Bên cạnh việc là một trong những bộ phận hợp thành hệ thống cơ quan của bộ máy nhà nước của Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, Viện kiểm sát nhân dân trong tổ chức và hoạt động cấu thành một hệ thống tương đối chặt
chẽ riêng. Do đó, cũng như các hệ thống cơ quan khác, Viện kiểm sát nhân dân được tổ chức và hoạt động trên cơ sở các nguyên tắc tổ chức và hoạt động của bộ máy nhà nước ta nói chung. Song, do có vị trí, chức năng và nhiệm vụ mang tính đặc thù nên hệ thống các Viện kiểm sát nhân dân được tổ chức và hoạt động theo những nguyên tắc đặc thù, nhằm bảo đảm cho các Viện kiểm sát hoạt động có hiệu quả cao hơn, đáp ứng tốt hơn yêu cầu thực hiện nhiệm vụ bảo vệ pháp chế xã hội chủ nghĩa. Những nguyên tắc đó được quy định ở Điều 138 Hiến pháp năm 1992 và Điều 8 Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 2002. Cụ thể là :
- Nguyên tắc tập trung, thống nhất lãnh đạo trong ngành.
- Nguyên tắc độc lập, không lệ thuộc vào bất cứ một cơ quan nhà nước nào ở địa phương.
Nguyên tắc tập trung, thống nhất lãnh đạo trong ngành.
Khẳng định nguyên tắc này không có nghĩa là khẳng định hệ thống Viện kiểm sát nhân dân hoạt động theo các nguyên tắc riêng biệt, không liên quan đến các nguyên tắc tổ chức và hoạt động chung của bộ máy nhà nước ta. Dù là một hệ thống cơ quan riêng, các Viện kiểm sát nhân dân là một bộ phận không tách rời của bộ máy nhà nước ta. Tìm hiểu nguyên tắc này, chúng ta thấy nó bắt nguồn từ các nguyên tắc tập trung dân chủ và nhằm đảm bảo tính thống nhất của pháp chế.
Tìm hiểu tổ chức bộ máy nhà nước ta, dễ dàng nhận thấy rằng, các cơ quan nhà nước ở địa phương một mặt trực thuộc Chính phủ hoặc Bộ chủ quản, mặt khác lại trực thuộc Hội đồng nhân dân hoặc ủy ban nhân dân địa phương. Nguyên tắc này được gọi là nguyên tắc phụ thuộc hai chiều. Viện kiểm sát nhân dân ở nước ta (cũng như ở các nước xã hội chủ nghĩa trước đây) không được tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc phụ thuộc hai chiều trên, mà theo nguyên tắc tập trung, thống nhất lãnh đạo trong ngành. Có thể thấy cách tổ chức và hoạt động này được thực hiện theo tư tưởng của V.I.Lê nin. Theo ông, Viện kiểm sát không được tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc phụ thuộc hai chiều, mà nó phải và chỉ trực thuộc vào một cơ quan trung ương duy nhất.Ông cho rằng, pháp chế phải thống nhất.
Trong một Nhà nước, một đạo luật được ban hành không thể có nhiều cách áp dụng khác nhau, vin cớ vào các đặc điểm riêng biệt của địa
phương.Một nền pháp chế thống nhất sẽ bảo đảm sự hoạt động nhịp nhàng, đồng bộ, thống nhất của cả một bộ máy nhà nước từ Trung ương đến địa phương. Viện kiểm sát nhân dân, với chức năng kiểm sát việc tuân theo pháp luật, có nhiệm vụ bảo đảm cho pháp luật được chấp hành một cách nghiêm chỉnh và thống nhất trong cả nước, không nên để bị phụ thuộc vào các cơ quan Nhà nước ở địa phương, vì như thế sẽ có nguy cơ sinh ra tình trạng “cát cứ” trong hoạt động thi hành pháp luật. Do đó, nhằm bảo đảm tính thống nhất của pháp chế, Hiến pháp và Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 2002 vẫn tiếp tục khẳng định lại nguyên tắc tập trung, thống nhất lãnh đạo trong ngành.
