Theo hình 3.11, đoạn gen ITS được so sánh với 9 trình tự trên GenBank
với độ tương đồng dao động từ 96 % đến 98 % . So với các loài Paris fargesii
(, Paris dunniana, Paris cronguistii, Trillium tschonoskii, Paris polyphylla var
thì mẫu SH có độ tương đồng lên đến 98 %; Paris cronguistii, Paris vaniotii độ tương đồng là 97 %, Paris polyphylla cultivar là 96 %.
Kết quả phân tích đoạn trình tự nucleotide bằng phần mềm Bioedit thì thu được đoạn có chiều dài 751 nucleotide được trình bày như hình 3.12.
Hình 3.12. Trình tự nucleotide của vùng gen ITS phân lập từ mẫu cây Bảy lá
Để xác định mức độ tương đồng và khác biệt về trình tự nucleotide vùng gen ITS, chúng tôi đã sử dụng 6 trình tự được công bố trên Genbank. Các trình tự vùng ITS sử dụng được trình bày trong bảng 3.3.
Bảng 3.3. Một số trình tự vùng gen ITS sử dụng để xác định độ tương đồng
và sai khác với mẫu SH
STT Mã số gen Tên loài/ giống Năm công bố
1 KX146546 P. fargesii var. brevipetalata 2016 2 AY192536 P. fargesii 2003 3 DQ663684 P. fargesii 2009 4 KX146531 P. polyphylla var. chinensis 2016 5 SH (mẫu thu thập ở huyện Sìn Hồ, tỉnh Lai Châu)
6 KX146539 P. polyphylla var. polyphylla 2016 7 AY192538 P. polyphylla var. stenophylla 2003
Dựa trên trình tự nucleotide của vùng gen ITS, bằng phần mềm DNAstar chúng tôi thiết lập bảng hệ số tương đồng và hệ số phân ly ở bảng 3.4.
Bảng 3.4. Độ tương đồng và phân ly dựa trên trình tự vùng gen ITS
Theo bảng 3.4, độ tương đồng về trình tự nucleotide trên vùng gen ITS của mẫu SH với các trình tự gen công bố trên GenBank dao động từ 98 % đến 99,5 %. Độ tương đồng cao nhất với mẫu SH là trình tự của mẫu P. fargesii
P. fargesii var. brevipetalata P. fargesii
P. fargesii
P. polyphylla var. chinensis SH
P. polyphylla var. polyphylla P. polyphylla var. stenophylla
(DQ663684), đạt 99,5%. Sự khác biệt của mẫu SH với các mẫu nghiên cứu từ 1,9 % đến 2,5 %.
Mối quan hệ di truyền về trình tự nucleotide của vùng gen ITS thể hiện trên sơ đồ ở hình 3.13. Kết quả phân tích mối quan hệ di truyền giữa các loài Bảy lá một hoa thuộc chi Paris dựa trên trình tự nucleotide của đoạn vùng gen
ITS trên sơ đồ hình 3.13 cho thấy từ các mẫu Bảy lá một hoa được chia làm hai
nhánh chính.
Hình 3.13. Sơ đồ mô tả mối quan hệ di truyền giữa các mẫu cây Bảy lá một hoa trong chi Paris dựa trên trình tự nucleotide của vùng ITS
Vùng gen ITS của mẫu SH nằm trong nhánh chính thứ nhất gồm 6 mẫu, trong đó có loài Paris farrgesii. Nhánh chính thứ hai có một trình tự của mẫu Paris polyphylla.var.polyphylla.
Kết hợp các đặc điểm nghiên cứu được về hình thái, giải phẫu, trình tự đoạn gen matK và vùng gen ITS từ mẫu cây Bảy lá một hoa thu thập ở huyện
Sìn Hồ, tỉnh Lai Châu, kết quả nghiên cứu của chúng tôi chỉ ra rằng mẫu cây Bảy lá một hoa có kí hiệu SH thuộc loài Paris Fargesii.
Paris fargesii var. brevipetalata Paris fargesii
Parispolyphylla var. chinensis
SH
Parispolyphylla var. stenophylla
Parispolyphylla var. polyphylla
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 1. Kết luận
Mẫu cây Bảy lá một hoa thu thập ở huyện Sìn Hồ, tỉnh Lai Châu có thân thẳng, trơn nhẵn dài 50 cm, có một tầng lá mọc vòng gồm 5 lá. Hoa mọc ở đỉnh cành, cuống hoa dài 14 cm. Nhụy màu tím đỏ, cuống dài 3cm. Phiến lá hình trứng với 5 gân lá hình cung. Phần thân củ nằm dưới mặt đất có nhiều rễ phụ kích thước tương đối đồng đều. Phía gốc có một số lá thoái hóa thành vảy bao lấy phần thân cây phía trên. Mẫu thuộc loài Paris Fargesii.
