Sau cải cách ruộng đất, dân cày có ruộng, ước vọng ngàn đời của nhân dân trở thành hiện thực. Thực hiện các chủ trương của Đảng và của Bác Hồ phong trào hợp tác hoá nông nghiệp. Năm 1956 các phong trào thành lập tổ đổi công được triển khai trên toàn xã. Năm 1958, sau khi được học tập, quán triệt chỉ thị số 31-CT/TW ngày 30/6/1955 của TW Đảng và các chỉ thị khác của Bộ Chính trị nhằm hướng dẫn, chỉ đạo các nguyên tắc và phương pháp xây dựng và phát triển hợp tác xã. Dưới sự lãnh đạo của chi bộ Đảng nhân dân toàn xã hưởng ứng tích cực phong trào thành lập hợp tác xã bậc thấp. Và đến cuối năm 1960 đã thành lập được 4 hợp tác xã nông nghiệp (hợp tác xã nông nghiệp Đồng Tâm, hợp tác xã nông nghiệp Phú Thành, hợp tác xã nông nghiệp Thượng Hùng, hợp tác xã nông nghiệp Ái Quốc).
Khi cuộc kháng chiến chống Mỹ vào những giai đoạn quan trọng nhất. Mặc dù bị không quân Mỹ đánh phá ác liệt nhưng dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Đảng uỷ, Ban quản trị các hợp tác xã nông nghiệp đã hướng dẫn, tổ chức cho nhân dân thi đua thâm canh tăng năng xuất, bám trụ đồng ruộng để ổn định đời sống, chi viện lương thực, thực phẩm cho chiến trường Miền Nam. Trong những năm đánh Mỹ, Quỳnh Hậu luôn là điểm chỉ đạo của Huyện về đưa các giống mới vào sản xuất, đồng thời luôn là đơn vị dẫn đầu trong phong trào xây dựng 3 ngọn cờ hồng “ Nông- Thương- Tín”, phong trào Bèo hoa dâu, làm thuỷ lợi, thâm canh tăng năng xuất
Năm 1963, HTX Phú Thành dẫn đầu toàn tỉnh về thâm canh khoai lang, chi bộ của hợp tác xã nông nghiệp Ái Quốc trở thành ngọn cờ xuất sắc trong cuộc vận động “Xây dựng chi bộ và Đảng bộ 4 tốt”. Cũng từ năm 1963, thực hiện chủ trương “ Cải tiến quản lý, xây dựng cơ sở vật chất kỷ thuật cho HTX nông nghiệp” dưới sự lãnh đạo của Đảng uỷ các biện pháp kỷ thuật trong nông nghiệp được chú trọng hơn, thay giống cũ bằng giống mới có năng suất cao, xử lý giống bằng lò thúc mầm. Nhờ các biện pháp trên từ năm 1965 trở đi năng suất lúa của các hợp tác xã nông nghiệp xã Quỳnh Hậu vượt qua cột mốc 5 tấn/ ha/năm
Đầu năm 1969, 4 hợp tác xã sát nhập thành 1 hợp tác xã mang tên hợp tác xã nông nghiệp Phú Thành xã Quỳnh Hậu. Ngày 21 tháng 7 năm 1969, trong thư gửi Đảng bộ và nhân dân Nghệ An, Bác Hồ đã khen HTX Phú Thành Quỳnh Hậu đạt năng suất lúa 6 tấn/ha/năm, khoai lang năng suất 14 tấn/ha. Trong suốt những năm đánh Mỹ, Quỳnh Hậu luôn vượt chỉ tiêu lương thực, thực phẩm nhà nước giao từ 30- 40%.
Cùng với với đẩy mạnh sản xuất, dưới sự lãnh dạo của Đảng uỷ, Chính quyền hợp tác xã đã có nhiều đóng góp rất quan trọng đến việc ổn định đời sống cho nhân dân, nhất là các gia đình chính sách, gia đình có người đi bộ đội, thanh niên xung phong, dân công hoả tuyến, tạo điều kiện thuận lợi để các chiến sỹ làm nhiệm vụ ở các chiến trường yên tâm chiến đấu.
Sau giải phóng miền Nam, cùng với nhân dân cả nước cán bộ, nhân dân và xã viên hợp tác xã đã tích cực hàn gắn vết thương chiến tranh, đẩy mạnh thâm canh tăng suất, đưa các tiến bộ kỷ thuật vào sản xuất, nâng cao đời sống cho xã viên, đảm bảo các hoạt động văn hoá xã hội của địa phương, tích cực xây dựng cơ sở hạ tầng của xã như trường học, trạm y tế, hệ thống điện thắp sáng...góp phần làm thay đổi nhanh bộ mặt nông thôn. Từ những đóng góp trên, năm 1968, cán bộ và xã viên xã Quỳnh Hậu đã được tặng thưởng Huân chương lao động hạng ba về thành tích trong phong trào làm thủy lợi, thâm canh tăng năng xuất, năm 1987, cán bộ và xã viên HTX Phú Thành Quỳnh Hậu được Hội đồng nhà nước tặng Huân chương lao động hạng nhất.
Tuy nhiên, do mô hình hợp tác xã không phù hợp với trình độ phát triển lực lượng sản xuất ở nông thôn cũng như năng lực quản lý của đội ngũ cán bộ không bắt kịp với xu thế nên hợp tác xã không phát huy được hiệu quả kinh tế- xã hội. Có thời kỳ (nhất là 1992-1995), vai trò của hợp tác xã bị hạn chế, không làm tròn nhiệm vụ là bà đỡ của các hộ xã viên, Ban quản trị hoạt động kém hiệu quả, xã viên không còn thiết tha với hợp tác xã.
Sau khi học tập, quán triệt chỉ thị 68-CT/TW ngày 24/5/1996 của Ban Bí thư và thực hiện Luật Hợp tác xã, nghị định 16/CP ngày 21/02/1997 của Chính phủ. Năm 1999, hợp tác xã nông nghiệp Phú Thành xã Quỳnh Hậu là một trong 43 hợp tác xã của huyện Quỳnh Lưu triển khai thực hiện việc chuyển đổi mô hình hợp tác xã cũ sang mô hình hợp tác xã mới. Trong thời gian qua hoạt động của hợp tác xã cơ bản đã đi vào nề nếp, thực hiện các khâu dịch vụ hỗ trợ cho xã viên, từ năm 2003 đã chấm dứt tình trạng thua lỗ trong hoạt động sản xuất, kinh doanh.