Theo nguyên tắc này, Viện kiểm sát nhân dân do Viện trưởng lãnh đạo. Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân cấp dưới chịu sự lãnh đạo của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân cấp trên. Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân các địa phương, Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự các cấp dưới sự lãnh đạo thống nhất của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao (Điều 138 Hiến pháp năm 1992 và Điều 8 Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 2002). Viện trưởng, Phó Viện trưởng, kiểm sát viên Viện kiểm sát nhân dân các địa phương, Phó Viện trưởng viện kiểm sát quân sự Trung ương, Viện trưởng, Phó Viện trưởng Viện kiểm sát quân sự quân khu và khu vực, điều tra viên của Viện kiểm sát nhân dân đều do Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức (Điều 9 Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 2002).
Như vậy, tất cả các Viện kiểm sát nhân dân từ trên xuống dưới tạo thành một hệ thống thống nhất. Mọi hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân, dù ở cấp nào, đều đặt dưới sự lãnh đạo của Viện trưởng. Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân phải chịu trách nhiệm cá nhân về toàn bộ hoạt động của Viện kiểm sát do mình lãnh đạo trước Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân cấp trên và Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao. Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao chịu trách nhiệm cá nhân về hoạt động của toàn ngành kiểm sát trước Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc Hội, Chủ Tịch nước. Việc thực hiện nguyên tắc tập trung, thống nhất lãnh đạo trong ngành đảm bảo cho các cấp kiểm sát hoạt động đồng bộ, thống nhất, tạo điều kiện nâng cao hiệu quả công tác kiểm sát. Mặt khác, nhấn mạnh nguyên tắc này nhằm đề cao trách nhiệm cá nhân của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân. Khẳng định Viện trưởng là người có quyền và có trách nhiệm quyết định các vấn đề thuộc thẩm quyền của Viện kiểm sát và chịu trách nhiệm cá nhân về mọi công việc thuộc phạm vi thẩm quyền của mình không có nghĩa là loại trừ nguyên tắc tập trung dân chủ ra khỏi hoạt động kiểm sát. Phải thấy rằng, Viện trưởng không quyết định các vấn đề một cách độc đoán, mà trên cơ sở bàn bạc tập thể. Ở Viện kiểm sát nhân dân tối cao và Viện kiểm sát nhân dân cấp tỉnh có ủy ban kiểm sát.
Uỷ ban kiểm sát làm việc tập thể, thảo luận và quyết định những vấn đề quan trọng như phương hướng, nhiệm vụ, kế hoạch công tác, dự án Luật, dự án Pháp lệnh vv... (Các điều 28 và 29 Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 1992). Theo Luật Tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 1992, ủy ban kiểm sát thảo luận và quyết định các vấn đề theo đa số. Khi Viện trưởng không nhất trí với ý kiến của đa số thành viên ủy ban kiểm sát thì vẫn thực hiện theo quyết định của đa số, nhưng có quyền báo cáo lên cấp trên (lên ủy ban Thường vụ Quốc hội nếu là Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao; lên Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao nếu là Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân cấp tỉnh). Như vậy, quy định này vừa bảo đảm mở rộng dân chủ, phát huy trí tuệ của tập thể, vừa hạn chế những thiếu sót của Viện trưởng và đề cao trách nhiệm của Viện trưởng.
