Để rút ngắn thời gian hoàn thuế cần phải nghiên cứu lại quy đinh về thời gian hoàn thuế nh rút ngắn còn 3 ngày thống nhất chứ không phải là 15 ngày nh cũ. Đây sẽ là một ph- ơng án khả thi khi chúng ta tiến tới hoàn thuế theo đề nghị của doanh nghiệp, sau đó tiến hành hậu kiểm. Doanh nghiệp có quyền đề nghị hoàn thuế với số thuế đề nghị nhỏ hơn hay bằng số thuế phát sinh âm của đơn vị và chịu hoàn toàn trách nhiệm với việc đề nghị hoàn thuế của mình. Đồng thời cơ quan chức năng cần thực hiện triệt để công tác hậu kiểm sau hoàn thuế.
Để thực hiện điều này thì cần tiến hành các bớc sau:
+ Đơn giản hoá thủ tục hoàn thuế, cho phép ngời kinh doanh tự kê khai và tự chịu trách nhiệm về việc làm của mình. Cơ quan thuế đảm bảo thời gian hoàn thuế, rút ngắn thời gian thực hiện chi trả của kho bạc bằng cách thực hiện nối mạng thông tin giữa cơ quan thuế và cơ quan kho bạc nhằm giảm bớt thời gian luân chuyển chứng từ theo đờng công văn.
+ Thành lập ban thanh tra, kiểm tra với nhiệm vụ kiểm tra lại toàn bộ các hồ sơ đã đợc hoàn thuế, đặc biệt là những hồ sơ có số thuế đợc hoàn lớn. Việc thanh tra kiểm tra này dới một góc độ rộng thì là một bộ phận của ngành Luật chịu sự giám sát của các cơ quan bảo vệ pháp luật hiện hành, vì vậy, các cơ quan nh Thanh tra Nhà nớc, Viện kiểm soát, Công an... cũng đều có chức năng này. Nhng một trong những công tác quan trọng của quá trình thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế là công tác kiểm tra, đối chiếu, xác minh hoá đơn đầu vào, đầu ra của cơ sở. Do vậy, việc hậu kiểm chỉ có thể thực hiện tốt nhất bởi cơ quan thuế với cơ cấu bộ máy chặt chẽ, có sự hỗ trợ trong xác minh hoá đơn trong toàn quốc. Sự chỉ đạo của Tổng cục Thuế đối với công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế là một giải pháp tối u trong giai đoạn hiện nay bên cạnh việc đề cao trách nhiệm của ngời xin hoàn thuế.
+ Sửa đổi quy trình kiểm tra sau hoàn thuế, chỉ tiến hành kiểm tra khi cần thiết và quy định xử lý thật nặng đối với những doanh nghiệp gian dối không thực hiện đúng các quy định của Nhà nớc.
+ Thực hiện công khai hoá quy trình, thủ tục và hồ sơ hoàn thuế, niêm yết công khai tại cơ quan thuế, qua đài báo phơng tiện thông tin... Cơ quan thuế cần tăng cờng hớng dẫn,
giải thích chi tiết cho đối tợng xin hoàn thuế nhằm giúp họ chuẩn bị các thủ tục đúng quy đinh, tránh hiện tợng phải làm đi làm lại nhiều lần.