Chương 1 DểNG HÀNG CÁC MẠNG PROTEIN VÀ TỐI ƯU MỀM
1.4. Kết luận chương
Chương 1 của luận ỏn đó trỡnh bày cỏc kiến thức tổng quan về tin sinh học, trong đú tập trung giới thiệu về 2 bài toỏn là hướng nghiờn cứu chớnh của luận ỏn là bài toỏn dúng hàng nhiều mạng cỏc vị trớ liờn kết protein và bài toỏn dúng hàng mạng tương tỏc protein. Đõy là cỏc kiến thức nền tảng để phục vụ cho cỏc nghiờn cứu được giới thiệu ở chương 2 và chương 3 của luận ỏn.
Bờn cạnh đú, chương 1 giới thiệu tổng quan về cỏc phương phỏp tối ưu theo tiếp cận tớnh toỏn mềm bao gồm phương phỏp ACO, tớnh toỏn tiến húa, cỏc thuật toỏn memetic và kỹ thuật tỡm kiếm Tabu. Đõy là cỏc phương phỏp tối ưu mềm được sử dụng phổ biến trong việc giải quyết cỏc bài toỏn tối ưu tổ hợp khú. Trong đú, luận ỏn cũng đó tập trung trỡnh bày chi tiết về phương phỏp ACO, phõn tớch rừ những ưu điểm của phương phỏp này so với cỏc phương phỏp tối ưu mềm khỏc. Đõy là cơ sở để luận ỏn đề xuất cỏc thuật toỏn mới để giải quyết cỏc bài toỏn dúng hàng nhiều mạng cỏc vị trớ liờn kết protein được trỡnh bày ở chương 2 và bài toỏn dúng hàng toàn cục hai mạng tương tỏc protein được trỡnh bày ở chương 3.
Chương 2. DểNG HÀNG CÁC MẠNG CÁC VỊ TRÍ LIấN KẾT PROTEIN
Chương này giới thiệu cỏc khỏi niệm liờn quan đến bài toỏn dúng hàng nhiều đồ thị, một cụng cụ để phõn tớch cấu trỳc protein. Bờn cạnh đú giới thiệu 3 thuật toỏn phỏt triển dựa trờn phương phỏp tối ưu húa đàn kiến: ACO-MGA, ACO-MGA2, ACOTS-MGA. Thuật toỏn đầu tiờn ACO-MGA được xõy dựng dựa trờn phương phỏp tối ưu đàn kiến thuần tỳy. Thuật toỏn ACO-MGA2 được xõy dựng dựa trờn lược đồ memetic theo 2 giai đoạn, giai đoạn đầu chỉ sử dụng ACO, khụng cú tỡm kiếm cục bộ, giai đoạn sau cú ỏp dụng tỡm kiếm cục bộ. Thuật toỏn thứ 3 là ACOTS-MGA cú sự kết hợp giữa thuật toỏn ACO và tỡm kiếm Tabu theo lược đồ memetic để tỡm lời giải cho bài toỏn dúng hàng nhiều đồ thị.
Cỏc thực nghiệm được tiến hành trờn cỏc bộ dữ liệu mụ phỏng và dữ liệu thực đó cho thấy hiệu quả nổi trội của cỏc thuật toỏn đề xuất so với cỏc thuật toỏn mới nhất hiện nay cả về thời gian lẫn chất lượng lời giải.