Hàng năm,Tổng cục thuế hƣớng dẫn cụ thể tới Cục thuế các Tỉnh, Thành phố về công tác xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra thuế theo nội dung và số lƣợng để các Cục thuế làm căn cứ xây dựng kế hoạch.Tại Cục thuế Hà Tĩnh công tác xây dựng kế hoạch từ đơn giản, hệ thống chỉ tiêu sơ sài, thiếu đánh giá nguồn nhân lực theo cơ chế chuyên quản khép kín trƣớc đây đã
tiến đến một phƣơng pháp xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra khoa học, dựa trên hệ thống các chỉ tiêu đánh giá độ rủi ro, mức độ tuân thủ pháp luật thuế của ĐTNT. Do vậy đã hạn chế việc kiểm tra, thanh tra ĐTNT tràn lan do hoạt động thanh tra, kiểm tra ĐTNT đƣợc thực hiện trên cơ sở phân tích các dữ liệu về ĐTNT trên hệ thống báo cáo tài chính, hồ sơ kê khai thuế và kết hợp các nguồn thông tin khác nhƣ thông tin về tính hình chấp hành pháp luật thuế nắm đƣợc qua công tác quản lý, tình hình xu thế phát triển ngành kinh tế để lựa chọn chính xác hơn những đối tƣợng vi phạm pháp luật thuế, cụ thể các tiêu chí để lựa chọn đối tƣợng để kiểm tra, thanh tra thuế tại Cục thuế Hà Tĩnh.
Tuy nhiên trong thời gian qua công tác xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra thuế còn mang nặng tính hình thức, chủ yếu vẫn dựa trên kinh nghiệm và đánh giá chủ quan của cán bộ đảm nhiệm công tác xây dựng kế hoạch chƣa đi sâu phân tích thông tin doanh nghiệp để lập kế hoạch sát đúng với yêu cầu do cơ sở dữ liệu về ĐTNT chƣa đầy đủ, không đáp ứng yêu cầu kỹ thuật xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra trên cơ sở phân tích các chỉ tiêu, đánh giá rủi ro và mức độ tuân thủ pháp luật.
Mặt khác sự phối hợp giữa bộ phận xử lý dữ liệu, bộ phận quản lý và bộ phận thanh tra chƣa chặt chẽ, sự năng động trong việc khai thác thông tin bên ngoài của công chức làm công tác kiểm tra, thanh tra còn hạn chế dẫn đến khả năng đánh giá phân tích xung quanh ĐTNT chƣa cao.
Theo quyết định 2180/QĐ-TCT ngày 27/12/201 Tổng cục thuế giao chỉ tiêu thanh tra và kiểm tra cho các Cục thuế trong năm 2013.Về thanh tra 1,5%, về kiểm tra 15% trên tổng số doanh nghiệp quản lý.
Tại Cục thuế Hà Tĩnh do áp lực về thực hiện số thu không những các phòng kiểm tra thực hiện dự toán thu thì tại phòng thanh tra cũng đƣợc giao kế hoạch về số thu. Chính vì vậy công tác xây dựng kế hoạch ban đầu có thể nói nếu không đƣợc quan tâm thì có nhiều DN luôn bị kiểm tra, thanh tra vì
các doanh nghiệp này có số thu lớn, trong khi đó lại bỏ sót nhiều đối tƣợng có thể nói là rủi ro cao nhƣng số thu không lớn.Có nhiều doanh nghiệp nhiều năm không đƣợc kiểm tra, thanh tra. Bên canh đó hiện nay trình độ ngƣời nộp thuế về nhận thức về thuế cao hơn, các phần mềm kế toán đã xây dựng hiện nay đã tiệm cận với những hoạt động của các doanh nghiệp kèm theo đó họ đã thuê cán bộ có trình độ kế toán giỏi nên đã xây dựng hệ thống báo cáo tài chính, báo cáo thuế tƣơng đối hoàn chỉnh nên khi nhập vào phần mềm phân tích rủi ro nhiều khi chƣa thật đúng theo thực tế.Ngoài ra trình độ tiếp xúc đối thoại cũng nhƣ các kỷ năng thanh tra của các cán bộ làm công tác kiểm tra, thanh tra chƣa cao.