Đoạn gen matK của mẫu SH có kích thước 836 bp, có độ tương đồng với các loài thuộc chi Paris từ 97,4 – 99,9 %. Đoạn gen matK của mẫu SH có quan hệ với loài Paris fargesii (GU178944) với độ tương đồng 99,7 %
Vùng gen ITS của mẫu SH có kích thước 751 bp, độ tương đồng với các loài thuộc chi Paris từ 98% đến 99,5%. Vùng gen ITS của mẫu SH có quan hệ
với loài Paris fargesii (DQ663684), độ tương đồng 99,5 %.
Mẫu cây Bảy lá một hoa thu thập ở huyện Sìn Hồ, tỉnh Lai Châu có các đặc điểm hình thái, giải phẫu và trình tự đoạn gen matK, vùng gen ITS gần nhất với loài Paris fargesii.
2. Đề nghị
Sử dụng dữ liệu về đặc điểm hình thái, giải phẫu và đặc điểm của đoạn gen matK và vùng gen ITS để nhận dạng cây Bảy lá một hoa.
TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt
1. Nguyễn Tiến Dũng, Nguyễn Quỳnh Nga, Trần Ngọc Lân, Nguyễn Thị Thu, Ninh Thị Phíp, Đoàn Thị Thanh Nhàn, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn Nhật Linh (2017), Đặc điểm hình thái mã vạch DNA của loài cây Bảy lá một hoa Paris vietnamensis (Takht) H.Li ở Việt Nam, Tạp chí khoa học Nông Nghiệp Việt Nam,16(4): 282-289.
2. Vũ Văn Dũng, Đinh Thị Phương Anh (2016), Đặc điểm hình thái và sinh thái cây ngô đồng đỏ ở Cù Lao Chàm, Báo cáo khoa học về nghiên cứu và
giảng dạy sinh học ở Việt Nam, trang 197-203.
3. Lê Ngọc Hân, Ngô Đức Phương (2006), Đặc điểm hình thái và phân loại các chi của họ Ban (Hypericaceae Juss) ở Việt Nam, Báo cáo khoa học về
sinh thái và tài nguyên sinh vật, NXB Khoa học tự nhiên và công nghệ,
trang 166-169.
4. Lê Như Hậu (2009), Sự đa dạng hình thái của loài Rong câu chỉ (Graxinlaria tenuistipitata trangenxya, Graxinlariales, Rhodophyta) ở Việt Nam, Báo cáo hội nghị sinh học toàn quốc, NXB Đại học Thái Nguyên, trang 113.
5. Phạm Hoàng Hộ (1999), Cây cỏ Việt Nam, tập 1, Nxb Trẻ Tp. Hồ Chí Minh, trang 473-475.
6. Khuất Văn Quyết, Đỗ Thị Xuyến (2017), Một số dẫn liệu về phân loại chi Mua (Melastoma L) ở Việt Nam, Báo cáo khoa học về sinh thái và tài nguyên sinh vật, NXB Khoa học tự nhiên và công nghệ, trang 345-354.
7. Hoàng Thị Sản, Phan Nguyên Hồng, Nguyễn Tế Chinh, (2003), Hình thái
và giải phẫu thực vật, Nxb giáo dục.
8. Doãn Hoàng Sơn, Trần Thế Bách, Trần Đức Bình, Phạm Quỳnh Anh (2017), Đặc điểm hình thái các chi trong họ Ráng thư dực (Thelypteridaceae Ching ex pic.serm) ở Việt Nam, Báo cáo khoa học về sinh thái và tài nguyên sinh vật, NXB Khoa học tự nhiên và công nghệ, trang 355-362.
9. Vũ Thị Thu Thủy, Tạ Thị Thu Hương, Chu Hoàng Mậu (2017), Đặc điểm của trình tự vùng ITS phân lập từ cây Bảy lá một hoa, Tạp chí khoa học &
công nghệ, 168(08):29 – 33.
10. Vũ Thị Thu Thủy, Hoàng Phú Hiệp, Nguyễn Thị Thu Ngà, Chu Hoàng Mậu (2016), Đặc điểm của trình tự gen rpoC1 phân lập từ cây Thất diệp
nhất chi hoa thu tại Lạng Sơn Việt Nam, Tạp chí khoa học và công nghệ -
Đại học Thái Nguyên, 1464 (01): 159-164.
11. Vũ Thị Thu Thủy, Nguyễn Thị Thu Ngà, Hoàng Phú Hiệp, Chu Hoàng Mậu (2017), Sử dụng mã vạch DNA trong việc định loại loài cây dược liệu Thất diệp nhất chi hoa ở Việt Nam, Tạp chí khoa học và công nghệ -
Đại học Thái Nguyên, 161 (01): 81-87.