Nguyên tắc không lệ thuộc vào bất kỳ cơ quan nhà nước nào ở địa phương. Trong tổ chức và hoạt động của mình, Viện kiểm sát nhân dân hoàn toàn không lệ thuộc vào bất cứ một cơ quan Nhà nước nào ở địa phương. Nguyên tắc này có mối quan hệ mật thiết với nguyên tắc tập trung, thống nhất lãnh đạo trong ngành. Để đảm bảo tính thống nhất của pháp chế xã hội chủ nghĩa và hạn chế, ngăn chặn, loại trừ tình trạng “phép vua thua lệ làng”, một yêu cầu khách quan được đặt ra là hệ thống cơ quan Viện kiểm sát nhân dân phải được tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc không lệ thuộc vào bất kỳ một cơ quan nhà nước nào ở địa phương. Có quan điểm cho rằng, nguyên tắc này biến Viện kiểm sát nhân dân thành một hệ thống cơ quan Nhà nước có những quyền hạn quá lớn, đứng ngoài mọi sự giám sát. Suy nghĩ như vậy biểu hiện một cách nhìn nhận chưa toàn diện về vị trí, vai trò, chức năng, nhiệm vụ của ngành kiểm sát nhân dân. Nguyên tắc này nhằm tạo điều kiện để ngành kiểm sát nhân dân thực hiện tốt nhiệm vụ của mình là bảo đảm cho pháp luật được thi hành một cách nghiêm chỉnh và thống nhất. Theo Hiến pháp và Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 1992, toàn bộ hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân được đặt dưới sự giám sát toàn diện, thường xuyên và chặt chẽ của Quốc hội, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội và Chủ tịch nước. Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Quốc hội, trong thời gian Quốc hội không họp thì chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước ủy ban Thường vụ Quốc hội và Chủ tịch nước (Điều 139 Hiến pháp năm 1992; Điều 7 Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 1992).
Nội dung nguyên tắc Viện kiểm sát nhân dân không lệ thuộc vào bất kỳ cơ quan nhà nước nào ở địa phương thể hiện ở chỗ: Các Viện kiểm sát nhân dân thực hiện chức năng, nhiệm vụ của mình một cách độc lập, không chịu sự chi phối bởi các cơ quan nhà nước ở địa phương, mà chỉ chịu sự lãnh đạo của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao. Khi hoạt động, các Viện kiểm sát nhân dân chỉ phụ thuộc vào Hiến pháp, các đạo luật, pháp lệnh và các văn bản quy phạm pháp luật của Quốc hội, Ủy ban thường vụ Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và chỉ thị của Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao. Điều đó cũng có nghĩa là các cơ quan nhà nước ở địa phương không có quyền can thiệp vào hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân.
Về mặt tổ chức, Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao quyết định bộ máy và biên chế của Viện kiểm sát nhân dân các cấp; bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Viện trưởng, Phó Viện trưởng, kiểm sát viên các Viện kiểm sát nhân dân địa phương.
Nói Viện kiểm sát nhân dân địa phương không lệ thuộc vào bất kỳ cơ quan nhà nước nào ở địa phương không có nghĩa là khẳng định hệ thống cơ quan này hoạt động biệt lập hoàn toàn, không có quan hệ gì với các cơ quan nhà nước ở địa phương. Nhà nước ta được tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc tập trung quyền lực, có sự phân công phân nhiệm rành mạch, rõ ràng. Để bảo đảm hoạt động đạt hiệu quả cao, các cơ quan nhà nước luôn luôn có sự phối hợp chặt chẽ toàn diện và nhịp nhàng với nhau. Do đó, trong hoạt động của mình, Viện kiểm sát nhân dân địa phương phải có sự phối hợp chặt chẽ
với các cơ quan nhà nước khác ở địa phương, hỗ trợ cho nhau để thực hiện thắng lợi nhiệm vụ chung của Nhà nước.
Để đảm bảo sự phối hợp này, Hiến pháp và Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 2002 đã quy định Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân địa phương phải báo cáo về tình hình chấp hành pháp luật trước Hội đồng nhân dân cùng cấp. Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân địa phương cần phải tham gia đầy đủ, tích cực và chủ động các cuộc họp của Hội đồng nhân dân. Một mặt, Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân địa phương báo cáo trước Hội đồng nhân dân, trả lời chất vấn của các đại biểu Hội đồng nhân dân về tình hình chấp hành pháp luật ở địa phương và hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân ở địa phương. Mặt khác, qua thực tiễn hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân, Viện trưởng kiến nghị với Hội đồng nhân dân về việc phòng ngừa tội phạm và những biểu hiện vi phạm pháp luật, phối hợp hoạt động để bảo đảm cho pháp luật được chấp hành nghiêm chỉnh và thống nhất ở địa phương.