Cơ chế quản lý hoá đơn hiện nay đã không khuyến khích các doanh nghiệp cải tiến kỹ thuật cũng nh xây dựng chiến lợc quản lý hoá đơn phù hơp. Công tác tổ chức quản lý hoá đơn phức tạp, chồng chéo ngay trong Cục thuế, Chi cục thuế... Việc tạo điều kiện và cho phép các doanh nghiệp thực hiện tự quản hoá đơn có thể hạn chế khả năng sử dụng hoá đơn giả, gian lận thuế, chống thất thu, rút ngắn thời gian hoàn thuế. Nên việc quản lý hoá đơn theo hớng giao cho doanh nghiệp tự quản là nên làm. Nhng để thực hiện điều này phải quy định rõ một số điểm sau:
+ Chất liệu hoá đơn phải thuận tiện cho cả việc viết tay, đánh máy hoặc in từ máy vi tính.
+ Trên hoá đơn phải ghi rõ mã số thuế, địa chỉ, biểu tợng của doanh nghiệp.
+ Sau khi xét duyệt hồ sơ đã khấu trừ hay hoàn thuế của doanh nghiệp, các hoá đơn phải đợc đóng dấu “ đã khấu trừ”, “đã hoàn thuế”.
Thực tế, Tổng cục thuế đã vận dụng nguyên tắc đề cao trách nhiệm và quyền chủ động của doanh nghiệp trong quản lý sử dụng hoá đơn, đã cho phép một số ít doanh nghiệp đăng ký sử dụng hoá đơn tự in, tự phát hành, tự quản lý sử dụng. Việc quản lý sử dụng hoá đơn ở các đối tợng này rất chặt chẽ và hiếm xảy ra sai phạm.
Hớng hoàn thiện đối với vấn đề hoá đơn GTGT là nhanh chóng nhân rộng cơ chế doanh nghiệp sử dụng hóa đơn tự in để trao lại trách nhiệm và quyền quản lý chủ yếu đối với hoá đơn GTGT cho doanh nghiệp; các cơ quan quản lý nhà nớc (trực tiếp là cơ quan thuế) chỉ nhận trách nhiệm cho phức doanh nghiệp phát hành theo hoá đơn mẫu đăng ký và thực hiện công tác giám sát, kiểm tra quá trình quản lý sử dụng hoá đơn của doanh nghiệp. Đồng thời cơ quan thuế chỉ phát hành một số it hoá đơn GTGT cho các đơn vị cha có điều kiện tự in hoá đơn.
Tổng cục thuế cần nhanh chóng hoàn thiện chơng trình quản lý đối chiếu hoá đơn chứng từ qua mạng máy tính với yêu cầu mọi phát sinh chi tiết của đối tợng nộp thuế phải
đợc nhập vào mạng, từ đó các cơ quan quản lý nhà nớc, nhất là cơ quan thuế sử dụng để đối chiếu, phát hiện ngay các sai phạm.