Thực hiện pháp luật về an ninh mạng cần thiết phải có một hệ thống tổ chức chặt chẽ, đồng bộ và hoạt động hiệu quả. Về quản lý nhà nước, pháp luật về ANM đã xác định tương đối bao quát các yêu cầu về tổ chức bảo vệ ANM. Theo đó, Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về ANM. Chính phủ có trách nhiệm ban hành theo thẩm quyền và tổ chức thực hiện chính sách, pháp luật, bảo đảm cơ chế và biện pháp phối hợp giữa các bộ, ngành trong việc THPL về ANM.
Theo quy định hiện hành, THPL về ANM do nhiều chủ thể có địa vị pháp lý khác nhau thực hiện, nhưng đầu mối chủ trì, chịu trách nhiệm chính trước Chính phủ về lĩnh vực ANM là Bộ Công an. Đây là cơ quan được Chính phủ giao thống nhất quản lý nhà nước về ANM trên phạm vi toàn quốc.
Ngoài ra, các cơ quan khác theo chức năng, nhiệm vụ của mình có trách nhiệm tham gia tổ chức THPL về ANM như Bộ Quốc phòng, Ban Cơ yếu Chính phủ, Bộ Thơng tin và Truyền thơng, chủ quản hệ thống thông tin, doanh nghiệp (gồm doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp nước ngoài),... Luật An ninh mạng quy định lực lượng chuyên trách bảo vệ ANM được bố trí ở Bộ Cơng an và Bộ Quốc phịng. Ngồi ra, cịn có lực lượng bảo vệ ANM ở các bộ, ngành, ủy ban nhân dân cấp tỉnh trong phạm vi của mình, THPL về ANM đối với lĩnh vực trực tiếp quản lý. Các cơ quan, tổ chức, cá nhân khi sử dụng KGM cần kịp thời cung cấp thông tin liên quan đến bảo vệ ANM, nguy cơ đe dọa ANM, hành vi xâm phạm ANM cho cơ quan có thẩm quyền, lực lượng bảo vệ ANM [80, tr.58].
Việc tổ chức xây dựng lực lượng bảo vệ ANM có ý nghĩa đặc biệt quan trọng trong bảo đảm THPL về ANM. Thực trạng tổ chức THPL về ANM trong thời gian qua cho thấy, bên cạnh những kết quả đạt được thì tổ chức bộ
máy THPL về ANM còn nhiều hạn chế, bất cập. Cần phải khắc phục những bất cập về tổ chức như: một số cơ quan đầu mối chưa kịp thời xây dựng các văn bản hướng dẫn thi hành; sự phối hợp giữa các lực lượng của các cơ quan còn chưa thường xuyên; việc bồi dưỡng nâng cao ý thức pháp luật cho các chủ thể pháp luật và toàn xã hội cũng như thường xuyên rèn luyện kỹ năng THPL cho lực lượng bảo vệ ANM nói chung và lực lượng chuyên trách bảo vệ ANM nói riêng cịn chưa được đầu tư đúng mức, chưa phát huy hết khả năng chuyên môn. Việc tiếp tục kiện toàn tổ chức và nguồn nhân lực THPL về ANM cần được quan tâm đầu tư nhiều hơn trong giai đoạn hiện nay.