nhân Tông với bản tính thông minh, bản tính ham học, đọc hết các sách, thông hiểu cả đời và đạo. Ông thường mời các nhà thiền học để giảng xét về cái học tâm tông trong những lúc nhàn hạ, trong lúc nghỉ ngơi. Vì thế, Nhân Tông đã thâm nhập cốt tuỷ của thiền học. Được Tuệ Trung Thượng Sĩ truyền cho giáo chỉ, bởi vậy bất kỳ ở cương vị nào ông cũng tôn thờ Thượng Sĩ làm thầy và hết lòng trọng vọng.
Sự việc tìm đến Yên Tử của vua Trần Nhân Tông hoàn toàn không như hành động xuất gia yếu thế thông thường mà phải cắt nghĩa theo khía cạnh
nhưng ở phía bắc vẫn còn có nước láng giềng mạnh mẽ, chưa thực sự an tâm, ý ấy không tiện nói ra, sợ người ta giao động, bởi thế nhằm ngọn núi cao nhất, phía Đông nhìn về Yên Quảng, phía Bắc liếc sang hai tỉnh Lạng, dựng lên ngôi chùa, thường dạo chơi để xem động tĩnh, ngăn ngừa nước ngoài xâm phạm. Trong thời gian ở Yên Tử, ông nghiên cứu giáo lý nhà Phật một cách say sưa, nghiêm túc Kế thừa tư tưởng bậc trứ danh đi trước rồi sáng lập ra Thiền phái Trúc Lâm do ông chủ trì. Ông mặc áo cà sa đi khắp nơi thuyết pháp, tín đồ Phật giáo lúc bấy giờ suy tôn ông là một vị giáo chủ.
Trần Nhân Tông soạn: Thạch thất mỵ ngữ, Thiền lâm thiết chuỷ ngữ lục, Tăng già toái sự và Đại lượng hải ấn thi tập.
2.1.2. Tổ thứ hai của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử: Pháp Loa đại sư (1284- 1330) (1284- 1330)
Tên tục là Kiên Cương, thân mẫu sư là Vũ Thị, lúc sinh ra sư, mùi hương lạ đầy nhà, lâu rồi mới tản đi. Từ nhỏ sư vẻ mặt dịch ngộ, miệng chưa từng nói đến một lời ác, ăn không ưa ăn mặn.
Năm Pháp Loa 21 tuổi, vua Trần Nhân Tông lúc đó đã xuất gia hạnh Điều Ngự Đầu Đà chu du khắp thiên hạ để tra bỏ tâm từ và bố trí thuốc pháp, chữa bệnh hiểm nghèo và cũng tha thiết mong tìm người kế truyền, nối nghiệp đạo pháp.
Pháp Loa xin xuất gia theo Điều Ngự và giác ngộ, được Điều Ngự rất thưởng thức, ban cho tên hiệu Pháp Loa. Từ đấy ông nguyện tu hành Thập nhị đầu đã. Ông cũng đã đi thuyết giáo ở nhiều nơi, Pháp Loa viết đoạn sách lục, Tham thiền chỉ yếu.
Pháp Loa là vị tổ có uy tín rất lớn trong nước và thời bấy giờ Phật học cũng cực thịnh. Cái tinh thần Phật học của ông cũng chính là cái tư tưởng tinh thần của Trúc Lâm Yên Tử mà ông đã được vị tổ thứ nhất là Điều Ngự (Trần Nhân Tông) trực tiếp truyền cho.
2.1.3. Huyền Quang tôn giả đệ tam tổ của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử (1254- 1334) Tử (1254- 1334)
Tên thật là Lý Tái Đạo, từ nhỏ ông có khiếu văn chương, thông minh, tuấn mẫu. Chín tuổi ông đã thông thạo các lối thơ văn và chuyên tập văn chương cử nghiệp.
Năm 20 tuổi ông đã từng đỗ đạt mà theo “Tam tổ hành trạng” lúc 51 tuổi (1305) ông mới xuất gia, có nghĩa là chỉ sau Pháp Loa 30 tuổi. Ông đi theo Nhân Tông, giúp Nhân Tông soạn các sách như “Chư Phẩm kinh” (Tuyển tập các phẩm kinh thiết yếu và cần thiết), “Công văn tập” (tuyển tập những bài văn, sở, điệp dùng trong các nghi lễ Phật giáo), “Thích khoa giáo” (tập sách giáo khoa về đạo Phật). Nhân Tông rất hài lòng với những công việc này, thậm chí đã hạ bút: phàm sách đã qua tay Huyền Quang biên soạn, khảo đính rồi thì không thể thêm bớt được một chữ nào nữa. Sau đó Nhân Tông qua đời, ông đi theo Pháp Loa, sau đó ông về trụ trì ở chùa Vân Yên núi Yên Tử. Nhưng chỉ sau một thời gian ông lại quay về chùa Thanh Mai rồi Côn Sơn.
Năm 1330 khi Pháp Loa mất, nhị tổ truyền cho ông là tổ thứ ba của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử, khi đó ông đã 77 tuổi.
Đến đây, một câu hỏi đặt ra: tại sao Phật giáo Việt Nam nói chung và phái thiền Trúc Lâm nói riêng lại suy thoái dẫn đến tan rã? (Phái thiền Trúc Lâm).
Sự suy thoái này vào khoảng giữa thế kỷ XIV không phải do lỗi của Huyền Quang. Bấy giờ, tầng lớp ủng hộ Phật giáo mạnh mẽ là quý tộc họ Trần cũng đã mất dần uy lực chính trị và kinh tế. Chế độ sở hữu ruộng đất, điền trang thái ấp đã bắt đầu tan rã. Các quan lại xuất thân nho học “bạc diện thư sinh” đại diện cho tầng lớp địa chủ nhỏ, bắt đầu nắm các vị trí quan trọng trong nhà nước, bởi vậy Nho giáo dần dần thắng thế trong chế độ khoa cử. Nhưng nói thế không có nghĩa là phủ định hoàn toàn Phật giáo. Bởi bản sắc văn hoâ dân tộc chủ yếu là Phật giáo. Vì vậy, tam tổ Trúc Lâm Yên Tử đã xây
dựng và thực hiện trên những tinh hoa tư tưởng nhà Trần, nó là một kết tinh đặc sắc của tư tưởng một thời đại.