So sỏnh ACOGNA và MAGNA++ theo tiờu chuẩn S3

Một phần của tài liệu (LUẬN án TIẾN sĩ) một số thuật toán dóng hàng các mạng protein luận án TS máy tính 94801 (Trang 109 - 111)

Nhận xột: Với tiờu chuẩn S3 khi chạy với cỏc bộ dữ liệu dm-hs, dm-sc, hs-sc

với tất cả cỏc giỏ trị của tham số α, thuật toỏn ACOGNA cho kết quả tốt hơn so với MAGNA++ khi chạy thuật toỏn này theo cả 3 tiờu chuẩn tối ưu là EC, ICS và S3. Tuy nhiờn đối với 3 bộ dữ liệu ce-dm, ce-sc, ce-hs MAGNA++ lại cho kết quả tốt hơn ACOGNA.

Về mặt thời gian chạy, do ACOGNA là thuật toỏn metaheuristic được thực hiện với nhiều vũng lặp, nờn thời gian chạy chậm hơn so với thuật toỏn

Datasets ACOGNA MAGNA++ α = 0.3 α = 0.4 α = 0.5 α = 0.6 α = 0.7 EC ICS S3 ce-dm 0.1344 0.1123 0.1068 0.1338 0.1061 0.1580 0.0700 0.2597 ce-hs 0.1265 0.0993 0.0953 0.0939 0.0909 0.2621 0.1284 0.2639 ce-sc 0.1063 0.0953 0.0925 0.0911 0.0922 0.1198 0.1446 0.2573 dm-hs 0.1593 0.1559 0.156 0.1567 0.1555 0.0988 0.0785 0.1088 dm-sc 0.1446 0.1417 0.1415 0.1407 0.1406 0.1030 0.0554 0.1081 hs-sc 0.1501 0.1452 0.1484 0.1446 0.1433 0.1043 0.0387 0.1166

FASTAN là một thuật toỏn theo hướng tiếp cận heuristic, vỡ vậy ở đõy chỳng tụi khụng đưa ra cỏc bảng so sỏnh về mặt thời gian chạy.

3.5.4. Thực nghiệm so sỏnh thuật toỏn ACOGNA++ với cỏc thuật toỏn ACOGNA, MAGNA++ và ModuleAlign toỏn ACOGNA, MAGNA++ và ModuleAlign

Để đỏnh giỏ hiệu quả của cỏc thuật toỏn, chỳng tụi tiến hành so sỏnh chất lượng lời giải của cỏc thuật toỏn theo cỏc tiờu chuẩn S3, GNAS và EC. Thuật toỏn ACOGNA++ được so sỏnh với cỏc thuật toỏn ACOGNA, MAGNA++, và ModuleAlign.

Điểm mới của thuật toỏn ACOGNA++ so với ACOGNA là cú thể tối ưu theo cỏc hàm mục tiờu khỏc nhau (tương tự như MAGNA++). Khi so sỏnh theo hàm mục tiờu GNAS và EC, thỡ 2 thuật toỏn ACOGNA và ACOGNA++ cú chất lượng chờnh lệch khụng nhiều (vỡ cả 2 thuật toỏn đều sử dụng hàm mục tiờu là GNAS) nờn trong phần này chỳng tụi trỡnh bày kết quả so sỏnh khi chạy thuật toỏn ACOGNA++ với tiờu chuẩn tối ưu là S3.

Cỏc thực nghiệm được tiến hành trờn mỏy tớnh cú cấu hỡnh như sau: CPU Intel Core 2 Duo 2.53Ghz, RAM DDR2 4GB và hệ điều hành Windows 7.

Cỏc tham số được thiết lập như sau: số lượng kiến trong mỗi vũng lặp là 10, 𝑎 = 1.5; 𝑏 = 1; c=1; d=2; max = 1.0 và min 1 2 1 |V | |V |    .

Qua cỏc thực nghiệm thuật toỏn cho kết quả tốt nhất khi chọn giỏ trị

nbest = 1%.

3.5.4.1. So sỏnh cỏc thuật toỏn theo tiờu chuẩn tối ưu S3

Bảng 3.7 thể hiện kết quả so sỏnh chất lượng lời giải của cỏc thuật toỏn theo tiờu chuẩn S3. Chất lượng lời giải tốt nhất được định dạng chữ in đậm.

Một phần của tài liệu (LUẬN án TIẾN sĩ) một số thuật toán dóng hàng các mạng protein luận án TS máy tính 94801 (Trang 109 - 111)

Tải bản đầy đủ (PDF)

(132 trang)