Thời gian xung là khoảng thời gian chuyển hướng của trường. Các thí nghiệm đầu tiên về phân đoạn ADN trong điện trường xung cho thấy thời gian xung là thông số quan trọng nhất để phân tách phân tử.
Kích thước của các phân tử phân đoạn càng lớn thì việc chuyển đổi điện trường càng ít.
Với một thời gian xung nhất định, chỉ các phân tử thuộc một loại kích thước cụ thể mới xuất hiện trong điều kiện tối ưu để tách và có thể được phân đoạn một cách hiệu quả. Do đó, để phân đoạn DNA trong một phạm vi kích thước rộng, cần phải tìm ra chế độ tăng tuần tự của thời gian xung.
Hình 4.3 Ví dụ về phân đoạn và xác định kích thước của DNA nhiễm sắc thể bằng điện di trên gel trường xung với đoạn dốc thời gian xung
Sự thay đổi của thời gian xung trong quá trình điện di được gọi là “tăng dần”. Tham số này có thể được tăng lên trong suốt quá trình chạy liên tục hoặc không liên tục trên một phạm vi giá trị rời rạc. Sự gia tăng liên tục của thời gian xung từ nhỏ nhất đến lớn nhất của các giá trị xác định trong một khoảng thời gian nhất định được gọi là "nội suy". Một biến thể thay thế, thời gian xung tăng lên từng bước, được gọi là "bước".
Sự phân giải phân tử trong gel được đặc trưng bởi khoảng cách dải và độ sắc nét của dải. Vùng trong gel nơi đạt được hiệu quả phân tách DNA được gọi là “vùng phân giải” hay “cửa sổ phân giải”. Sự phụ thuộc giữa tốc độ di chuyển DNA và kích thước phân tử là tuyến tính trong vùng phân giải; do đó, có thể ước tính chính xác kích thước của các phân tử DNA trong vùng này.