12. Viện dược liệu (2003), “Cây thuốc và động vật làm thuốc ở Việt Nam”. NXB KH & KT, Hà Nội, tập I, 182-184.
Tiếng Anh
13. Berbee M.L., Yoshimura A., Sugiyama J., Taylor J.W. (1995), Is
Penicillium monophyletic an evaluation of phylogeny in the family
Trichocomaceae from 18S, 5.8S and ITS ribosomal DNA sequence data, Mycologia 87, pp. 210-222.
14. Borsch T., Hilu K.W., Quandt D., Wilde V., Neinhuis C., Barthlott W. (2003), Noncoding plastid trnT-trnF sequences reveal a well resolved phylogeny of basal angiosperms, J. Evol. Biol, (6), pp. 558-576.
15. Doyle J. J., Doyle J. L. (1987), A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochemmical Bulletin, Vol.19, pp.11-15.
16. Flora of China 24: 88-95, (2000)
17. Gao T., Yao H., Song J., Zhu Y., Ma X., Pang X., Xu H., Chen S (2010), Identification of medicinal plants in the family Fabaceae using a potential DNA barcode ITS2. Journal of Ethnopharmacology, (130), pp. 116–121.
18. Hebert P. D. N, Cywinska A., Ball S. L., Waard J. R, (2003), Biological identifications through DNA barcodes, Proc. R. Soc. Lond. B Biol. Sci,
(270), pp. 313 - 321
19. Muthumeenakshi S, Mills P R, Brown A E, Seaby D A. (1994) Intraspecific molecular variation among Trichoderma harzianum S isolates colonizing mushroom compost in the British Isles, Microbiology 1994, (140), pp. 769–777.
20. Nguyen Quynh Nga, Pham Thanh Huyen, Pham Van Truong, Hoang Van Toan (2016), “Taxonomy of the genus Paris L. (Melanthiaceae) in
Vietnam”, Tạp chí sinh học, 38 (3), pp, 333-339.
21. Shaw J., Lickey E.B., Schilling E. E., Small R.L. (2007),” Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms”, The tortoise and the hare III. Amer.
J. Bot, (94), pp. 275-288.
22. Van DeWiel C. C. M., Van Der Schoot J., Van Valkenburg J. L., Duistermaat C. H., Smulders (2009), “DNA barcoding discriminates the noxious invasive plant species, floating pennywort (Hydrocotyle ranunculoides L.f.), from non-invasive relatives”, Molecular Ecology Resources (9), pp.1086-1091.
23. Vijayan K., Tsou C. H. (2010), “DNA barcoding in plants: taxonomy in a new perspective”, Current science, vol. 99, pp. 1530 - 1540.
24. Wang G. X., Han J., Zhao L. W., Jiang D. X, Liu Y. T., Liu X. L. (2010), “Anthelmintic activity of steroidal saponins from Paris polyphylla”,
Phytomedicine 17, pp. 1102-1105.
25. Weiguo Z, Yile P, Shihai ZJ, Xuexia M, Yongping H (2005), Phylogeny of the genus Morus (Urticales: Moraceae) inferred from ITS and trnL-F sequences, (6), pp. 563-569.
26. Wu F., Mueller L A., Crouzillat D., Petiard V., Tanksley S. D. (2006), “Combining bioinformatics and phylogeneticộng sự to identify large sets of single-copy orthologous genes (COSII) for comparative, evolutionary and systematic studies: A test case in the euasterid plant clade”,
Geneticộng sự (174), pp. 1407-1420.
27. Yao H., Song J., Liu C., Luo K., Han J. (2010), Use of ITS2 region as the universal DNA barcode for plants and animals, PLoS ONE (5).
28. Yong H. L., Jinlan R., Shilin C., Jingyuan S., Kun L., Dong L., Hui Y. (2010), “Authentication of Taxillus chinensis using DNA barcoding technique”,
Journal of Medicinal Plants Research Vol. 4(24), pp. 2706-2709.
29. Zhang Z., Kudo T., Nakajima Y., Wang Y., (2001). Clarification of the relationship between the members of the family Thermomonosporaceae on the basis of the rDNS, 16S-23S rRNA internal transcribed spacer and 23S rDNA sequences and chemotaxonomic analysis. Int. J. Syst. Evol.
Microbiol, (51), pp. 373-383. Tài liệu khác 30. http://botanyvn.com/default.asp 31. http://khoahoc.tv/ma-vach-dna-dung-trong-nhan-dien-thuc-vat-19296 (16/02/2008) 32. https://en.wikipedia.org/wiki/Paris_polyphylla#Taxonomy 33. https://www.dnabank.vn/publication?id=28 34. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/GU178944/ (KM242781/ HG475403/ GU178946/ KM242788/ KM242785/ GU178949/ GU178947/ GU178952/ GU178945/ JN417377/ KM242789/ GU178948/ KM242792/ KX146546/
AY192536/ DQ663684/ KX146531/ KX146539/ AY192538) 35. https://www.thaythuoccuaban.com/vithuoc/baylamothoa.htm