Phân công trách nhiệm quản lý nợ còn nhiều điểm bất hợp lý. Việt Nam hiện nay chưa có một cơ quan chuyên biệt về quản lý nợ. Nhiệm vụ quản lý nợ được giao cho nhiều cơ quan khác nhau tuỳ theo chuyên môn chức năng của họ như Bộ Tài chính (Bộ TC), Bộ Kế hoạch - Đầu tư (Bộ KH & ĐT), Ngân hàng Nhà nước (NHNN), Quỹ Hỗ trợ Phát triển - nay là Ngân hàng Phát triển Việt Nam. Tuy nhiên sự phân công trách nhiệm còn phân tán và còn nhiều điểm bất hợp lý.
Thứ nhất, chiến lược xây dựng nợ dài hạn bị phân tán và phân công chồng chéo: chiến lược nợ nước ngoài dài hạn được phân công cho Bộ KH & ĐT chủ trì
thực hiện theo Nghị định số 134/2005/NĐ-CP ngày 01/11/2005 (Điều 62), trong
khi đó Luật Ngân sách Nhà nước 2002 cũng quy định nhiệm vụ của Bộ TC là:
“Xây dựng chiến lược, kế hoạch vay nợ trong nước và ngoài nước trình Chính phủ”.
Thứ hai, Nghị định số 131/2006/NĐ-CP ngày 09/11/2006 về Quy chế quản lý và sự dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức quy định nhiệm vụ tìm kiếm, đàm phán và ký kết vốn vay ODA cho cả 3 cơ quan: Bộ KH & ĐT (đối với hiệp định khung), NHNN (đối với hiệp định vay cụ thế với IMF, WB và ADB), Bộ TC (đối với hiệp định vay khác). Điều này không phù hợp với nguyên tắc tập trung trong quản lý nợ, đồng thời mâu thuẫn với quy định về vai trò của Bộ TC như là “đại diện chính thức cho người vay đối với mọi khoản vay nước ngoài của Nhà nước và Chính phủ tại thoả thuận cụ thể”.
Thứ ba, Nghị định số 134/2005 ngày 01/11/2005 và 131/2006/NĐ-CP ngày 09/11/2006 đều quy định vai trò chủ trì của Bộ KH & ĐT trong việc xây dựng và trình Chính phủ danh mực dự án cấp phát và được vay lại từ nguồn vay nước ngoài của chính phủ. Quy định này có mâu thuẫn với tinh thần của Luật Ngân sách Nhà
nước 2002 về việc thống nhất quản lý nợ nước ngoài của Bộ Tài chính. Hơn nữa thực tế ở hầu hết các nền kinh tế, các vần đề liên quan đến ngân sách nhà nước đều do Bộ Tài chính giải quyết.
Cơ chế phối hợp giữa các bộ, ngành chưa được quy định rõ ràng Quy trình và cơ chế phối hợp hoạt động giữa các bộ, ngành tham gia hệ thống quản lý nợ nước ngoài chưa được quy định rõ ràng. Khó khăn lớn nhất là trong khi mỗi cơ quan chịu trách nhiệm chính trong việc thực hiện một số chức năng nhất định của quản lý nợ và để hoàn thành chức năng này đòi hỏi có sự phối hợp chặt chẽ với một hoặc nhiều cơ quan khác, thì lại thiếu những cơ chế chính thức để tiến hành việc phối hợp. Chẳng hạn, số liệu về nợ còn rất thiếu và chưa được cụ thể, do chức năng kiểm soát các khoản vay và thu thập số liệu bị dàn trải, chưa được tập trung vào một cơ quan đầu mối. Thông tin do vậy được lưu trữ mỗi nơi một ít. Các số liệu thu thập được nhiều khi không nhất quán và không cập nhật. Trong khi đó, chưa có một cơ chế chính thức nào để các bộ, ngành khác nhau cùng ngồi lại tổng kết và kiểm tra chéo các số liệu thu được. Tình trạng này hạn chế khả năng cập nhật, tổng hợp, phân tích, báo cáo và ra quyết định đúng lúc của các cơ quan quản lý nợ nước ngoài.
Việc cấp bảo lãnh nợ nước ngoài không khuyến khích người cho vay tham gia đánh giá rủi ro các dự án. Việc quản lý chặt chẽ khoản vay nước ngoài được Chính phủ bảo lãnh là một đảm bảo để các nghĩa vụ nợ đối với các nhà tài trợ được hoàn thành đầy đủ và đúng hạn, tránh trường hợp Chính phủ phải trả nợ thay cho các doanh nghiệp. Tuy nhiên, xét từ góc độ trách nhiệm của các nhà tài trợ, khi cho vay tín dụng theo thông thường họ cũng phải chị trách nhiệm phần nào về rủi ro thất bại của các dự án vốn. Vì vậy, trước khi quyết định cho vay họ phải nghiên cứu thận trọng các đề xuất vay vốn. Trong trường hợp Chính phủ bảo lãnh các khoản vay của doanh nghiệp thì người chịu trách nhiệm cuối cùng là Chính phủ, người cho vay không phải chịu rủi ro gì. Vì vậy các nhà tài trợ tín dụng không tham gia vào việc đánh giá rủi ro của các dự án vay vốn. Cơ chế này chưa khai thác được hết những tiềm năng hạn chế rủi ro từ góc độ thị trường.