Để khuyến khích việc sử dụng hoá đơn chứng từ, khuyến khích xuất khẩu, đảm bảo công bằng giữa hàng hoá chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT, cần sửa đổi, bổ sung nh sau:
Khi mà hơn 80% dân số nớc ta sống bằng sản xuất nông nghiệp, giá thành sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi còn cao nên cần phải u đãi về thuê bằng cách cha đa vào đối tợng chịu thuế GTGT; cha thực hiện một phơng pháp tính thuế nên cần tiếp tục giải quyết khấu trừ thuế đầu vào của hàng hoá, dịch vụ không thuộc đối tợng chịu thuế GTGT và hàng hoá dịch vụ đầu vào đã chịu thuế GTGT theo phơng pháp khoán.
Trong tình hình điều kiện ở nớc ta hiện nay, thì việc cho phép khấu trừ khống trong trờng hợp không có hoá đơn mua, bán hàng hợp lệ nh hiện nay là vẫn cần thiết, nhng cần có quy định chặt chẽ về thủ tục hoá đơn, chứng từ liên quan đến việc khấu trừ khống thuế GTGT đầu vào:
Đối với hoá đơn bán hàng do đối tợng nộp thuế theo phơng pháp trực tiếp sử dụng hai loại: hộ nộp thuế theo kê khai thì có thể không cho phép nộp thuế trực tiếp trên GTGT mà nộp theo doanh số, tránh sự lợi dụng, móc ngoặc trong lập bảng kê 04/GTGT ; còn các hộ thuộc diện ấn định doanh số tính thuế thì cần quy định cụ thể, nếu doanh số bán hàng cao hơn doanh số đã ấn định thì phải truy thu số trên hoá đơn phần doanh số chênh lệch này. Việc quy định truy thu theo thông t 122 cha rõ ràng, đầy đủ, khó thực hiện trong thực tế vì cơ sở pháp lý không cao.
Đối với bảng kê 04/GTGT thì cần chỉ rõ đối tợng nào không có hoá đơn. Có quan điểm cho rằng chỉ ngời nông dân trực tiếp sản xuất ra sản phẩm nông, lâm, thuỷ sản đem đi tiêu thụ, còn toàn bộ các đối tợng khác không đợc xem là “ngời bán không có hoá đơn” nh
đối tợng thu gom, cơ sở kinh doanh khác bán hàng không lập hoá đơn... Đồng thời quy định chặt chẽ khi lập bảng kê phải ghi rõ họ tên, địa chỉ của ngời sản xuất trực tiếp sản xuất bán ra.
Về tỷ lệ khấu trừ khống thuế đầu vào theo tỷ lệ 3% trên giá mua theo hoá đơn đối với doanh nghiệp nộp thuế theo phơng pháp khấu trừ cũng cần nghiên cứu lại. Có thể quy định một số tỷ lệ khấu trừ khống cho phù hợp với từng ngành nghề đảm bảo nguyên tắc của thuế GTGT. Nhng về lâu dài, phải bãi bỏ quy định cho phép khấu trừ khống đối với tất cả các hình thức, các hoạt động kinh tế đi đôi với việc giảm tỷ lệ thuế suất ở đầu ra đối với những mặt hàng nông, lâm, thuỷ sản.